RosettaCommons

誰かが対応中かもしれないイシューは最後に並べています。 すべて日付順に表示

• [BUG] RFD3 and RF3 hydra configs path search doesn't match distribution

  オープン

  ⋯この Issue の問題を報告

  • 何か問題がありますか？

  • すでに着手されている
  • 初心者向けではない
  • 古い・無効
  • その他…
  • 送信 キャンセル
  bug

  難易度 2/5 1〜3時間 初心者へのやさしさ 85/100

  RosettaCommons/foundry#403 · 2026年10月14日 に作成

  メンテナーはふだん 1 日以内に返信

• [QUEST]Consistency between RFOptimization and gradient-based optimization

  オープン

  ⋯この Issue の問題を報告

  • 何か問題がありますか？

  • すでに着手されている
  • 初心者向けではない
  • 古い・無効
  • その他…
  • 送信 キャンセル
  question

  難易度 5/5 1週間以上 初心者へのやさしさ 20/100

  RosettaCommons/foundry#398 · 2026年10月11日 に作成

  メンテナーはふだん 1 日以内に返信

• [BUG] Contiguous input fragments are broken apart during unindexed motif scaffolding

  オープン

  ⋯この Issue の問題を報告

  • 何か問題がありますか？

  • すでに着手されている
  • 初心者向けではない
  • 古い・無効
  • その他…
  • 送信 キャンセル
  bug

  難易度 4/5 3〜5日 初心者へのやさしさ 45/100

  RosettaCommons/foundry#395 · コメント 1 件 · 2026年10月7日 に作成

  メンテナーはふだん 1 日以内に返信

• Audit ambiguous tetrahedral P bond order before adding hypervalent H-placement fallback

  オープン

  ⋯この Issue の問題を報告

  • 何か問題がありますか？

  • すでに着手されている
  • 初心者向けではない
  • 古い・無効
  • その他…
  • 送信 キャンセル

  難易度 4/5 3〜5日 初心者へのやさしさ 48/100

  RosettaCommons/atomworks#106 · 2026年10月2日 に作成

  メンテナーはふだん 1 日以内に返信

• Support rebuilding declared P-H at five-coordinate centers: OMol phosphorane reproducer

  オープン

  ⋯この Issue の問題を報告

  • 何か問題がありますか？

  • すでに着手されている
  • 初心者向けではない
  • 古い・無効
  • その他…
  • 送信 キャンセル

  難易度 5/5 1週間以上 初心者へのやさしさ 35/100

  RosettaCommons/atomworks#105 · 2026年10月2日 に作成

  メンテナーはふだん 1 日以内に返信

• Cartesian MinMover segfaults with a partial MoveMap when the pose contains a D-amino acid defined in its own .params file (rama_prepro)

  オープン

  ⋯この Issue の問題を報告

  • 何か問題がありますか？

  • すでに着手されている
  • 初心者向けではない
  • 古い・無効
  • その他…
  • 送信 キャンセル

  難易度 4/5 3〜5日 初心者へのやさしさ 45/100

  RosettaCommons/rosetta#766 · 2026年10月1日 に作成

• [FEAT]Add githash in output files for all models

  オープン

  ⋯この Issue の問題を報告

  • 何か問題がありますか？

  • すでに着手されている
  • 初心者向けではない
  • 古い・無効
  • その他…
  • 送信 キャンセル
  enhancement

  難易度 4/5 3〜5日 初心者へのやさしさ 48/100

  RosettaCommons/foundry#386 · 2026年9月30日 に作成

  メンテナーはふだん 1 日以内に返信

• RF3 training cutoff uses PDB deposition date — implications for temporal benchmark leakage

  再び着手できるかも @r-krishna が 29 日前に担当しましたが、オープン中のプルリクエストはありません。 オープン

  ⋯この Issue の問題を報告

  • 何か問題がありますか？

  • すでに着手されている
  • 初心者向けではない
  • 古い・無効
  • その他…
  • 送信 キャンセル

  RosettaCommons/foundry#381 · 担当者 2 名 · 2026年9月18日 に作成

  メンテナーはふだん 1 日以内に返信

• [Bug] RF3 validation step in end-to-end notebook uses undesigned RFD3 backbone instead of MPNN-designed structure, causing abnormally high RMSD

