hanging when finding genewise dispersions
I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno
Nessuno ha ancora preso questa issue.
Valutazione
- Difficoltà
- 4/5
- Tempo stimato
- 3-5 giorni
- Idoneità per principianti
- 35/100
- Tipo di issue
- Bug
- Chiarezza
- Da chiarire
- Stato di attività
- Tranquilla
- Stack tecnologico
- python
- Ambito
- bioinformatics
Direzione di ricerca
Inizia riproducendo il lungo tempo di esecuzione di dds.fit_genewise_dispersions() con una matrice dei conteggi contenente valori zero e confrontalo con la soluzione alternativa segnalata, ovvero aggiungere 1 a tutti i conteggi. Traccia il percorso del fitting a partire da quel punto di ingresso; il lavoro è completato quando il metodo termina senza richiedere questa soluzione alternativa, con il comportamento coperto per le matrici contenenti zeri.
Scritto dal modello di indicizzazione a partire dal testo della issue.
Descrizione
Hello pydeseq2 devs.
Thank you all for developing this easy-to-use analysis tool. I'm running into extremely long runtimes (or possibly just hanging) when running dds.fit_genewise_dispersions(). I've seen some chatter about similar issues in the past when running dds.deseq2().
As others have pointed out, this issue appears linked to occurences of 0 within the matrix. Adding 1 to all counts seems to resolve the issue, but I'd prefer to avoid this if possible.
Does anyone have practical advice for working around this issue?
- Lingua principale
- Python
- Stelle
- 763
- Fork
- 90
- Merge medio
- 23m
- PR unite (30g)
- 11
Preparare l'ambiente
- Nessun Dockerfile né file Docker Compose
- Ha un modello di pull request
- Leggi la guida per i contributori
Come iniziare
- Leggi tutta la issue e poi la guida ai contributi del progetto.
- Commenta sulla issue per dire che te ne occupi tu — evita che due persone facciano lo stesso lavoro.
- Fai un fork del repository e lavora su un branch.
- Apri una pull request che faccia riferimento al numero della issue.
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