Bamtools Filter BAM triggers a combined job instead of distinct jobs with version 2
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Valutazione
- Difficoltà
- 3/5
- Tempo stimato
- 1-2 giorni
- Idoneità per principianti
- 35/100
- Tipo di issue
- Bug
- Chiarezza
- Abbastanza chiara
- Stato di attività
- Ferma
- Ambito
- bioinformatics
Direzione di ricerca
Inizia nel repository di sviluppo di bamtools_filter e riproduci il problema utilizzando la cronologia di esempio collegata con più input BAM. Confronta le versioni dello strumento 0.0.1 e 0.0.2 verificando anche come vengono rappresentati gli input con selezione multipla. Il lavoro è completato quando vengono creati job distinti e ogni job termina senza l’errore relativo al file di input di bamtools.
Scritto dal modello di indicizzazione a partire dal testo della issue.
Descrizione
Problem
Multi-select of inputs results in a combined job, instead of distinct jobs, and ends in failure.
Error (presumably due to multiple BAM datasets sent as input):
bamtools filter ERROR: could not open input files for reading.
/galaxy-repl/main/jobdir/XXX/XXX/XXX/tool_script.sh: line 9: 21396 Segmentation fault (core dumped) bamtools filter -script /galaxy-repl/main/jobdir/XXX/XX/XXX/tmpa1OIsW -in "
Problem with Galaxy Version 0.0.2
Works correctly with Galaxy Version 0.0.1
Example history
Could be used for testing fix.
https://usegalaxy.org/u/jen/h/test-problem-bamtools--filter-bam-datasets
Tool v2 details
- Development repository: https://github.com/galaxyproject/tools-devteam/tree/master/tool_collections/bamtools/bamtools_filter
- Link to this repository: https://toolshed.g2.bx.psu.edu/view/devteam/bamtools_filter/29ba2103739c
cc @galaxyproject/guac
- Lingua principale
- Python
- Stelle
- 37
- Fork
- 94
- Metriche di merge delle PR
- Nessuna PR unita negli ultimi 30g
Preparare l'ambiente
Come iniziare
- Leggi tutta la issue e poi la guida ai contributi del progetto.
- Commenta sulla issue per dire che te ne occupi tu — evita che due persone facciano lo stesso lavoro.
- Fai un fork del repository e lavora su un branch.
- Apri una pull request che faccia riferimento al numero della issue.
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