galaxyproject/tools-devteam

Les issues sur lesquelles quelqu’un travaille peut-être déjà sont listées en dernier. Tout trier par date

• Scatterplot: select the columns based on colnames rather than position in the table

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  galaxyproject/tools-devteam#632 · 1 commentaire · Ouverte le 23/1/2025

• RPY package dependency issue with kcca1 1.0.0

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  Difficulté 4/5 3-5 jours Accessibilité débutants 35/100

  galaxyproject/tools-devteam#626 · Ouverte le 9/8/2024

• Test against 22.01

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  galaxyproject/tools-devteam#602 · 2 commentaires · Ouverte le 4/2/2022

• Unused tool parameters

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  galaxyproject/tools-devteam#601 · 1 commentaire · Ouverte le 24/1/2022

• Fix gifs in Get flanks tool description

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  galaxyproject/tools-devteam#597 · 4 commentaires · Ouverte le 28/10/2021

• Cuffdiff 2.2.1.5 SQLite option results in job failures

  Peut-être à nouveau libre @davebx l’a pris il y a 2990 jours, et aucune pull request n’est ouverte. Ouverte

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  deprecated

  galaxyproject/tools-devteam#509 · 9 commentaires · 1 personne assignée · Ouverte le 19/7/2018

• Enhancement: Upgrade Fastq interlacer 1.2.0 and de-interlacer 1.1.1 to work with Illumina 1.8+ identifiers

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  galaxyproject/tools-devteam#488 · Ouverte le 3/10/2017

• gi2taxonomy seems outdated

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  galaxyproject/tools-devteam#483 · 3 commentaires · Ouverte le 28/8/2017

• Annovar v0.2 is problematic and needs a correction.

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  Difficulté 4/5 3-5 jours Accessibilité débutants 25/100

  galaxyproject/tools-devteam#480 · Ouverte le 25/7/2017

• fastq_paired_end_joiner does not work with read 3 or read 4 from Illumina

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  galaxyproject/tools-devteam#479 · Ouverte le 25/7/2017

• Unsorted BAM output for bwa mem?

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  galaxyproject/tools-devteam#478 · 2 commentaires · 1 réaction · Ouverte le 25/7/2017

• Adding MiniKrakenDB and SILVA to Kraken Data manager?

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  galaxyproject/tools-devteam#443 · 1 commentaire · Ouverte le 25/1/2017

• Bamtools Filter BAM triggers a combined job instead of distinct jobs with version 2

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  galaxyproject/tools-devteam#440 · Ouverte le 17/1/2017

• Enhance/normalize "Picard Normalize Fasta" default settings and better link-in custom genome formatting

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  galaxyproject/tools-devteam#433 · Ouverte le 14/1/2017

• Picard FixMateInformation does not launch individual jobs when multiple datasets are selected

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  galaxyproject/tools-devteam#421 · Ouverte le 14/12/2016

• GitHub and ToolShed are out of sync

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  galaxyproject/tools-devteam#416 · 2 commentaires · Ouverte le 22/11/2016

• Consistency with Rpy 1 and NumPy packages and tools, e.g. linear_regression

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  galaxyproject/tools-devteam#415 · 4 commentaires · Ouverte le 22/11/2016

• list of high profile tools to move to IUC

  Peut-être à nouveau libre @martenson l’a pris il y a 3579 jours, et aucune pull request n’est ouverte. Ouverte

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  galaxyproject/tools-devteam#406 · 5 commentaires · 1 personne assignée · Ouverte le 29/10/2016

• Update SICER to include more genome builds (ideally all on the instance)

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  enhancement software update

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  galaxyproject/tools-devteam#390 · 2 commentaires · Ouverte le 14/9/2016

• Rsync with G2 search function no longer functioning on latest build

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  galaxyproject/tools-devteam#387 · Ouverte le 2/9/2016

• How to access a genome fasta index (FAI) build with data_manager_sam_fasta_index_builder (qustion also on biostars)

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  galaxyproject/tools-devteam#362 · 2 commentaires · Ouverte le 31/3/2016

• Clean up cuffdiff (maybe others) collection hacks.

