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PEtab-dev

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誰かが対応中かもしれないイシューは最後に並べています。 すべて日付順に表示

  • `petab_files_1to2` keeps a stale model file when converting into a non-empty output directory
    オープン
    • 何か問題がありますか？

    難易度 2/5 1〜3時間 初心者へのやさしさ 73/100

    PEtab-dev/libpetab-python#566 ·

    メンテナーはふだん 1 日以内に返信

  • v2: Update parameter table validation for PEtab 2.0 erratum E1 (infinite bounds)
    オープン
    • 何か問題がありますか？

    難易度 4/5 3〜5日 初心者へのやさしさ 55/100

    PEtab-dev/libpetab-python#565 ·

    メンテナーはふだん 1 日以内に返信

  • v2: linter doesn't check that placeholder IDs are unique
    オープン
    • 何か問題がありますか？

    難易度 3/5 1〜2日 初心者へのやさしさ 48/100

    PEtab-dev/libpetab-python#555 ·

    メンテナーはふだん 1 日以内に返信

  • `sympify_petab` returns `Integer` for Python/numpy integers, but `Float` for numeric strings
    オープン
    • 何か問題がありますか？

    難易度 2/5 1〜3時間 初心者へのやさしさ 50/100

    PEtab-dev/libpetab-python#553 ·

    メンテナーはふだん 1 日以内に返信

  • Collect minor spec inconsistencies and clean-ups for the next PEtab version
    オープン
    • 何か問題がありますか？
    v2

    難易度 4/5 1〜2日 初心者へのやさしさ 20/100

    PEtab-dev/PEtab#681 · コメント 2 件 ·

  • `petab_math_str` writes `nan` and `zoo`, which are not valid PEtab
    オープン
    • 何か問題がありますか？

    難易度 2/5 1〜3時間 初心者へのやさしさ 72/100

    PEtab-dev/libpetab-python#549 ·

    メンテナーはふだん 1 日以内に返信

  • v2: writing a problem reformats all math expressions, including unchanged ones
    オープン
    • 何か問題がありますか？

    難易度 4/5 1〜2日 初心者へのやさしさ 30/100

    PEtab-dev/libpetab-python#548 · コメント 1 件 ·

    メンテナーはふだん 1 日以内に返信

  • `ExperimentsToSbmlConverter`: "no priority set" warning is unreachable
    オープン
    • 何か問題がありますか？

    難易度 2/5 1〜3時間 初心者へのやさしさ 72/100

    PEtab-dev/libpetab-python#525 ·

    メンテナーはふだん 1 日以内に返信

  • Update notebooks in used in the docs to execute
    オープン
    • 何か問題がありますか？

    難易度 3/5 1〜2日 初心者へのやさしさ 55/100

    PEtab-dev/petab_sciml#94 ·

  • Update neural ODE helper for petab v2 specifications
    オープン
    • 何か問題がありますか？

    難易度 3/5 1〜2日 初心者へのやさしさ 68/100

    PEtab-dev/petab_sciml#93 ·

  • An estimated parameter is silently dropped from the simulation mapping when the model cannot give it a value
    オープン
    • 何か問題がありますか？

    難易度 4/5 3〜5日 初心者へのやさしさ 48/100

    PEtab-dev/libpetab-python#522 ·

    メンテナーはふだん 1 日以内に返信

  • Condition-table override referencing a parameter with a non-numeric InitialAssignment crashes with an opaque KeyError
    オープン
    • 何か問題がありますか？

    難易度 3/5 1〜2日 初心者へのやさしさ 72/100

    PEtab-dev/libpetab-python#519 ·

    メンテナーはふだん 1 日以内に返信

  • Improve model abstractions
    オープン
    • 何か問題がありますか？

    難易度 5/5 1週間以上 初心者へのやさしさ 25/100

    PEtab-dev/libpetab-python#518 ·

    メンテナーはふだん 1 日以内に返信

  • Consider extending the test suite to BNGL
    オープン
    • 何か問題がありますか？

    難易度 3/5 1〜2日 初心者へのやさしさ 45/100

    PEtab-dev/petab_test_suite#117 ·

  • Mapping table contributions to parameter table validation (SciML use case)
    オープン
    • 何か問題がありますか？
    v2 validation