  オープン

  ⋯この Issue の問題を報告

  • 何か問題がありますか？

  • すでに着手されている
  • 初心者向けではない
  • 古い・無効
  • その他…
  • 送信 キャンセル
  bug

  難易度 2/5 1〜3時間 初心者へのやさしさ 78/100

  RosettaCommons/foundry#380 · 2026年9月10日 に作成

  メンテナーはふだん 1 日以内に返信

• Help in understanding - most generated candidates are not close to the hotspots defined

  オープン

  ⋯この Issue の問題を報告

  • 何か問題がありますか？

  • すでに着手されている
  • 初心者向けではない
  • 古い・無効
  • その他…
  • 送信 キャンセル

  難易度 5/5 1週間以上 初心者へのやさしさ 25/100

  RosettaCommons/RFantibody#102 · コメント 1 件 · 2026年8月21日 に作成

• Dependency on biotite 1.4.0 requires pdbx_PDB_ins_code in atom_site type cifs

  再び着手できるかも @nscorley が 57 日前に担当しましたが、オープン中のプルリクエストはありません。 オープン

  ⋯この Issue の問題を報告

  • 何か問題がありますか？

  • すでに着手されている
  • 初心者向けではない
  • 古い・無効
  • その他…
  • 送信 キャンセル

  RosettaCommons/atomworks#99 · 担当者 1 名 · 2026年8月19日 に作成

  メンテナーはふだん 1 日以内に返信

• [BUG] Hydrogen Bond Metrics Not Getting Calculated

  オープン

  ⋯この Issue の問題を報告

  • 何か問題がありますか？

  • すでに着手されている
  • 初心者向けではない
  • 古い・無効
  • その他…
  • 送信 キャンセル
  bug

  難易度 3/5 1〜2日 初心者へのやさしさ 76/100

  RosettaCommons/foundry#374 · 2026年8月14日 に作成

  メンテナーはふだん 1 日以内に返信

• [BUG] RFdiffusion3 not respecting positions of fixed atoms in unindexed residues

  オープン

  ⋯この Issue の問題を報告

  • 何か問題がありますか？

  • すでに着手されている
  • 初心者向けではない
  • 古い・無効
  • その他…
  • 送信 キャンセル
  bug

  難易度 4/5 3〜5日 初心者へのやさしさ 48/100

  RosettaCommons/foundry#372 · コメント 1 件 · 2026年8月12日 に作成

  メンテナーはふだん 1 日以内に返信

• Stale .ccd_codes_cache: components added under an existing letter dir are silently invisible

  オープン

  ⋯この Issue の問題を報告

  • 何か問題がありますか？

  • すでに着手されている
  • 初心者向けではない
  • 古い・無効
  • その他…
  • 送信 キャンセル

  難易度 3/5 1〜2日 初心者へのやさしさ 64/100

  RosettaCommons/atomworks#97 · 2026年8月11日 に作成

  メンテナーはふだん 1 日以内に返信

• hotspot_show_proportion=1 does not show all hotspots (random_round adds a coin flip)

  オープン

  ⋯この Issue の問題を報告

  • 何か問題がありますか？

  • すでに着手されている
  • 初心者向けではない
  • 古い・無効
  • その他…
  • 送信 キャンセル

  難易度 2/5 1〜3時間 初心者へのやさしさ 64/100

  RosettaCommons/RFantibody#101 · コメント 2 件 · 2026年8月10日 に作成

• sheet_fraction and helix_fraction

  オープン

  ⋯この Issue の問題を報告

  • 何か問題がありますか？

  • すでに着手されている
  • 初心者向けではない
  • 古い・無効
  • その他…
  • 送信 キャンセル
  question

  難易度 4/5 3〜5日 初心者へのやさしさ 35/100

  RosettaCommons/foundry#370 · コメント 2 件 · 2026年7月30日 に作成

  メンテナーはふだん 1 日以内に返信

• Which original RFdiffusion checkpoint was used to initialize RFantibody training?

