Read `cell_feature_matrix` in market format
Nadie ha tomado este issue todavía.
Evaluación
- Dificultad
- 4/5
- Tiempo estimado
- 3-5 días
- Aptitud para principiantes
- 35/100
- Tipo de issue
- Nueva funcionalidad
- Claridad
- Bastante claro
- Estado de actividad
- Estancado
- Stack tecnológico
- python
- Área
- bioinformatics
Línea de trabajo
Comienza con el punto de entrada io.xenium e inspecciona cómo lee actualmente cell_feature_matrix. Compara esa ruta con la solución alternativa de scanpy read_10x_mtx y la asignación a sdata.tables['mydata']. Se considera terminado cuando los datos de Xenium en formato market se puedan cargar mediante el reader sin perder la información que actualmente falta en la solución alternativa.
Escrito por el modelo de indexación a partir del texto del issue.
Descripción
Some Xenium datasets deposited in GEO lack h5 file format and instead decided to upload market format. For example: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSM8253804
Of course it is possible to ask the authors to update the record. But maybe it is useful and better for other cases like this to add the ability to read the file in market format? Perhaps also then it is possible to add support for zarr in case someone decides to upload that one instead?
For now, I have tried to workaround this but the only solution was to avoid reading the AnnData entirely, read the file with scanpy and then assign it to sadata.tables. Following this code:
sdata = io.xenium(".", cells_table=False, cells_as_circles=False, cells_boundaries=False, nucleus_boundaries=False)
adata = sc.read_10x_mtx("cell_feature_matrix")
sdata.tables["mydata"] = adata
But of course this causes a lot of information to be missing and this may cause other problems. Is there any other way to work around this issue?
- Lenguaje dominante
- Python
- Estrellas
- 105
- Forks
- 64
- Métricas de merge de PR
- Sin PR fusionados en 30 d
Preparar el entorno
- Sin Dockerfile ni archivo de Docker Compose
- Sin plantilla de pull request
- Leer la guía de contribución
Primeros pasos
- Lee el issue completo y luego la guía de contribución del proyecto.
- Comenta en el issue que vas a ocuparte — evita que dos personas hagan lo mismo.
- Haz un fork del repositorio y trabaja en una rama.
- Abre un pull request que haga referencia al número del issue.
Más de scverse/spatialdata-io
-
documentation
Dificultad 2/5 Medio día Aptitud para principiantes 65/100
scverse/spatialdata-io#161 · 13 comentarios ·
-
bug
Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 58/100
scverse/spatialdata-io#422 ·
-
Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 45/100
scverse/spatialdata-io#419 · 1 comentario ·
-
MCMICRO reader does not support new nf-core/mcmicro output formatsPosiblemente ocupada @adamjtaylor la tomó hace 85 días. Abierto
Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 48/100
scverse/spatialdata-io#409 · 1 reacción ·
-
Visium in matrix market formatAbierto
Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 52/100
scverse/spatialdata-io#408 ·
Todos los issues de scverse/spatialdata-io
Issues similares
-
Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 74/100
aws-samples/sample-per-model-bedrock#243 ·
Los mantenedores suelen responder en 1 día
-
Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 66/100
FuRongJun-1999/dsh-memory#404 ·
Los mantenedores suelen responder en 1 día
-
Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 72/100
Los mantenedores suelen responder en 1 día
-
bug frontend
Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 68/100
PennyLaneAI/catalyst#3337 ·
Los mantenedores suelen responder en 1 día
-
Workflow.schedule stops when a cron deadline passes before sleepPosiblemente ocupada @HuaTNA la tomó hoy. Abierto
Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 82/100
Los mantenedores suelen responder en 1 día