DeseqStats for a single gene of interest
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評価
- 難易度
- 4/5
- 見積もり時間
- 3〜5日
- 初心者へのやさしさ
- 45/100
- issue の種類
- 機能追加
- 明瞭さ
- おおむね明確
- 活発さ
- 静か
- 技術スタック
- python
調査の方向性
PyDESeq2 0.5.4 の DeseqStats エントリポイントと dds.deseq2() の結果パスから始め、完全な DeseqDataSet がどのように処理されるかと、単一遺伝子のサブセットを使おうとした場合を比較します。すべての遺伝子を処理せずに、1 つの対象遺伝子について Wald 検定の要約統計量を取得し、既存の完全なデータセットの動作を維持できれば完了とします。
索引モデルが issue の本文から書いたものです。
説明
Hello
Is there a way to restrict DeseqStats (Wald test) to only one specific gene instead of the entire DeseqDataSet?
I am performing genetic interaction testing across 100,000+ contexts (Gene-SNP-Celltype). For each test, I only need the summary statistics for a single target gene.
I have already run dds.deseq2() on the full dataset, but running DeseqStats(dds, ...).summary() on all genes is computationally prohibitive at this scale. I have tried subsetting the dds object to the gene of interest before calling DeseqStats, but this does not work.
Is there a recommended way to perform the Wald test and results extraction for a single gene to optimize runtime?
i am using (pydeseq2.version) 0.5.4
thanks
- 主要言語
- Python
- スター
- 768
- フォーク
- 93
- PR マージ指標
- 30日以内にマージされた PR はありません
環境構築
- Dockerfile・Docker Compose ファイルなし
- プルリクエストのテンプレートあり
- コントリビューションガイドを読む
はじめの一歩
- issue を最後まで読み、次にプロジェクトのコントリビューションガイドを読みます。
- 着手することを issue にコメントします — 二人が同じ作業をするのを防げます。
- リポジトリをフォークし、ブランチを切って変更します。
- issue 番号を参照したプルリクエストを送ります。
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