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Could data from UCSC Xena used as an input for PyDESeq2?

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  • Qualcosa non va?
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I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno

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Valutazione

Difficoltà
5/5
Tempo stimato
Più di una settimana
Idoneità per principianti
20/100
Tipo di issue
Funzionalità
Chiarezza
Da chiarire
Stato di attività
Ferma
Stack tecnologico
python
Ambito
bioinformatics

Direzione di ricerca

L’issue non indica alcun file, test o punto di ingresso. Inizia dai requisiti di input documentati di PyDESeq2 e confrontali con i dati expected_count di UCSC Xena; il lavoro sarà considerato completato quando indicherà chiaramente se questo input è supportato e, in caso contrario, definirà il supporto necessario o le istruzioni per la conversione.

Scritto dal modello di indicizzazione a partire dal testo della issue.

Descrizione

Hi, thanks for your great job.
I am going to do DEA based on data downloaded from UCSC Xena:

Image

I wonder if PyDESeq2 could deal with these data (e.g. RSEM expected_count (DESeq2 standardized)). Is 'raw read count' strictly needed as an input for PyDESeq2?

Thanks in advance and really looking forward to hearing from you.

Lingua principale
Python
Stelle
763
Fork
90
Merge medio
23m
PR unite (30g)
11

Preparare l'ambiente

Come iniziare

  1. Leggi tutta la issue e poi la guida ai contributi del progetto.
  2. Commenta sulla issue per dire che te ne occupi tu — evita che due persone facciano lo stesso lavoro.
  3. Fai un fork del repository e lavora su un branch.
  4. Apri una pull request che faccia riferimento al numero della issue.

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