Bamtools Filter BAM triggers a combined job instead of distinct jobs with version 2
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Evaluación
- Dificultad
- 3/5
- Tiempo estimado
- 1-2 días
- Aptitud para principiantes
- 35/100
- Tipo de issue
- Error
- Claridad
- Bastante claro
- Estado de actividad
- Estancado
- Área
- bioinformatics
Línea de trabajo
Comienza en el repositorio de desarrollo de bamtools_filter y reproduce el problema utilizando el historial de ejemplo enlazado con varias entradas BAM. Compara las versiones de la herramienta 0.0.1 y 0.0.2 mientras compruebas cómo se representan las entradas de selección múltiple. Se considera terminado cuando se crean trabajos distintos y cada trabajo finaliza sin el error de archivo de entrada de bamtools.
Escrito por el modelo de indexación a partir del texto del issue.
Descripción
Problem
Multi-select of inputs results in a combined job, instead of distinct jobs, and ends in failure.
Error (presumably due to multiple BAM datasets sent as input):
bamtools filter ERROR: could not open input files for reading.
/galaxy-repl/main/jobdir/XXX/XXX/XXX/tool_script.sh: line 9: 21396 Segmentation fault (core dumped) bamtools filter -script /galaxy-repl/main/jobdir/XXX/XX/XXX/tmpa1OIsW -in "
Problem with Galaxy Version 0.0.2
Works correctly with Galaxy Version 0.0.1
Example history
Could be used for testing fix.
https://usegalaxy.org/u/jen/h/test-problem-bamtools--filter-bam-datasets
Tool v2 details
- Development repository: https://github.com/galaxyproject/tools-devteam/tree/master/tool_collections/bamtools/bamtools_filter
- Link to this repository: https://toolshed.g2.bx.psu.edu/view/devteam/bamtools_filter/29ba2103739c
cc @galaxyproject/guac
- Lenguaje dominante
- Python
- Estrellas
- 37
- Forks
- 94
- Métricas de merge de PR
- Sin PR fusionados en 30 d
Preparar el entorno
- Sin Dockerfile ni archivo de Docker Compose
- Sin plantilla de pull request
- Leer la guía de contribución
Primeros pasos
- Lee el issue completo y luego la guía de contribución del proyecto.
- Comenta en el issue que vas a ocuparte — evita que dos personas hagan lo mismo.
- Haz un fork del repositorio y trabaja en una rama.
- Abre un pull request que haga referencia al número del issue.
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