Error when calculating Maximum training similarity TM scores
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Evaluación
- Dificultad
- 4/5
- Tiempo estimado
- 3-5 días
- Aptitud para principiantes
- 38/100
- Tipo de issue
- Error
- Claridad
- Bastante claro
- Estado de actividad
- Estancado
- Stack tecnológico
- python
Línea de trabajo
Ejecuta bin/tmscore_training.py después de generar sampled_pdb y reproduce el KeyError en foldingdiff/tmalign.py en run_tmalign. Inspecciona la advertencia para data/cath/dompdb/2qe7G01 y la ruta de análisis del TM-score para determinar si los datos de entrada o el código causan la entrada Chain_2 faltante. Se considera completado cuando se haya identificado y resuelto la causa en todos los archivos PDB afectados.
Escrito por el modelo de indexación a partir del texto del issue.
Descripción
After generating the sampled_pdb and running the bin/tmscore_training.py, the following error always occurs:
File "~/foldingdiff/foldingdiff/tmalign.py", line 54, in run_tmalign
return results_dict["Chain_2"] # Normalize by reference length
KeyError: 'Chain_2'
After handling this with exception, I find that no sequence contains this key. And the warning of Cannot parse file: ~/foldingdiff/data/cath/dompdb/2qe7G01. Chain number 0. also appears for each pdb file.
May I ask which part I might have missed or is there a bug the the data/code?
- Lenguaje dominante
- Jupyter Notebook
- Estrellas
- 568
- Forks
- 74
- Merge medio
- 20 h 2 min
- PR fusionados (30 d)
- 1
Guía de contribución
Primeros pasos
- Lee el issue completo y luego la guía de contribución del proyecto.
- Comenta en el issue que vas a ocuparte — evita que dos personas hagan lo mismo.
- Haz un fork del repositorio y trabaja en una rama.
- Abre un pull request que haga referencia al número del issue.
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