Custom reference genomes, bowtie fails to recognize
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Valutazione
- Difficoltà
- 4/5
- Tempo stimato
- 3-5 giorni
- Idoneità per principianti
- 25/100
- Tipo di issue
- Documentazione
- Chiarezza
- Da chiarire
- Stato di attività
- Ferma
- Ambito
- bioinformatics, documentation
Direzione di ricerca
Inizia con tool-data/bowtie-indices.loc e lo strumento Map with Bowtie for Illumina, quindi verifica come Galaxy rileva attualmente i genomi di riferimento installati. Documenta i passaggi attuali per l’installazione e per il file .loc; l’attività è completata quando Schizosaccharomyces Pombe appare come riferimento disponibile dopo il riavvio.
Scritto dal modello di indicizzazione a partire dal testo della issue.
Descrizione
Hi,
I'm trying to install the Schizosaccharomyces Pombe reference genome for use on Galaxy. I've found various instructions on how to do so (it seems routines on using .loc files has changed in recent iterations of Galaxy?), and I see that for bowtie tool-data/bowtie-indices.loc is used for locating reference genome bowtie files. Yet after installing the genome in an accessible location and updating .loc-files (and restarting), the option of applying the S. Pombe genome as reference is still not available.
Specifically the tool I'm interrested in using is Map with Bowtie for Illumina.
What are the most up-to-date instructions on installing reference genomes?
- Lingua principale
- Python
- Stelle
- 37
- Fork
- 94
- Metriche di merge delle PR
- Nessuna PR unita negli ultimi 30g
Preparare l'ambiente
Come iniziare
- Leggi tutta la issue e poi la guida ai contributi del progetto.
- Commenta sulla issue per dire che te ne occupi tu — evita che due persone facciano lo stesso lavoro.
- Fai un fork del repository e lavora su un branch.
- Apri una pull request che faccia riferimento al numero della issue.
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