Custom reference genomes, bowtie fails to recognize
Chưa có ai nhận issue này.
Đánh giá
- Độ khó
- 4/5
- Thời gian dự kiến
- 3-5 ngày
- Mức phù hợp với người mới
- 25/100
- Loại issue
- Tài liệu
- Độ rõ ràng
- Cần làm rõ
- Mức độ hoạt động
- Đình trệ
- Lĩnh vực
- bioinformatics, documentation
Hướng nghiên cứu
Bắt đầu với tool-data/bowtie-indices.loc và công cụ Map with Bowtie for Illumina, sau đó kiểm tra cách Galaxy hiện phát hiện các hệ gen tham chiếu đã cài đặt. Ghi lại các bước cài đặt và các bước đối với tệp .loc hiện tại; công việc được hoàn tất khi Schizosaccharomyces Pombe xuất hiện dưới dạng một tham chiếu khả dụng sau khi khởi động lại.
Do mô hình lập chỉ mục viết ra từ nội dung của issue.
Mô tả
Hi,
I'm trying to install the Schizosaccharomyces Pombe reference genome for use on Galaxy. I've found various instructions on how to do so (it seems routines on using .loc files has changed in recent iterations of Galaxy?), and I see that for bowtie tool-data/bowtie-indices.loc is used for locating reference genome bowtie files. Yet after installing the genome in an accessible location and updating .loc-files (and restarting), the option of applying the S. Pombe genome as reference is still not available.
Specifically the tool I'm interrested in using is Map with Bowtie for Illumina.
What are the most up-to-date instructions on installing reference genomes?
- Ngôn ngữ chính
- Python
- Star
- 37
- Fork
- 94
- Chỉ số merge pull request
- Không có pull request nào được merge trong 30 ngày
Chuẩn bị môi trường
- Không có Dockerfile hay tệp Docker Compose
- Không có mẫu pull request
- Đọc hướng dẫn đóng góp
Bắt đầu từ đâu
- Đọc hết issue, rồi đọc hướng dẫn đóng góp của dự án.
- Bình luận trên issue rằng bạn sẽ nhận — tránh hai người làm cùng một việc.
- Fork repository và làm thay đổi trên một nhánh.
- Mở pull request có tham chiếu số hiệu của issue.
Issue khác của galaxyproject/tools-devteam
-
Độ khó 3/5 1-2 ngày Mức phù hợp với người mới 35/100
galaxyproject/tools-devteam#632 · 1 bình luận ·
-
bug
Độ khó 4/5 3-5 ngày Mức phù hợp với người mới 35/100
galaxyproject/tools-devteam#626 ·
-
Test against 22.01Đang mở
Độ khó 3/5 1-2 ngày Mức phù hợp với người mới 15/100
galaxyproject/tools-devteam#602 · 2 bình luận ·
-
Unused tool parametersĐang mở
Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 45/100
galaxyproject/tools-devteam#601 · 1 bình luận ·
-
Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 38/100
galaxyproject/tools-devteam#597 · 4 bình luận ·
Tất cả issue của galaxyproject/tools-devteam
Issue tương tự
-
bug server
Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 78/100
Maintainer thường phản hồi trong vòng 1 ngày
-
Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 78/100
sportsdataverse/sportsdataverse-py#641 ·
Maintainer thường phản hồi trong vòng 1 ngày
-
Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 82/100
googleapis/google-cloud-python#18532 ·
Maintainer thường phản hồi trong vòng 1 ngày
-
Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 72/100
Maintainer thường phản hồi trong vòng 1 ngày
-
Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 72/100
Maintainer thường phản hồi trong vòng 1 ngày