Error when calculating Maximum training similarity TM scores
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評価
- 難易度
- 4/5
- 見積もり時間
- 3〜5日
- 初心者へのやさしさ
- 38/100
- issue の種類
- バグ
- 明瞭さ
- おおむね明確
- 活発さ
- 停滞
- 技術スタック
- python
調査の方向性
sampled_pdb を生成した後に bin/tmscore_training.py を実行し、run_tmalign における foldingdiff/tmalign.py の KeyError を再現してください。data/cath/dompdb/2qe7G01 に対する警告と TM-score のパース経路を調査し、欠落している Chain_2 エントリの原因が入力データにあるのかコードにあるのかを特定してください。影響を受ける PDB ファイル全体で原因を特定して解決できれば完了です。
索引モデルが issue の本文から書いたものです。
説明
After generating the sampled_pdb and running the bin/tmscore_training.py, the following error always occurs:
File "~/foldingdiff/foldingdiff/tmalign.py", line 54, in run_tmalign
return results_dict["Chain_2"] # Normalize by reference length
KeyError: 'Chain_2'
After handling this with exception, I find that no sequence contains this key. And the warning of Cannot parse file: ~/foldingdiff/data/cath/dompdb/2qe7G01. Chain number 0. also appears for each pdb file.
May I ask which part I might have missed or is there a bug the the data/code?
- 主要言語
- Jupyter Notebook
- スター
- 568
- フォーク
- 74
- 平均マージ
- 20時間 2分
- マージ済み PR（30日）
- 1
コントリビューションガイド
はじめの一歩
- issue を最後まで読み、次にプロジェクトのコントリビューションガイドを読みます。
- 着手することを issue にコメントします — 二人が同じ作業をするのを防げます。
- リポジトリをフォークし、ブランチを切って変更します。
- issue 番号を参照したプルリクエストを送ります。
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