  オープン

  ⋯この Issue の問題を報告

  • 何か問題がありますか？

  • すでに着手されている
  • 初心者向けではない
  • 古い・無効
  • その他…
  • 送信 キャンセル

  難易度 2/5 1〜3時間 初心者へのやさしさ 45/100

  RosettaCommons/RFantibody#100 · 2026年7月25日 に作成

• [QUEST] Inpainting residues with RFD3 only gives glycines

  オープン

  ⋯この Issue の問題を報告

  • 何か問題がありますか？

  • すでに着手されている
  • 初心者向けではない
  • 古い・無効
  • その他…
  • 送信 キャンセル
  question

  難易度 5/5 1週間以上 初心者へのやさしさ 35/100

  RosettaCommons/foundry#366 · コメント 4 件 · 2026年7月22日 に作成

  メンテナーはふだん 1 日以内に返信

• atomworks should ignore obsoleted CCD codes

  再び着手できるかも @nscorley が 88 日前に担当しましたが、オープン中のプルリクエストはありません。 オープン

  ⋯この Issue の問題を報告

  • 何か問題がありますか？

  • すでに着手されている
  • 初心者向けではない
  • 古い・無効
  • その他…
  • 送信 キャンセル

  RosettaCommons/atomworks#94 · 担当者 1 名 · 2026年7月20日 に作成

  メンテナーはふだん 1 日以内に返信

• Repeated RosettaDock crashes

  オープン

  ⋯この Issue の問題を報告

  • 何か問題がありますか？

  • すでに着手されている
  • 初心者向けではない
  • 古い・無効
  • その他…
  • 送信 キャンセル

  難易度 4/5 3〜5日 初心者へのやさしさ 35/100

  RosettaCommons/rosetta#739 · コメント 1 件 · 2026年7月16日 に作成

• [Bug]`int()` parsing failure when component contains `P` suffix during RFD3 input parsing

  オープン

  ⋯この Issue の問題を報告

  • 何か問題がありますか？

  • すでに着手されている
  • 初心者向けではない
  • 古い・無効
  • その他…
  • 送信 キャンセル
  bug

  難易度 2/5 1〜3時間 初心者へのやさしさ 74/100

  RosettaCommons/foundry#362 · 2026年7月8日 に作成

  メンテナーはふだん 1 日以内に返信

• Problem with lowres docking script hanging after a couple of decoys

  オープン

  ⋯この Issue の問題を報告

  • 何か問題がありますか？

  • すでに着手されている
  • 初心者向けではない
  • 古い・無効
  • その他…
  • 送信 キャンセル

  難易度 3/5 1〜2日 初心者へのやさしさ 35/100

  RosettaCommons/PyRosetta.notebooks#116 · コメント 1 件 · 2026年7月2日 に作成

• [QUEST]multiple GPUs

  オープン

  ⋯この Issue の問題を報告

  • 何か問題がありますか？

  • すでに着手されている
  • 初心者向けではない
  • 古い・無効
  • その他…
  • 送信 キャンセル
  question

  難易度 5/5 1週間以上 初心者へのやさしさ 25/100

  RosettaCommons/foundry#336 · コメント 6 件 · 2026年6月30日 に作成

  メンテナーはふだん 1 日以内に返信

• [BUG] Denoised and noisy trajectories are accidentally swapped during reshaping in inference engine

