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Add tests for --is_private flag for different kinds of data

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I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno

Nessuno ha ancora preso questa issue.

Valutazione

Difficoltà
4/5
Tempo stimato
3-5 giorni
Idoneità per principianti
55/100
Tipo di issue
Funzionalità
Chiarezza
Abbastanza chiara
Stato di attività
Tranquilla
Ambito
testing-qa

Direzione di ricerca

Inizia con la sezione Data privacy di docs/usage.md, quindi esamina i conf/test_.config esistenti, i fogli di esempio e i pattern di tests/.nf.test per reads, assembly metagenomici e MAGs/bins. Chiedi a un maintainer quali accession Webin private siano adatte prima di creare i test. Il lavoro è completato quando ogni tipo di dati copre dati sorgente privati con --is_private e il caso di errore documentato senza di esso.

Scritto dal modello di indicizzazione a partire dal testo della issue.

Descrizione

enhancement

Difficulty: Easy

Why this matters: ENA (European Nucleotide Archive) lets you build a submission on top of data that isn't public yet, as long as your Webin account has access to it. The pipeline supports this through --is_private. There's currently no automated test covering this for any of the three submission types (reads, metagenomic assemblies, MAGs/bins), so a bug in this part of the pipeline could slip through unnoticed.

Some terms: ENA (European Nucleotide Archive) is the public repository this pipeline submits data to. Webin is ENA's account and authentication system, you need a Webin account to submit anything, and registration is free and self-service. "Private data" means data that has been submitted to ENA but isn't publicly visible yet, only accessible to the Webin account that submitted it (or one it's been shared with). docs/usage.md has a "Data privacy" section with a table of the different combinations (public/private source data, public/private submission) and which flags each one needs, that table is the best starting point.

Skills / experience: nf-test: creation and running of tests (see the nf-core nf-test testing guide if this is new to you).

Suggested approach:

  1. Read the "Data privacy" section of docs/usage.md closely, this is the main reference for what --is_private does and when it's needed.
  2. For each of the three data types (reads, metagenomic assemblies, MAGs/bins), add a test that references private source data with --is_private set. No need to also test private vs public submission visibility, just focus on getting private source data covered for all three types.
  3. ** ⭐ You'll need actual private test data already submitted under a Webin test account for this, check with a maintainer whether suitable private accessions already exist, or if you need to submit some first.**
  4. Add a conf/test_*.config per data type and a sample sheet that uses registered private accessions, following the pattern of the existing ones.
  5. Add a matching tests/*.nf.test per data type.
  6. Also worth testing the failure case: private source data referenced without --is_private should fail, as described in the docs table.
Lingua principale
Nextflow
Stelle
22
Fork
11
Merge medio
1g 4h
PR unite (30g)
8

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Come iniziare

  1. Leggi tutta la issue e poi la guida ai contributi del progetto.
  2. Commenta sulla issue per dire che te ne occupi tu — evita che due persone facciano lo stesso lavoro.
  3. Fai un fork del repository e lavora su un branch.
  4. Apri una pull request che faccia riferimento al numero della issue.

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