    難易度 5/5 1週間以上 初心者へのやさしさ 35/100

    PEtab-dev/libpetab-python#494 · コメント 1 件 ·

    メンテナーはふだん 1 日以内に返信

  • Testability and Further Modularization
    再び着手できるかも オープン
    • 何か問題がありますか？
    help wanted improvement WIP

    PEtab-dev/PEtab-GUI#256 · 担当者 1 名 ·

  • `Find`: also search SBML / antimony model
    オープン
    • 何か問題がありますか？
    enhancement

    難易度 3/5 1〜2日 初心者へのやさしさ 45/100

    PEtab-dev/PEtab-GUI#255 ·

  • Support for PEtab 2.0
    再び着手できるかも オープン
    • 何か問題がありますか？
    enhancement

    PEtab-dev/PEtab-GUI#234 · 担当者 1 名 ·

  • Linter
    再び着手できるかも オープン
    • 何か問題がありますか？

    PEtab-dev/petab_sciml#69 · コメント 7 件 · 担当者 1 名 ·

  • Automatic hybridization of NN model inputs and outputs
    オープン
    • 何か問題がありますか？

    難易度 4/5 3〜5日 初心者へのやさしさ 42/100

    PEtab-dev/petab_sciml#66 ·

  • Minor issues when saving file
    再び着手できるかも オープン
    • 何か問題がありますか？
    bug enhancement

    PEtab-dev/PEtab-GUI#231 · コメント 1 件 · 担当者 1 名 ·

  • Bug in Observable Table
    オープン
    • 何か問題がありますか？

    難易度 3/5 1〜2日 初心者へのやさしさ 35/100

    PEtab-dev/PEtab-GUI#230 ·

  • Intelligent Default Plotting
    オープン
    • 何か問題がありますか？
    enhancement

    難易度 3/5 1〜2日 初心者へのやさしさ 35/100

    PEtab-dev/PEtab-GUI#223 ·

  • Add design principles page
    オープン
    • 何か問題がありますか？

    難易度 2/5 1〜3時間 初心者へのやさしさ 38/100

    PEtab-dev/petab_sciml#50 · コメント 4 件 ·

  • v2: Combining experiment and condition tables
    オープン
    • 何か問題がありますか？

    難易度 5/5 1週間以上 初心者へのやさしさ 25/100

    PEtab-dev/PEtab#657 · コメント 1 件 ·

  • Include residuals and likelihoods in simulation tables
    オープン
    • 何か問題がありますか？

    難易度 3/5 1〜2日 初心者へのやさしさ 35/100

    PEtab-dev/petab_test_suite#100 ·

  • Support for discrete noise distributions
    オープン
    • 何か問題がありますか？
    v2

    難易度 4/5 3〜5日 初心者へのやさしさ 35/100

    PEtab-dev/libpetab-python#466 ·

    メンテナーはふだん 1 日以内に返信

  • Add tests for all noise distributions
    オープン
    • 何か問題がありますか？
    new test case v2

    難易度 4/5 3〜5日 初心者へのやさしさ 35/100

    PEtab-dev/petab_test_suite#95 ·

  • Add CLI for petab v1->v2 conversion
    オープン
    • 何か問題がありますか？
    enhancement

    難易度 3/5 1〜2日 初心者へのやさしさ 45/100

    PEtab-dev/libpetab-python#453 ·

    メンテナーはふだん 1 日以内に返信

  • Docs ways to inspect model selection results
    オープン
    • 何か問題がありますか？

    難易度 4/5 3〜5日 初心者へのやさしさ 35/100

    PEtab-dev/petab_select#163 ·

  • Doc unusual behavior of forward/backward methods
    オープン
    • 何か問題がありますか？

    難易度 2/5 1〜3時間 初心者へのやさしさ 45/100

    PEtab-dev/petab_select#162 ·

  • Improve legend placement
    オープン
    • 何か問題がありますか？
    enhancement

    難易度 3/5 1〜2日 初心者へのやさしさ 42/100

    PEtab-dev/PEtab-GUI#191 ·

  • Linting Discussion
    オープン
    • 何か問題がありますか？
    discussion enhancement

    難易度 5/5 1週間以上 初心者へのやさしさ 25/100

    PEtab-dev/PEtab-GUI#183 · コメント 1 件 ·

  • Add goodness-of-fit and residual plots to visualization examples
    オープン
    • 何か問題がありますか？
    documentation

