hanging when finding genewise dispersions
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Evaluación
- Dificultad
- 4/5
- Tiempo estimado
- 3-5 días
- Aptitud para principiantes
- 35/100
- Tipo de issue
- Error
- Claridad
- Necesita aclaración
- Estado de actividad
- Tranquilo
- Stack tecnológico
- python
- Área
- bioinformatics
Línea de trabajo
Comienza reproduciendo el largo tiempo de ejecución de dds.fit_genewise_dispersions() con una matriz de conteos que contenga valores cero y compáralo con la solución alternativa reportada de sumar 1 a todos los conteos. Sigue el recorrido del ajuste desde ese punto de entrada; se considera terminado cuando el método se completa sin requerir esa solución alternativa, con el comportamiento cubierto para matrices que contienen ceros.
Escrito por el modelo de indexación a partir del texto del issue.
Descripción
Hello pydeseq2 devs.
Thank you all for developing this easy-to-use analysis tool. I'm running into extremely long runtimes (or possibly just hanging) when running dds.fit_genewise_dispersions(). I've seen some chatter about similar issues in the past when running dds.deseq2().
As others have pointed out, this issue appears linked to occurences of 0 within the matrix. Adding 1 to all counts seems to resolve the issue, but I'd prefer to avoid this if possible.
Does anyone have practical advice for working around this issue?
- Lenguaje dominante
- Python
- Estrellas
- 768
- Forks
- 93
- Métricas de merge de PR
- Sin PR fusionados en 30 d
Preparar el entorno
- Sin Dockerfile ni archivo de Docker Compose
- Tiene una plantilla de pull request
- Leer la guía de contribución
Primeros pasos
- Lee el issue completo y luego la guía de contribución del proyecto.
- Comenta en el issue que vas a ocuparte — evita que dos personas hagan lo mismo.
- Haz un fork del repositorio y trabaja en una rama.
- Abre un pull request que haga referencia al número del issue.
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