  再び着手できるかも @Ubiquinone-dot が 109 日前に担当しましたが、オープン中のプルリクエストはありません。 オープン

  ⋯この Issue の問題を報告

  • 何か問題がありますか？

  • すでに着手されている
  • 初心者向けではない
  • 古い・無効
  • その他…
  • 送信 キャンセル

  RosettaCommons/foundry#335 · 担当者 1 名 · 2026年6月29日 に作成

  メンテナーはふだん 1 日以内に返信

• FastRelax on RoseTTaFold3 protein-ligand complexes

  再び着手できるかも @roccomoretti が 114 日前に担当しましたが、オープン中のプルリクエストはありません。 オープン

  ⋯この Issue の問題を報告

  • 何か問題がありますか？

  • すでに着手されている
  • 初心者向けではない
  • 古い・無効
  • その他…
  • 送信 キャンセル

  RosettaCommons/rosetta#721 · コメント 2 件 · 担当者 1 名 · 2026年6月24日 に作成

• [BUG] RFD3 unindexed motif loss uses an atom-level mask as a token-level mask

  再び着手できるかも @Ubiquinone-dot が 116 日前に担当しましたが、オープン中のプルリクエストはありません。 オープン

  ⋯この Issue の問題を報告

  • 何か問題がありますか？

  • すでに着手されている
  • 初心者向けではない
  • 古い・無効
  • その他…
  • 送信 キャンセル
  bug

  RosettaCommons/foundry#330 · 担当者 2 名 · 2026年6月22日 に作成

  メンテナーはふだん 1 日以内に返信

• sugar chains

  オープン

  ⋯この Issue の問題を報告

  • 何か問題がありますか？

  • すでに着手されている
  • 初心者向けではない
  • 古い・無効
  • その他…
  • 送信 キャンセル
  question

  難易度 5/5 1週間以上 初心者へのやさしさ 30/100

  RosettaCommons/foundry#328 · コメント 2 件 · 2026年6月21日 に作成

  メンテナーはふだん 1 日以内に返信

• Designing a symmetric binder

  オープン

  ⋯この Issue の問題を報告

  • 何か問題がありますか？

  • すでに着手されている
  • 初心者向けではない
  • 古い・無効
  • その他…
  • 送信 キャンセル

  難易度 5/5 1週間以上 初心者へのやさしさ 25/100

  RosettaCommons/RFdiffusion#456 · コメント 3 件 · 2026年6月8日 に作成

• [QUEST]

  オープン

  ⋯この Issue の問題を報告

  • 何か問題がありますか？

  • すでに着手されている
  • 初心者向けではない
  • 古い・無効
  • その他…
  • 送信 キャンセル
  question

  難易度 5/5 1週間以上 初心者へのやさしさ 35/100

  RosettaCommons/foundry#291 · コメント 3 件 · 2026年6月2日 に作成

  メンテナーはふだん 1 日以内に返信

• Strategies for retaining the hydrogen-bond donor/acceptor architecture defined in the RFD3 active-site model during LigandMPNN sequence optimization

  オープン

  ⋯この Issue の問題を報告

  • 何か問題がありますか？

  • すでに着手されている
  • 初心者向けではない
  • 古い・無効
  • その他…
  • 送信 キャンセル

  難易度 5/5 1週間以上 初心者へのやさしさ 25/100

  RosettaCommons/foundry#289 · コメント 1 件 · 2026年6月2日 に作成

  メンテナーはふだん 1 日以内に返信

• How to generate cyclic backbone with rfdiffusion2

  オープン

  ⋯この Issue の問題を報告

  • 何か問題がありますか？

  • すでに着手されている
  • 初心者向けではない
  • 古い・無効
  • その他…
  • 送信 キャンセル

  難易度 3/5 1〜2日 初心者へのやさしさ 45/100

  RosettaCommons/RFdiffusion2#49 · コメント 2 件 · 2026年5月27日 に作成

• PermissionError: [Errno 13] Permission denied: 'outputs'

  オープン

  ⋯この Issue の問題を報告

  • 何か問題がありますか？

  • すでに着手されている
  • 初心者向けではない
  • 古い・無効
  • その他…
  • 送信 キャンセル

  難易度 3/5 1〜2日 初心者へのやさしさ 58/100

  RosettaCommons/RFantibody#99 · 2026年5月22日 に作成

• running nanobody example

  オープン

  ⋯この Issue の問題を報告

  • 何か問題がありますか？

  • すでに着手されている
  • 初心者向けではない
  • 古い・無効
  • その他…
  • 送信 キャンセル

  難易度 3/5 1〜2日 初心者へのやさしさ 35/100

  RosettaCommons/RFantibody#98 · 2026年5月21日 に作成

• Two-sided partial diffusion with sequence gaps?

