How to read BGI's STOmics spatial transcriptomics data?
还没有人认领这个 Issue。
评估
- 难度
- 4/5
- 预计耗时
- 3-5 天
- 新手友好度
- 30/100
- Issue 类型
- 文档
- 描述清晰度
- 需要澄清
- 活跃度
- 停滞
- 技术栈
- python
调研方向
从 spatialdata_io.stereoseq 入口点开始，追踪为什么需要 cell.cluster.h5ad。将该要求与 issue 中描述的 SAW count 输出和 STOmics 输入进行比较。完成的标准是记录预期的文件夹结构、所需的数据文件，以及是否支持仅使用 SAW count 输出。
由索引模型根据 Issue 内容生成。
描述
From user Jack on Zulip:
Does anyone know how to use spatialdata_io.stereoseq to read BGI's STOmics spatial transcriptomics data? Why is cell.cluster.h5ad required? The count output from SAW doesn't include this file. It seems that this file can only be obtained by continuing to use subsequent steps in SAW. Is it possible to only use the SAW count output? What does the standard input folder structure look like, and which data files should it include?
- 主要语言
- Python
- 星标
- 103
- 派生
- 64
- PR 合并指标
- 30 天内没有已合并 PR
环境准备
- 没有 Dockerfile 或 Docker Compose 文件
- 没有 Pull Request 模板
- 阅读贡献指南
从这里开始
- 先读完整个 Issue，再读项目的贡献指南。
- 在 Issue 下留言说明你要接手 —— 这能避免两个人做同样的事。
- Fork 仓库，在一个分支上完成修改。
- 提交 Pull Request，并在描述里引用这个 Issue 编号。
scverse/spatialdata-io 的其他 Issue
-
documentation
难度 2/5 半天 新手友好度 65/100
scverse/spatialdata-io#161 · 13 条评论 ·
-
bug
难度 3/5 1-2 天 新手友好度 58/100
scverse/spatialdata-io#422 ·
-
难度 4/5 3-5 天 新手友好度 45/100
scverse/spatialdata-io#419 · 1 条评论 ·
-
MCMICRO reader does not support new nf-core/mcmicro output formats可能已有人在做 @adamjtaylor 于 83 天前认领。 未关闭
难度 5/5 一周以上 新手友好度 48/100
scverse/spatialdata-io#409 · 1 个 reaction ·
-
难度 3/5 1-2 天 新手友好度 52/100
scverse/spatialdata-io#408 ·
查看 scverse/spatialdata-io 的全部 Issue
相似的 Issue
-
难度 2/5 1-3 小时 新手友好度 72/100
-
难度 1/5 1 小时以内 新手友好度 62/100
-
难度 1/5 1 小时以内 新手友好度 70/100
-
bug
难度 2/5 1-3 小时 新手友好度 72/100
topoteretes/cognee#5773 ·
维护者通常 1 天内回复
-
MiKTeX: a failed build reports no errors because texify --quiet switches the log to file:line: style未关闭
难度 2/5 1-3 小时 新手友好度 74/100
SublimeText/LaTeXTools#1718 ·