    難易度 3/5 1〜2日 初心者へのやさしさ 45/100

    PEtab-dev/libpetab-python#439 ·

    メンテナーはふだん 1 日以内に返信

  • Remember last save-as-directory
    再び着手できるかも オープン
    • 何か問題がありますか？
    enhancement

    PEtab-dev/PEtab-GUI#136 · 担当者 1 名 ·

  • Suggestions for "Add column"
    オープン
    • 何か問題がありますか？
    enhancement

    難易度 3/5 1〜2日 初心者へのやさしさ 45/100

    PEtab-dev/PEtab-GUI#128 ·

  • Use plotName in plot tabs
    オープン
    • 何か問題がありますか？
    enhancement

    難易度 2/5 1〜3時間 初心者へのやさしさ 45/100

    PEtab-dev/PEtab-GUI#125 ·

  • Show wait cursor during long-running operations
    オープン
    • 何か問題がありますか？
    enhancement

    難易度 4/5 3〜5日 初心者へのやさしさ 38/100

    PEtab-dev/PEtab-GUI#124 ·

  • API for renaming PEtab entities
    オープン
    • 何か問題がありますか？
    enhancement

    難易度 5/5 1週間以上 初心者へのやさしさ 25/100

    PEtab-dev/libpetab-python#438 ·

    メンテナーはふだん 1 日以内に返信

  • Test suite TODO
    オープン
    • 何か問題がありますか？

    難易度 5/5 1週間以上 初心者へのやさしさ 15/100

    PEtab-dev/petab_sciml_testsuite#9 · コメント 3 件 ·

  • Remove `v2.Problem.*_df`
    オープン
    • 何か問題がありますか？
    v2

    難易度 3/5 1〜2日 初心者へのやさしさ 45/100

    PEtab-dev/libpetab-python#409 ·

    メンテナーはふだん 1 日以内に返信

  • v2: Add how-tos
    オープン
    • 何か問題がありますか？
    documentation

    難易度 5/5 1週間以上 初心者へのやさしさ 25/100

    PEtab-dev/PEtab#637 · コメント 2 件 · リアクション 2 件 ·

  • v2: Visualization functions
    オープン
    • 何か問題がありますか？
    v2

    難易度 5/5 1週間以上 初心者へのやさしさ 25/100

    PEtab-dev/libpetab-python#398 ·

    メンテナーはふだん 1 日以内に返信

  • Document release process
    オープン
    • 何か問題がありますか？
    documentation

    難易度 3/5 1〜2日 初心者へのやさしさ 35/100

    PEtab-dev/libpetab-python#396 ·

    メンテナーはふだん 1 日以内に返信

  • Documentation TODOs
    オープン
    • 何か問題がありますか？

    難易度 3/5 1〜2日 初心者へのやさしさ 48/100

    PEtab-dev/petab_sciml#23 · コメント 1 件 ·

  • Subset priors
    再び着手できるかも オープン
    • 何か問題がありますか？

    PEtab-dev/petab_select#159 · リアクション 1 件 · 担当者 1 名 ·

  • Change RTD blue square to avoid clash with logo text
    オープン
    • 何か問題がありますか？

    難易度 2/5 1〜3時間 初心者へのやさしさ 35/100

    PEtab-dev/petab_select#158 ·

  • v2: add clarification sentence about simulation start time and end times
    オープン
    • 何か問題がありますか？

    難易度 3/5 1〜2日 初心者へのやさしさ 35/100

    PEtab-dev/PEtab#626 · コメント 4 件 ·

  • split standard and package into separate repos
    オープン
    • 何か問題がありますか？

    難易度 5/5 1週間以上 初心者へのやさしさ 15/100

    PEtab-dev/petab_select#157 ·

  • `analyze.compute_weights` does not permit a `str`-type criterion argument
    オープン
    • 何か問題がありますか？

    難易度 2/5 1〜3時間 初心者へのやさしさ 42/100

    PEtab-dev/petab_select#156 ·

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