How to read BGI's STOmics spatial transcriptomics data?
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Evaluación
- Dificultad
- 4/5
- Tiempo estimado
- 3-5 días
- Aptitud para principiantes
- 30/100
- Tipo de issue
- Documentación
- Claridad
- Necesita aclaración
- Estado de actividad
- Estancado
- Stack tecnológico
- python
- Área
- bioinformatics
Línea de trabajo
Comienza con el punto de entrada spatialdata_io.stereoseq y rastrea por qué se requiere cell.cluster.h5ad. Compara ese requisito con la salida de conteo de SAW y la entrada de STOmics descritas en el issue. Se considera completado cuando se documenten la estructura de carpetas esperada, los archivos de datos requeridos y si se admite únicamente la salida de conteo de SAW.
Escrito por el modelo de indexación a partir del texto del issue.
Descripción
From user Jack on Zulip:
Does anyone know how to use spatialdata_io.stereoseq to read BGI's STOmics spatial transcriptomics data? Why is cell.cluster.h5ad required? The count output from SAW doesn't include this file. It seems that this file can only be obtained by continuing to use subsequent steps in SAW. Is it possible to only use the SAW count output? What does the standard input folder structure look like, and which data files should it include?
- Lenguaje dominante
- Python
- Estrellas
- 105
- Forks
- 64
- Métricas de merge de PR
- Sin PR fusionados en 30 d
Preparar el entorno
- Sin Dockerfile ni archivo de Docker Compose
- Sin plantilla de pull request
- Leer la guía de contribución
Primeros pasos
- Lee el issue completo y luego la guía de contribución del proyecto.
- Comenta en el issue que vas a ocuparte — evita que dos personas hagan lo mismo.
- Haz un fork del repositorio y trabaja en una rama.
- Abre un pull request que haga referencia al número del issue.
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