  オープン

  ⋯この Issue の問題を報告

  • 何か問題がありますか？

  • すでに着手されている
  • 初心者向けではない
  • 古い・無効
  • その他…
  • 送信 キャンセル

  難易度 4/5 3〜5日 初心者へのやさしさ 45/100

  RosettaCommons/RFdiffusion#453 · コメント 1 件 · 2026年5月18日 に作成

• Ambiguous inter-chain attention indices definition

  再び着手できるかも @Ubiquinone-dot が 150 日前に担当しましたが、オープン中のプルリクエストはありません。 オープン

  ⋯この Issue の問題を報告

  • 何か問題がありますか？

  • すでに着手されている
  • 初心者向けではない
  • 古い・無効
  • その他…
  • 送信 キャンセル

  RosettaCommons/foundry#280 · 担当者 1 名 · 2026年5月16日 に作成

  メンテナーはふだん 1 日以内に返信

• [BUG] RFD3 symmetry fails for odd dihedral groups D3/D5

  再び着手できるかも @aimura09 が 152 日前に担当しましたが、オープン中のプルリクエストはありません。 オープン

  ⋯この Issue の問題を報告

  • 何か問題がありますか？

  • すでに着手されている
  • 初心者向けではない
  • 古い・無効
  • その他…
  • 送信 キャンセル
  bug

  RosettaCommons/foundry#278 · 担当者 1 名 · 2026年5月13日 に作成

  メンテナーはふだん 1 日以内に返信

• RF2 part

  オープン

  ⋯この Issue の問題を報告

  • 何か問題がありますか？

  • すでに着手されている
  • 初心者向けではない
  • 古い・無効
  • その他…
  • 送信 キャンセル

  難易度 5/5 1週間以上 初心者へのやさしさ 25/100

  RosettaCommons/RFantibody#97 · 2026年5月8日 に作成

• [BUG] RFD3 is missing training data artifacts

  再び着手できるかも @r-krishna が 162 日前に担当しましたが、オープン中のプルリクエストはありません。 オープン

  ⋯この Issue の問題を報告

  • 何か問題がありますか？

  • すでに着手されている
  • 初心者向けではない
  • 古い・無効
  • その他…
  • 送信 キャンセル
  bug

  RosettaCommons/foundry#276 · 担当者 1 名 · 2026年5月8日 に作成

  メンテナーはふだん 1 日以内に返信

• Diffusion of unindexed fixed residues islands with unindexed unfixed island

  オープン

  ⋯この Issue の問題を報告

  • 何か問題がありますか？

  • すでに着手されている
  • 初心者向けではない
  • 古い・無効
  • その他…
  • 送信 キャンセル
  enhancement

  難易度 4/5 3〜5日 初心者へのやさしさ 48/100

  RosettaCommons/foundry#274 · コメント 3 件 · 2026年5月4日 に作成

  メンテナーはふだん 1 日以内に返信

• unknown // undocumented harcoded files path

  オープン

  ⋯この Issue の問題を報告

  • 何か問題がありますか？

  • すでに着手されている
  • 初心者向けではない
  • 古い・無効
  • その他…
  • 送信 キャンセル

  難易度 3/5 1〜2日 初心者へのやさしさ 48/100

  RosettaCommons/RFantibody#95 · リアクション 2 件 · 2026年4月20日 に作成

• Missing ligand at zero occupancy

  再び着手できるかも @rclune が 180 日前に担当しましたが、オープン中のプルリクエストはありません。 オープン

  ⋯この Issue の問題を報告

  • 何か問題がありますか？

  • すでに着手されている
  • 初心者向けではない
  • 古い・無効
  • その他…
  • 送信 キャンセル
  bug

  RosettaCommons/foundry#271 · 担当者 1 名 · 2026年4月20日 に作成

  メンテナーはふだん 1 日以内に返信

• Binding validation, p_bind

  オープン

  ⋯この Issue の問題を報告

  • 何か問題がありますか？

  • すでに着手されている
  • 初心者向けではない
  • 古い・無効
  • その他…
  • 送信 キャンセル

  難易度 4/5 3〜5日 初心者へのやさしさ 35/100

  RosettaCommons/RFantibody#91 · コメント 2 件 · 2026年4月13日 に作成

• [BUG]

