Use `AnnData` as a component rather than a superclass of `DeseqDataSet`
まだ誰も着手していません。
評価
- 難易度
- 5/5
- 見積もり時間
- 1週間以上
- 初心者へのやさしさ
- 25/100
- issue の種類
- リファクタリング
- 明瞭さ
- 説明が足りない
- 活発さ
- 停滞
- 技術スタック
- python
調査の方向性
まず DeseqDataSet の実装を見つけ、現在どのように AnnData を継承しているかを理解します。既存のシリアライズと読み込みの挙動、特に pickle と lazy-loading に関して記載されている制限を確認します。クラスの既存の挙動を維持し、外部に保存された AnnData または遅延読み込みされた AnnData をサポートしたまま、関係がコンポジションに変更されれば完了です。
索引モデルが issue の本文から書いたものです。
説明
This would offer more flexibility and robustness wrt future AnnData development.
E.g., as pointed out by @grst, his would also allow storing the anndata if the user has stored that elsewhere, and using lazy loading on the h5ad which is not possible using pickle.
Beside, composition is usually better practice than inheritance.
- 主要言語
- Python
- スター
- 762
- フォーク
- 91
- 平均マージ
- 1分
- マージ済み PR（30日）
- 1
環境構築
- Dockerfile・Docker Compose ファイルなし
- プルリクエストのテンプレートあり
- コントリビューションガイドを読む
はじめの一歩
- issue を最後まで読み、次にプロジェクトのコントリビューションガイドを読みます。
- 着手することを issue にコメントします — 二人が同じ作業をするのを防げます。
- リポジトリをフォークし、ブランチを切って変更します。
- issue 番号を参照したプルリクエストを送ります。
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