galaxyproject/tools-devteam

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• Scatterplot: select the columns based on colnames rather than position in the table

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  難易度 3/5 1〜2日 初心者へのやさしさ 35/100

  galaxyproject/tools-devteam#632 · コメント 1 件 · 2025年1月23日 に作成

• RPY package dependency issue with kcca1 1.0.0

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  難易度 4/5 3〜5日 初心者へのやさしさ 35/100

  galaxyproject/tools-devteam#626 · 2024年8月9日 に作成

• Test against 22.01

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  難易度 3/5 1〜2日 初心者へのやさしさ 15/100

  galaxyproject/tools-devteam#602 · コメント 2 件 · 2022年2月4日 に作成

• Unused tool parameters

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  難易度 2/5 1〜3時間 初心者へのやさしさ 45/100

  galaxyproject/tools-devteam#601 · コメント 1 件 · 2022年1月24日 に作成

• Fix gifs in Get flanks tool description

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  難易度 2/5 1〜3時間 初心者へのやさしさ 38/100

  galaxyproject/tools-devteam#597 · コメント 4 件 · 2021年10月28日 に作成

• Cuffdiff 2.2.1.5 SQLite option results in job failures

  再び着手できるかも @davebx が 2994 日前に担当しましたが、オープン中のプルリクエストはありません。 オープン

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  deprecated

  galaxyproject/tools-devteam#509 · コメント 9 件 · 担当者 1 名 · 2018年7月19日 に作成

• Enhancement: Upgrade Fastq interlacer 1.2.0 and de-interlacer 1.1.1 to work with Illumina 1.8+ identifiers

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  難易度 4/5 3〜5日 初心者へのやさしさ 35/100

  galaxyproject/tools-devteam#488 · 2017年10月3日 に作成

• gi2taxonomy seems outdated

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  難易度 5/5 1週間以上 初心者へのやさしさ 35/100

  galaxyproject/tools-devteam#483 · コメント 3 件 · 2017年8月28日 に作成

• Annovar v0.2 is problematic and needs a correction.

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  難易度 4/5 3〜5日 初心者へのやさしさ 25/100

  galaxyproject/tools-devteam#480 · 2017年7月25日 に作成

• fastq_paired_end_joiner does not work with read 3 or read 4 from Illumina

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  bug enhancement

  難易度 2/5 1〜3時間 初心者へのやさしさ 48/100

  galaxyproject/tools-devteam#479 · 2017年7月25日 に作成

• Unsorted BAM output for bwa mem?

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  難易度 3/5 1〜2日 初心者へのやさしさ 35/100

  galaxyproject/tools-devteam#478 · コメント 2 件 · リアクション 1 件 · 2017年7月25日 に作成

• Adding MiniKrakenDB and SILVA to Kraken Data manager?

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  難易度 5/5 1週間以上 初心者へのやさしさ 25/100

  galaxyproject/tools-devteam#443 · コメント 1 件 · 2017年1月25日 に作成

• Bamtools Filter BAM triggers a combined job instead of distinct jobs with version 2

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  難易度 3/5 1〜2日 初心者へのやさしさ 35/100

  galaxyproject/tools-devteam#440 · 2017年1月17日 に作成

• Enhance/normalize "Picard Normalize Fasta" default settings and better link-in custom genome formatting

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  enhancement

  難易度 5/5 1週間以上 初心者へのやさしさ 28/100

  galaxyproject/tools-devteam#433 · 2017年1月14日 に作成

• Picard FixMateInformation does not launch individual jobs when multiple datasets are selected

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  難易度 3/5 1〜2日 初心者へのやさしさ 38/100

  galaxyproject/tools-devteam#421 · 2016年12月14日 に作成

• GitHub and ToolShed are out of sync

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  難易度 5/5 1週間以上 初心者へのやさしさ 20/100

  galaxyproject/tools-devteam#416 · コメント 2 件 · 2016年11月22日 に作成

• Consistency with Rpy 1 and NumPy packages and tools, e.g. linear_regression

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  galaxyproject/tools-devteam#415 · コメント 4 件 · 2016年11月22日 に作成

• list of high profile tools to move to IUC

  再び着手できるかも @martenson が 3583 日前に担当しましたが、オープン中のプルリクエストはありません。 オープン

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  galaxyproject/tools-devteam#406 · コメント 5 件 · 担当者 1 名 · 2016年10月29日 に作成

• Update SICER to include more genome builds (ideally all on the instance)

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  enhancement software update

  難易度 4/5 3〜5日 初心者へのやさしさ 35/100

  galaxyproject/tools-devteam#390 · コメント 2 件 · 2016年9月14日 に作成

• Rsync with G2 search function no longer functioning on latest build

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  galaxyproject/tools-devteam#387 · 2016年9月2日 に作成

• How to access a genome fasta index (FAI) build with data_manager_sam_fasta_index_builder (qustion also on biostars)

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  galaxyproject/tools-devteam#362 · コメント 2 件 · 2016年3月31日 に作成

• Clean up cuffdiff (maybe others) collection hacks.

