Use `AnnData` as a component rather than a superclass of `DeseqDataSet`
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Valutazione
- Difficoltà
- 5/5
- Tempo stimato
- Più di una settimana
- Idoneità per principianti
- 25/100
- Tipo di issue
- Refactoring
- Chiarezza
- Da chiarire
- Stato di attività
- Ferma
- Stack tecnologico
- python
- Ambito
- bioinformatics
Direzione di ricerca
Inizia individuando l'implementazione di DeseqDataSet e comprendendo come attualmente erediti da AnnData. Esamina il comportamento esistente di serializzazione e caricamento, in particolare le limitazioni indicate relative a pickle e lazy-loading. Il lavoro è completo quando la relazione è stata modificata in composizione, mantenendo il comportamento esistente della classe e supportando AnnData archiviato esternamente o caricato lazy.
Scritto dal modello di indicizzazione a partire dal testo della issue.
Descrizione
This would offer more flexibility and robustness wrt future AnnData development.
E.g., as pointed out by @grst, his would also allow storing the anndata if the user has stored that elsewhere, and using lazy loading on the h5ad which is not possible using pickle.
Beside, composition is usually better practice than inheritance.
- Lingua principale
- Python
- Stelle
- 763
- Fork
- 90
- Merge medio
- 23m
- PR unite (30g)
- 11
Preparare l'ambiente
- Nessun Dockerfile né file Docker Compose
- Ha un modello di pull request
- Leggi la guida per i contributori
Come iniziare
- Leggi tutta la issue e poi la guida ai contributi del progetto.
- Commenta sulla issue per dire che te ne occupi tu — evita che due persone facciano lo stesso lavoro.
- Fai un fork del repository e lavora su un branch.
- Apri una pull request che faccia riferimento al numero della issue.
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