  Peut-être à nouveau libre @davebx l’a pris il y a 3860 jours, et aucune pull request n’est ouverte. Ouverte

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  galaxyproject/tools-devteam#342 · 1 personne assignée · Ouverte le 2/3/2016

• cummeRbund 1.0.1 error - plots fail against sqlite database content

  Peut-être à nouveau libre @davebx l’a pris il y a 3435 jours, et aucune pull request n’est ouverte. Ouverte

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  bug wip

  galaxyproject/tools-devteam#340 · 9 commentaires · 1 personne assignée · Ouverte le 24/2/2016

• Add option for "BAMTools Convert, Merge, Randomize" to process a collection as a group

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  galaxyproject/tools-devteam#339 · Ouverte le 24/2/2016

• BAMtools "Convert, Merge, Randomize" - "Random" option requires sorted input

  Ouverte

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  galaxyproject/tools-devteam#338 · Ouverte le 24/2/2016

• gops subtract broken

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  galaxyproject/tools-devteam#333 · 5 commentaires · Ouverte le 9/2/2016

• Add CreateSequenceDictionary to Picard Tools

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  galaxyproject/tools-devteam#331 · 2 commentaires · Ouverte le 4/2/2016

• Generate pileup from BAM dataset - tool output tabular format, not pileup

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  galaxyproject/tools-devteam#330 · Ouverte le 2/2/2016

• Pileup datatype edit-attribute columns are a mismatch for type

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  galaxyproject/tools-devteam#329 · Ouverte le 2/2/2016

• Annovar produces green empty dataset when output set to VCF

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  galaxyproject/tools-devteam#323 · Ouverte le 20/1/2016

• Modify Bowtie2 DM so that it will not create duplicates when "Include Tophat2" is used

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  galaxyproject/tools-devteam#319 · Ouverte le 14/1/2016

• Kraken installation via tool shed on Mac OSX 10.10.5 (for development)

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  galaxyproject/tools-devteam#315 · 3 commentaires · Ouverte le 14/12/2015

• Sam-merge error checking doesn't work well with BWA aligned reads

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  galaxyproject/tools-devteam#313 · Ouverte le 14/12/2015

• Bwa-mem issues

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  galaxyproject/tools-devteam#312 · Ouverte le 14/12/2015

• Custom reference genomes, bowtie fails to recognize

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  galaxyproject/tools-devteam#307 · 8 commentaires · Ouverte le 6/12/2015

• Kraken Data Table Definition is improper

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  galaxyproject/tools-devteam#292 · 1 commentaire · Ouverte le 19/11/2015

• gffread is problematic in the main Tool Shed

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  galaxyproject/tools-devteam#288 · Ouverte le 16/11/2015

• Readgroup assigment in bwa, bwa-mem, and bowtie2 and possible other tools does not set SM tag

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  galaxyproject/tools-devteam#270 · 3 commentaires · Ouverte le 3/11/2015

• Create a tool that will Group and Filter on multiple columns

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  galaxyproject/tools-devteam#260 · 6 commentaires · Ouverte le 27/10/2015

• Remove sort_by from all reference select boxes

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  galaxyproject/tools-devteam#251 · Ouverte le 19/10/2015

• Enhance "Convert Characters" to include option to ignore chars in quotes

  Peut-être à nouveau libre @jennaj l’a pris il y a 3981 jours, et aucune pull request n’est ouverte. Ouverte

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  galaxyproject/tools-devteam#250 · 5 commentaires · 1 personne assignée · Ouverte le 16/10/2015

• populate all .shed.yaml with descriptions and synopses from MTS

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  galaxyproject/tools-devteam#246 · 7 commentaires · Ouverte le 12/10/2015

• Genome fetching data manager has incorrect "GATK" sort

  Peut-être à nouveau libre @blankenberg l’a pris il y a 4007 jours, et aucune pull request n’est ouverte. Ouverte

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  galaxyproject/tools-devteam#241 · 1 personne assignée · Ouverte le 6/10/2015

• samtools_mpileup fails when optional tag set is used

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  galaxyproject/tools-devteam#219 · 1 commentaire · Ouverte le 11/9/2015

• Update Tophat for Collection-Aware Read Group Mapping

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  galaxyproject/tools-devteam#202 · 2 commentaires · Ouverte le 3/8/2015

• Bamtools "Split" produces error

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  galaxyproject/tools-devteam#186 · 2 commentaires · Ouverte le 21/7/2015

• Sam_to_bam - make reference genome selection optional

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  galaxyproject/tools-devteam#174 · 1 commentaire · Ouverte le 4/7/2015

• Cuffquant (Galaxy Tool Version 2.2.1.0) tool vs tool form input mismatch

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  galaxyproject/tools-devteam#170 · 2 commentaires · Ouverte le 24/6/2015

• picard_MergeSAMFiles and sam_merge perform the same function

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  galaxyproject/tools-devteam#166 · Ouverte le 19/6/2015

• picard_SortSam and sam_sort appear to be performing the same operation

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  galaxyproject/tools-devteam#162 · 4 commentaires · Ouverte le 18/6/2015