Read `cell_feature_matrix` in market format
还没有人认领这个 Issue。
评估
- 难度
- 4/5
- 预计耗时
- 3-5 天
- 新手友好度
- 35/100
- Issue 类型
- 功能
- 描述清晰度
- 基本清楚
- 活跃度
- 停滞
- 技术栈
- python
调研方向
从 io.xenium 入口点开始，检查它目前如何读取 cell_feature_matrix。将该路径与 scanpy read_10x_mtx workaround 以及对 sdata.tables['mydata'] 的赋值进行比较。当 market 格式的 Xenium 数据可以通过 reader 加载，且不会丢失 workaround 中目前缺失的信息时，即视为完成。
由索引模型根据 Issue 内容生成。
描述
Some Xenium datasets deposited in GEO lack h5 file format and instead decided to upload market format. For example: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSM8253804
Of course it is possible to ask the authors to update the record. But maybe it is useful and better for other cases like this to add the ability to read the file in market format? Perhaps also then it is possible to add support for zarr in case someone decides to upload that one instead?
For now, I have tried to workaround this but the only solution was to avoid reading the AnnData entirely, read the file with scanpy and then assign it to sadata.tables. Following this code:
sdata = io.xenium(".", cells_table=False, cells_as_circles=False, cells_boundaries=False, nucleus_boundaries=False)
adata = sc.read_10x_mtx("cell_feature_matrix")
sdata.tables["mydata"] = adata
But of course this causes a lot of information to be missing and this may cause other problems. Is there any other way to work around this issue?
- 主要语言
- Python
- 星标
- 103
- 派生
- 64
- PR 合并指标
- 30 天内没有已合并 PR
环境准备
- 没有 Dockerfile 或 Docker Compose 文件
- 没有 Pull Request 模板
- 阅读贡献指南
从这里开始
- 先读完整个 Issue，再读项目的贡献指南。
- 在 Issue 下留言说明你要接手 —— 这能避免两个人做同样的事。
- Fork 仓库，在一个分支上完成修改。
- 提交 Pull Request，并在描述里引用这个 Issue 编号。
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