Stuck at Fitting MAP dispersions... ... done in 0.54 seconds.
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評価
- 難易度
- 4/5
- 見積もり時間
- 3〜5日
- 初心者へのやさしさ
- 32/100
- issue の種類
- バグ
- 明瞭さ
- 説明が足りない
- 活発さ
- 停滞
- 技術スタック
- python
調査の方向性
dds.fit_LFC() と、532 行付近で報告されている pydeseq2/dds.py の場所から調査を開始し、size-factor と dispersion のメッセージの後にある MAP-dispersion fitting の段階に焦点を当ててください。4,000 個のテスト対象細胞で DEG 解析を再現し、fitting が完了するか、それとも停止したままになるかを確認してから、原因と確認済みの解決策を記録してください。
索引モデルが issue の本文から書いたものです。
説明
When doing DEG analysis, I declined the number of tested cell from 20,000 to 4000, the dds.fit_LFC() wont start:
🔬 分析 TAK-901 vs Control (整体数据)
🔬 开始分析: TAK-901 vs DMSO_TF
分析名称: Overall_TAK-901_vs_Control
原始样本数 - TAK-901: 271, DMSO_TF: 1776
分析样本数 - TAK-901: 271, DMSO_TF: 1030
过滤后基因数: 4767
⚙️ 运行PyDESeq2分析...
Fitting size factors...
/home/clab/anaconda3/envs/geneformer/lib/python3.10/site-packages/pydeseq2/dds.py:532: UserWarning: Every gene contains at least one zero, cannot compute log geometric means. Switching to iterative mode.
self.fit_size_factors(
Using None as control genes, passed at DeseqDataSet initialization
Fitting dispersions...
... done in 0.63 seconds.
Fitting MAP dispersions...
... done in 0.61 seconds. keep stucking :(
- 主要言語
- Python
- スター
- 763
- フォーク
- 90
- 平均マージ
- 23分
- マージ済み PR（30日）
- 11
環境構築
- Dockerfile・Docker Compose ファイルなし
- プルリクエストのテンプレートあり
- コントリビューションガイドを読む
はじめの一歩
- issue を最後まで読み、次にプロジェクトのコントリビューションガイドを読みます。
- 着手することを issue にコメントします — 二人が同じ作業をするのを防げます。
- リポジトリをフォークし、ブランチを切って変更します。
- issue 番号を参照したプルリクエストを送ります。
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