backbone with clashes
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評価
- 難易度
- 4/5
- 見積もり時間
- 3〜5日
- 初心者へのやさしさ
- 25/100
- issue の種類
- バグ
- 明瞭さ
- 説明が足りない
- 活発さ
- 停滞
- 技術スタック
- python
調査の方向性
指定された python サンプリングコマンドを実行し、生成された PDB 構造を立体障害について調べる。角度からの主鎖再構成、学習、モデルモード、またはデータが観測結果を説明できるかを調査する。完了条件は立体障害の原因を特定することだが、この issue では対象となる修正やテストは指定されていない。
索引モデルが issue の本文から書いたものです。
説明
Hi,
Very interesting work.
I tried the sampling command 'python ~/projects/foldingdiff/bin/sample.py -l 50 128 -n 10 -b 512 --device cuda:0' and I observed a lot of steric clashes within the generated PDB structures. Any insights about where these clashes might come from? Based on the paper, it seems rebuilding the backbone from angles does not really cause problems. So it could be the training/mode/data?
Best,
Xiaotong
- 主要言語
- Jupyter Notebook
- スター
- 568
- フォーク
- 74
- 平均マージ
- 20時間 2分
- マージ済み PR（30日）
- 1
コントリビューションガイド
はじめの一歩
- issue を最後まで読み、次にプロジェクトのコントリビューションガイドを読みます。
- 着手することを issue にコメントします — 二人が同じ作業をするのを防げます。
- リポジトリをフォークし、ブランチを切って変更します。
- issue 番号を参照したプルリクエストを送ります。
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