How to read BGI's STOmics spatial transcriptomics data?
Chưa có ai nhận issue này.
Đánh giá
- Độ khó
- 4/5
- Thời gian dự kiến
- 3-5 ngày
- Mức phù hợp với người mới
- 30/100
- Loại issue
- Tài liệu
- Độ rõ ràng
- Cần làm rõ
- Mức độ hoạt động
- Đình trệ
- Công nghệ
- python
- Lĩnh vực
- bioinformatics
Hướng nghiên cứu
Bắt đầu với entry point spatialdata_io.stereoseq và lần theo lý do cell.cluster.h5ad là bắt buộc. So sánh yêu cầu đó với đầu ra đếm SAW và đầu vào STOmics được mô tả trong issue. Hoàn thành có nghĩa là ghi lại cấu trúc thư mục dự kiến, các tệp dữ liệu bắt buộc và liệu chỉ đầu ra đếm SAW có được hỗ trợ hay không.
Do mô hình lập chỉ mục viết ra từ nội dung của issue.
Mô tả
From user Jack on Zulip:
Does anyone know how to use spatialdata_io.stereoseq to read BGI's STOmics spatial transcriptomics data? Why is cell.cluster.h5ad required? The count output from SAW doesn't include this file. It seems that this file can only be obtained by continuing to use subsequent steps in SAW. Is it possible to only use the SAW count output? What does the standard input folder structure look like, and which data files should it include?
- Ngôn ngữ chính
- Python
- Star
- 103
- Fork
- 64
- Chỉ số merge pull request
- Không có pull request nào được merge trong 30 ngày
Chuẩn bị môi trường
- Không có Dockerfile hay tệp Docker Compose
- Không có mẫu pull request
- Đọc hướng dẫn đóng góp
Bắt đầu từ đâu
- Đọc hết issue, rồi đọc hướng dẫn đóng góp của dự án.
- Bình luận trên issue rằng bạn sẽ nhận — tránh hai người làm cùng một việc.
- Fork repository và làm thay đổi trên một nhánh.
- Mở pull request có tham chiếu số hiệu của issue.
Issue khác của scverse/spatialdata-io
-
documentation
Độ khó 2/5 Nửa ngày Mức phù hợp với người mới 65/100
scverse/spatialdata-io#161 · 13 bình luận ·
-
bug
Độ khó 3/5 1-2 ngày Mức phù hợp với người mới 58/100
scverse/spatialdata-io#422 ·
-
Độ khó 4/5 3-5 ngày Mức phù hợp với người mới 45/100
scverse/spatialdata-io#419 · 1 bình luận ·
-
MCMICRO reader does not support new nf-core/mcmicro output formatsCó thể đã có người làm @adamjtaylor đã nhận 85 ngày trước. Đang mở
Độ khó 5/5 Hơn một tuần Mức phù hợp với người mới 48/100
scverse/spatialdata-io#409 · 1 reaction ·
-
Visium in matrix market formatĐang mở
Độ khó 3/5 1-2 ngày Mức phù hợp với người mới 52/100
scverse/spatialdata-io#408 ·
Tất cả issue của scverse/spatialdata-io
Issue tương tự
-
fix formatting of the sample database page of the docsCó thể đã có người làm @Aaqibhafeezkhan đã nhận hôm nay. Đang mởdocumentation good first issue help wanted
Độ khó 1/5 Dưới một giờ Mức phù hợp với người mới 72/100
chaoss/CollectOSS#544 · 1 bình luận ·
Maintainer thường phản hồi trong vòng 1 ngày
-
area/plugin good first issue
Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 85/100
kestra-io/plugin-soda#137 ·
-
Độ khó 2/5 Nửa ngày Mức phù hợp với người mới 62/100
ibm-granite/granite.build#504 ·
Maintainer thường phản hồi trong vòng 2 ngày
-
`LazyFrameRemote` and `ExecuteRemote` sinks do not accept `Path`, like `LazyFrame` sinks do.Đang mở
Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 62/100
-
Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 72/100
Maintainer thường phản hồi trong vòng 1 ngày