Stuck at Fitting MAP dispersions... ... done in 0.54 seconds.
I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno
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Valutazione
- Difficoltà
- 4/5
- Tempo stimato
- 3-5 giorni
- Idoneità per principianti
- 32/100
- Tipo di issue
- Bug
- Chiarezza
- Da chiarire
- Stato di attività
- Ferma
- Stack tecnologico
- python
- Ambito
- bioinformatics
Direzione di ricerca
Iniziare da dds.fit_LFC() e dalla posizione pydeseq2/dds.py indicata vicino alla riga 532, concentrandosi sulla fase di fitting di MAP-dispersion dopo i messaggi di size-factor e dispersion. Riprodurre l’analisi DEG con 4.000 cellule testate e verificare se il fitting viene completato o rimane bloccato, quindi documentare la causa e una soluzione confermata.
Scritto dal modello di indicizzazione a partire dal testo della issue.
Descrizione
When doing DEG analysis, I declined the number of tested cell from 20,000 to 4000, the dds.fit_LFC() wont start:
🔬 分析 TAK-901 vs Control (整体数据)
🔬 开始分析: TAK-901 vs DMSO_TF
分析名称: Overall_TAK-901_vs_Control
原始样本数 - TAK-901: 271, DMSO_TF: 1776
分析样本数 - TAK-901: 271, DMSO_TF: 1030
过滤后基因数: 4767
⚙️ 运行PyDESeq2分析...
Fitting size factors...
/home/clab/anaconda3/envs/geneformer/lib/python3.10/site-packages/pydeseq2/dds.py:532: UserWarning: Every gene contains at least one zero, cannot compute log geometric means. Switching to iterative mode.
self.fit_size_factors(
Using None as control genes, passed at DeseqDataSet initialization
Fitting dispersions...
... done in 0.63 seconds.
Fitting MAP dispersions...
... done in 0.61 seconds. keep stucking :(
- Lingua principale
- Python
- Stelle
- 763
- Fork
- 90
- Merge medio
- 23m
- PR unite (30g)
- 11
Preparare l'ambiente
- Nessun Dockerfile né file Docker Compose
- Ha un modello di pull request
- Leggi la guida per i contributori
Come iniziare
- Leggi tutta la issue e poi la guida ai contributi del progetto.
- Commenta sulla issue per dire che te ne occupi tu — evita che due persone facciano lo stesso lavoro.
- Fai un fork del repository e lavora su un branch.
- Apri una pull request che faccia riferimento al numero della issue.
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