Update Tophat for Collection-Aware Read Group Mapping
まだ誰も着手していません。
評価
- 難易度
- 4/5
- 見積もり時間
- 3〜5日
- 初心者へのやさしさ
- 30/100
- issue の種類
- 機能追加
- 明瞭さ
- おおむね明確
- 活発さ
- 停滞
- 技術スタック
- python
調査の方向性
まず既存のGalaxy Tophatツールの設定とそのread-groupオプションを確認し、欠落しているpi、ks、fo、pgフィールドをSAM仕様と比較します。残りのヘッダーをそこで公開できるのか、再利用されたマクロを介してマッピングする必要があるのかを判断するために、Tophatのソースを調べます。残りの有効なフィールドを指定できれば完了です。
索引モデルが issue の本文から書いたものです。
説明
Last bit of https://github.com/galaxyproject/tools-devteam/issues/92 which was mostly dealt with.
The problem with tophat is that it does not allow arbitrary read groups or at least all of the valid Broad/SAM specification ones. We could pick and choose pieces of the macros to reuse and adapt the conditionals to tophat - or we can try to get tophat to allow the remaining headers to be specifiable.
Tophat source code is at https://github.com/infphilo/tophat.
Current header supported:
--rg-id <string> (read group ID)
--rg-sample <string> (sample ID)
--rg-library <string> (library ID)
--rg-description <string> (descriptive string, no tabs allowed)
--rg-platform-unit <string> (e.g Illumina lane ID)
--rg-center <string> (sequencing center name)
--rg-date <string> (ISO 8601 date of the sequencing run)
--rg-platform <string> (Sequencing platform descriptor)
Missing options include pi, ks, fo, pg.
See SAM specification for definitions of these options - https://samtools.github.io/hts-specs/SAMv1.pdf.
- 主要言語
- Python
- スター
- 37
- フォーク
- 94
- PR マージ指標
- 30日以内にマージされた PR はありません
環境構築
- Dockerfile・Docker Compose ファイルなし
- プルリクエストのテンプレートなし
- コントリビューションガイドを読む
はじめの一歩
- issue を最後まで読み、次にプロジェクトのコントリビューションガイドを読みます。
- 着手することを issue にコメントします — 二人が同じ作業をするのを防げます。
- リポジトリをフォークし、ブランチを切って変更します。
- issue 番号を参照したプルリクエストを送ります。
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