Error when calculating Maximum training similarity TM scores
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Valutazione
- Difficoltà
- 4/5
- Tempo stimato
- 3-5 giorni
- Idoneità per principianti
- 38/100
- Tipo di issue
- Bug
- Chiarezza
- Abbastanza chiara
- Stato di attività
- Ferma
- Stack tecnologico
- python
- Ambito
- bioinformatics, machine-learning
Direzione di ricerca
Esegui bin/tmscore_training.py dopo aver generato sampled_pdb e riproduci il KeyError in foldingdiff/tmalign.py in run_tmalign. Esamina l’avviso per data/cath/dompdb/2qe7G01 e il percorso di parsing del TM-score per determinare se i dati di input o il codice causano la voce Chain_2 mancante. Il lavoro è completato quando la causa è stata identificata e risolta in tutti i file PDB interessati.
Scritto dal modello di indicizzazione a partire dal testo della issue.
Descrizione
After generating the sampled_pdb and running the bin/tmscore_training.py, the following error always occurs:
File "~/foldingdiff/foldingdiff/tmalign.py", line 54, in run_tmalign
return results_dict["Chain_2"] # Normalize by reference length
KeyError: 'Chain_2'
After handling this with exception, I find that no sequence contains this key. And the warning of Cannot parse file: ~/foldingdiff/data/cath/dompdb/2qe7G01. Chain number 0. also appears for each pdb file.
May I ask which part I might have missed or is there a bug the the data/code?
- Lingua principale
- Jupyter Notebook
- Stelle
- 568
- Fork
- 74
- Merge medio
- 20h 2m
- PR unite (30g)
- 1
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