Bamtools Filter BAM triggers a combined job instead of distinct jobs with version 2
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評価
- 難易度
- 3/5
- 見積もり時間
- 1〜2日
- 初心者へのやさしさ
- 35/100
- issue の種類
- バグ
- 明瞭さ
- おおむね明確
- 活発さ
- 停滞
調査の方向性
bamtools_filter の開発リポジトリから開始し、複数の BAM 入力を使用して、リンクされた例の履歴で問題を再現します。ツールのバージョン 0.0.1 と 0.0.2 を比較しながら、複数選択の入力がどのように表現されるかを確認します。個別のジョブが作成され、各ジョブが bamtools の入力ファイルエラーなしで完了すれば完了です。
索引モデルが issue の本文から書いたものです。
説明
Problem
Multi-select of inputs results in a combined job, instead of distinct jobs, and ends in failure.
Error (presumably due to multiple BAM datasets sent as input):
bamtools filter ERROR: could not open input files for reading.
/galaxy-repl/main/jobdir/XXX/XXX/XXX/tool_script.sh: line 9: 21396 Segmentation fault (core dumped) bamtools filter -script /galaxy-repl/main/jobdir/XXX/XX/XXX/tmpa1OIsW -in "
Problem with Galaxy Version 0.0.2
Works correctly with Galaxy Version 0.0.1
Example history
Could be used for testing fix.
https://usegalaxy.org/u/jen/h/test-problem-bamtools--filter-bam-datasets
Tool v2 details
- Development repository: https://github.com/galaxyproject/tools-devteam/tree/master/tool_collections/bamtools/bamtools_filter
- Link to this repository: https://toolshed.g2.bx.psu.edu/view/devteam/bamtools_filter/29ba2103739c
cc @galaxyproject/guac
- 主要言語
- Python
- スター
- 37
- フォーク
- 94
- PR マージ指標
- 30日以内にマージされた PR はありません
環境構築
- Dockerfile・Docker Compose ファイルなし
- プルリクエストのテンプレートなし
- コントリビューションガイドを読む
はじめの一歩
- issue を最後まで読み、次にプロジェクトのコントリビューションガイドを読みます。
- 着手することを issue にコメントします — 二人が同じ作業をするのを防げます。
- リポジトリをフォークし、ブランチを切って変更します。
- issue 番号を参照したプルリクエストを送ります。
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