  再び着手できるかも @davebx が 3864 日前に担当しましたが、オープン中のプルリクエストはありません。 オープン

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  galaxyproject/tools-devteam#342 · 担当者 1 名 · 2016年3月2日 に作成

• cummeRbund 1.0.1 error - plots fail against sqlite database content

  再び着手できるかも @davebx が 3439 日前に担当しましたが、オープン中のプルリクエストはありません。 オープン

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  bug wip

  galaxyproject/tools-devteam#340 · コメント 9 件 · 担当者 1 名 · 2016年2月24日 に作成

• Add option for "BAMTools Convert, Merge, Randomize" to process a collection as a group

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  難易度 4/5 3〜5日 初心者へのやさしさ 25/100

  galaxyproject/tools-devteam#339 · 2016年2月24日 に作成

• BAMtools "Convert, Merge, Randomize" - "Random" option requires sorted input

  オープン

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  難易度 2/5 1〜3時間 初心者へのやさしさ 45/100

  galaxyproject/tools-devteam#338 · 2016年2月24日 に作成

• gops subtract broken

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  難易度 4/5 3〜5日 初心者へのやさしさ 35/100

  galaxyproject/tools-devteam#333 · コメント 5 件 · 2016年2月9日 に作成

• Add CreateSequenceDictionary to Picard Tools

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  galaxyproject/tools-devteam#331 · コメント 2 件 · 2016年2月4日 に作成

• Generate pileup from BAM dataset - tool output tabular format, not pileup

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  難易度 4/5 3〜5日 初心者へのやさしさ 30/100

  galaxyproject/tools-devteam#330 · 2016年2月2日 に作成

• Pileup datatype edit-attribute columns are a mismatch for type

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  galaxyproject/tools-devteam#329 · 2016年2月2日 に作成

• Annovar produces green empty dataset when output set to VCF

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  galaxyproject/tools-devteam#323 · 2016年1月20日 に作成

• Modify Bowtie2 DM so that it will not create duplicates when "Include Tophat2" is used

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  enhancement

  難易度 4/5 3〜5日 初心者へのやさしさ 35/100

  galaxyproject/tools-devteam#319 · 2016年1月14日 に作成

• Kraken installation via tool shed on Mac OSX 10.10.5 (for development)

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  galaxyproject/tools-devteam#315 · コメント 3 件 · 2015年12月14日 に作成

• Sam-merge error checking doesn't work well with BWA aligned reads

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  galaxyproject/tools-devteam#313 · 2015年12月14日 に作成

• Bwa-mem issues

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  galaxyproject/tools-devteam#312 · 2015年12月14日 に作成

• Custom reference genomes, bowtie fails to recognize

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  galaxyproject/tools-devteam#307 · コメント 8 件 · 2015年12月6日 に作成

• Kraken Data Table Definition is improper

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  galaxyproject/tools-devteam#292 · コメント 1 件 · 2015年11月19日 に作成

• gffread is problematic in the main Tool Shed

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  galaxyproject/tools-devteam#288 · 2015年11月16日 に作成

• Readgroup assigment in bwa, bwa-mem, and bowtie2 and possible other tools does not set SM tag

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  galaxyproject/tools-devteam#270 · コメント 3 件 · 2015年11月3日 に作成

• Create a tool that will Group and Filter on multiple columns

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  galaxyproject/tools-devteam#260 · コメント 6 件 · 2015年10月27日 に作成

• Remove sort_by from all reference select boxes

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  galaxyproject/tools-devteam#251 · 2015年10月19日 に作成

• Enhance "Convert Characters" to include option to ignore chars in quotes

  再び着手できるかも @jennaj が 3985 日前に担当しましたが、オープン中のプルリクエストはありません。 オープン

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  galaxyproject/tools-devteam#250 · コメント 5 件 · 担当者 1 名 · 2015年10月16日 に作成

• populate all .shed.yaml with descriptions and synopses from MTS

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  galaxyproject/tools-devteam#246 · コメント 7 件 · 2015年10月12日 に作成

• Genome fetching data manager has incorrect "GATK" sort

  再び着手できるかも @blankenberg が 4011 日前に担当しましたが、オープン中のプルリクエストはありません。 オープン

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  galaxyproject/tools-devteam#241 · 担当者 1 名 · 2015年10月6日 に作成

• samtools_mpileup fails when optional tag set is used

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  galaxyproject/tools-devteam#219 · コメント 1 件 · 2015年9月11日 に作成

• Update Tophat for Collection-Aware Read Group Mapping

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  galaxyproject/tools-devteam#202 · コメント 2 件 · 2015年8月3日 に作成

• Bamtools "Split" produces error

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  galaxyproject/tools-devteam#186 · コメント 2 件 · 2015年7月21日 に作成

• Sam_to_bam - make reference genome selection optional

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  galaxyproject/tools-devteam#174 · コメント 1 件 · 2015年7月4日 に作成

• Cuffquant (Galaxy Tool Version 2.2.1.0) tool vs tool form input mismatch

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  galaxyproject/tools-devteam#170 · コメント 2 件 · 2015年6月24日 に作成

• picard_MergeSAMFiles and sam_merge perform the same function

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  galaxyproject/tools-devteam#166 · 2015年6月19日 に作成

• picard_SortSam and sam_sort appear to be performing the same operation

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  galaxyproject/tools-devteam#162 · コメント 4 件 · 2015年6月18日 に作成