  オープン

  ⋯この Issue の問題を報告

  • 何か問題がありますか？

  • すでに着手されている
  • 初心者向けではない
  • 古い・無効
  • その他…
  • 送信 キャンセル
  bug

  難易度 4/5 3〜5日 初心者へのやさしさ 25/100

  RosettaCommons/foundry#266 · 2026年4月7日 に作成

  メンテナーはふだん 1 日以内に返信

• When I was designing, I specified L1:14, L3:11, H2:6, H3:15, but in the generated results, the lengths of L1, L3, H2, and H3 are not fixed. In some cases, H3 even reaches a length of 22 residues.

  オープン

  ⋯この Issue の問題を報告

  • 何か問題がありますか？

  • すでに着手されている
  • 初心者向けではない
  • 古い・無効
  • その他…
  • 送信 キャンセル

  難易度 4/5 3〜5日 初心者へのやさしさ 38/100

  RosettaCommons/RFantibody#90 · 2026年4月7日 に作成

• RF diffusion colab- RMSD

  オープン

  ⋯この Issue の問題を報告

  • 何か問題がありますか？

  • すでに着手されている
  • 初心者向けではない
  • 古い・無効
  • その他…
  • 送信 キャンセル

  難易度 5/5 1週間以上 初心者へのやさしさ 20/100

  RosettaCommons/RFdiffusion#449 · 2026年4月3日 に作成

• Subject: Help with restricting protein binder design to specific RNA loop region

  再び着手できるかも @andrewfavor95 が 198 日前に担当しましたが、オープン中のプルリクエストはありません。 オープン

  ⋯この Issue の問題を報告

  • 何か問題がありますか？

  • すでに着手されている
  • 初心者向けではない
  • 古い・無効
  • その他…
  • 送信 キャンセル

  RosettaCommons/RFDpoly#7 · 担当者 1 名 · 2026年4月1日 に作成

• [QUEST] Glycans as target

  再び着手できるかも @Ubiquinone-dot が 193 日前に担当しましたが、オープン中のプルリクエストはありません。 オープン

  ⋯この Issue の問題を報告

  • 何か問題がありますか？

  • すでに着手されている
  • 初心者向けではない
  • 古い・無効
  • その他…
  • 送信 キャンセル
  question

  RosettaCommons/foundry#255 · コメント 1 件 · 担当者 1 名 · 2026年3月31日 に作成

  メンテナーはふだん 1 日以内に返信

• [BUG] Unphysical sidechain rotamers generated for His, Lys, and more

  オープン

  ⋯この Issue の問題を報告

  • 何か問題がありますか？

  • すでに着手されている
  • 初心者向けではない
  • 古い・無効
  • その他…
  • 送信 キャンセル
  bug

  難易度 4/5 3〜5日 初心者へのやさしさ 38/100

  RosettaCommons/foundry#251 · コメント 1 件 · 2026年3月25日 に作成

  メンテナーはふだん 1 日以内に返信

• Readme contains CLI commands for a version >v0.1.10

  オープン

  ⋯この Issue の問題を報告

  • 何か問題がありますか？

  • すでに着手されている
  • 初心者向けではない
  • 古い・無効
  • その他…
  • 送信 キャンセル

  難易度 2/5 1〜3時間 初心者へのやさしさ 57/100

  RosettaCommons/foundry#249 · 2026年3月24日 に作成

  メンテナーはふだん 1 日以内に返信

• Partial diffusion returning the input molecule without modifications

  オープン

  ⋯この Issue の問題を報告

  • 何か問題がありますか？

  • すでに着手されている
  • 初心者向けではない
  • 古い・無効
  • その他…
  • 送信 キャンセル
  question

  難易度 4/5 3〜5日 初心者へのやさしさ 35/100

  RosettaCommons/foundry#247 · コメント 2 件 · 2026年3月23日 に作成

  メンテナーはふだん 1 日以内に返信