Hacktoberfest 2026: le issue che i maintainer hanno segnato per ottobre, aperte e adatte ai principianti. Sfoglia le issue Hacktoberfest

nf-core/seqsubmit

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nf-core pipeline for data submission to ENA

nf-core/seqsubmit è adatto ai principianti?

Negli ultimi 30 giorni nf-core/seqsubmit ha accettato 6 delle 10 pull request di contributori esterni, e i suoi maintainer di solito rispondono entro 1 giorno. Al momento non è aperta nessuna issue adatta ai principianti; l'elenco qui sotto mostra le altre issue che abbiamo per questo repository.

Stelle
22
Fork
11
Issue aperte per principianti
0
Issue indicizzate
25
Merge medio
1g 4h
PR unite (30g)
8
Lingua principale
Nextflow
Licenza
MIT
Ultimo push su GitHub
8/10/2026
Ultima indicizzazione
19/9/2026
Guida per i contributori
Codice di condotta
Label per principianti
Nessuna label per principianti indicizzata

Come contribuire a nf-core/seqsubmit

  1. Leggi prima la guida per contribuire: spiega come i maintainer vogliono che le modifiche siano proposte, testate e revisionate.
  2. Il progetto include un dev container: aprilo in Codespaces per avere un ambiente funzionante nel browser.
  3. Leggi il suo codice di condotta: vale per issue e pull request tanto quanto per la chat.
  4. Segui il repository per sapere quando si apre una nuova issue adatta ai principianti, oppure guarda le altre issue qui sotto.
Adatte ai principianti Tutto
Aperta Tutte

Le issue su cui forse qualcuno sta già lavorando sono in fondo alla lista. Ordina tutto per data

  • --webincli_mode validate will include study and co assembly sample regsitration
    Aperta
    • Qualcosa non va?
    bug

    Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 55/100

    nf-core/seqsubmit#118 ·

    I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno

  • MultiQC skips assembly metadata table for co-assemblies (comma in quoted Runs field)
    Aperta
    • Qualcosa non va?
    bug

    Difficoltà 3/5 Mezza giornata Idoneità per principianti 70/100

    nf-core/seqsubmit#115 ·

    I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno

  • Refactoring of FIND_CONCATENATE usage: replace with collectFile() operator
    Aperta
    • Qualcosa non va?
    enhancement

    Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 45/100

    nf-core/seqsubmit#97 ·

    I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno

  • Support submission of MAGs/bins generated from co-assemblies
    Aperta
    • Qualcosa non va?
    enhancement genome_submit

    Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 68/100

    nf-core/seqsubmit#96 ·

    I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno

  • Non-mandatory feilds support
    Aperta
    • Qualcosa non va?
    enhancement

    Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 42/100

    nf-core/seqsubmit#89 ·

    I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno

  • Submission of a MAG/bin without submitting the assembly or raw reads
    Aperta
    • Qualcosa non va?
    enhancement

    Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 38/100

    nf-core/seqsubmit#87 ·

    I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno

  • Add tests for --is_private flag for different kinds of data
    Aperta
    • Qualcosa non va?
    enhancement

    Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 55/100

    nf-core/seqsubmit#80 ·

    I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno

  • Add READS assigned_accessions table into multiqc.report
    Aperta
    • Qualcosa non va?
    enhancement read_submit

    Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 68/100

    nf-core/seqsubmit#70 ·

    I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno

  • Add ENA_VALIDATE_CREDENTIALS module
    Aperta
    • Qualcosa non va?
    enhancement

    Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 55/100

    nf-core/seqsubmit#65 ·

    I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno

  • Add viral sequence submission support
    Aperta
    • Qualcosa non va?
    enhancement

    Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 52/100

    nf-core/seqsubmit#63 ·

    I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno

  • Improve --centre_name and --upload_tpa arguments usage
    Forse di nuovo libera Aperta
    • Qualcosa non va?
    assembly_submit enhancement genome_submit

    nf-core/seqsubmit#57 · 1 assegnatario ·

    I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno

  • Implement chunking
    Aperta
    • Qualcosa non va?
    enhancement

    Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 35/100

    nf-core/seqsubmit#55 ·

    I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno

  • Add human contamination removal optional step
    Aperta
    • Qualcosa non va?
    enhancement

    Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 35/100

    nf-core/seqsubmit#51 ·

    I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno

  • Accept assembly submissions for raw-reads not submitted to ENA
    Aperta
    • Qualcosa non va?
    assembly_submit enhancement

    Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 35/100

    nf-core/seqsubmit#29 ·

    I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno

  • Write a nf-core/mag samplesheet generator for nf-core/seqsubmit
    Aperta
    • Qualcosa non va?
    enhancement

    Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 25/100

    nf-core/seqsubmit#6 ·

    I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno

  • Write nf-test for ena-webin-cli
    Forse di nuovo libera Aperta
    • Qualcosa non va?
    enhancement

    nf-core/seqsubmit#5 · 1 assegnatario ·

    I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno

  • Long-read end-to-end submission
    Forse già presa Aperta
    • Qualcosa non va?
    enhancement

    nf-core/seqsubmit#110 · 1 assegnatario ·

    I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno

  • Allow single contig genomes to be submitted as chromosomes for long-reads
    Forse già presa Aperta
    • Qualcosa non va?
    enhancement

    nf-core/seqsubmit#109 · 1 assegnatario ·

    I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno

  • Allow BAM as input for long-reads submission
    Forse già presa Aperta
    • Qualcosa non va?
    enhancement

    Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 42/100

    nf-core/seqsubmit#98 · 1 assegnatario ·

    I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno

  • Support submission of metagenomic assemblies generated from co-assemblies
    Forse già presa Aperta
    • Qualcosa non va?
    assembly_submit enhancement

    Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 35/100

    nf-core/seqsubmit#61 · 1 commento · 1 assegnatario ·

    I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno

  • Add eukaryotic MAGs/bins support
    Forse già presa Aperta
    • Qualcosa non va?
    enhancement eukaryotes

    Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 35/100

    nf-core/seqsubmit#40 · 1 assegnatario ·

    I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno

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