Custom reference genomes, bowtie fails to recognize
まだ誰も着手していません。
評価
- 難易度
- 4/5
- 見積もり時間
- 3〜5日
- 初心者へのやさしさ
- 25/100
- issue の種類
- ドキュメント
- 明瞭さ
- 説明が足りない
- 活発さ
- 停滞
調査の方向性
tool-data/bowtie-indices.loc と Map with Bowtie for Illumina tool から始め、Galaxy が現在インストール済みのリファレンスゲノムをどのように検出しているかを確認します。現在のインストール手順と .loc ファイルの手順を文書化し、再起動後に Schizosaccharomyces Pombe が利用可能なリファレンスとして表示されることを完了条件とします。
索引モデルが issue の本文から書いたものです。
説明
Hi,
I'm trying to install the Schizosaccharomyces Pombe reference genome for use on Galaxy. I've found various instructions on how to do so (it seems routines on using .loc files has changed in recent iterations of Galaxy?), and I see that for bowtie tool-data/bowtie-indices.loc is used for locating reference genome bowtie files. Yet after installing the genome in an accessible location and updating .loc-files (and restarting), the option of applying the S. Pombe genome as reference is still not available.
Specifically the tool I'm interrested in using is Map with Bowtie for Illumina.
What are the most up-to-date instructions on installing reference genomes?
- 主要言語
- Python
- スター
- 37
- フォーク
- 94
- PR マージ指標
- 30日以内にマージされた PR はありません
環境構築
- Dockerfile・Docker Compose ファイルなし
- プルリクエストのテンプレートなし
- コントリビューションガイドを読む
はじめの一歩
- issue を最後まで読み、次にプロジェクトのコントリビューションガイドを読みます。
- 着手することを issue にコメントします — 二人が同じ作業をするのを防げます。
- リポジトリをフォークし、ブランチを切って変更します。
- issue 番号を参照したプルリクエストを送ります。
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