Spike ins normalization
Nessuno ha ancora preso questa issue.
Valutazione
- Difficoltà
- 5/5
- Tempo stimato
- Più di una settimana
- Idoneità per principianti
- 20/100
- Tipo di issue
- Funzionalità
- Chiarezza
- Da chiarire
- Stato di attività
- Ferma
- Ambito
- bioinformatics
Direzione di ricerca
Non sono indicati file, test o punti di ingresso. Inizia esaminando le opzioni di normalizzazione attuali e la documentazione della pipeline nf-core/chipseq per determinare se la normalizzazione spike-in è supportata. Chiarisci se il risultato atteso è una guida all’uso o una nuova funzionalità; il lavoro dovrebbe essere considerato completato quando esiste una guida all’uso documentata oppure un ambito di implementazione concordato.
Scritto dal modello di indicizzazione a partire dal testo della issue.
Descrizione
Description of feature
Hi nf-core team,
first of all thanks for the amazing work!
I was wondering if the pipeline already takes in consideration the spike ins and in that case how to use it.
If this function in not implemented yet, it is possible to implement it?
Thanks in advance
Emanuel
- Lingua principale
- Nextflow
- Stelle
- 245
- Fork
- 184
- Merge medio
- 6m
- PR unite (30g)
- 1
Preparare l'ambiente
Avvia il container di sviluppo del progetto nel browser, con il tuo account GitHub.
- Nessun Dockerfile né file Docker Compose
- Ha un modello di pull request
- Leggi la guida per i contributori
Come iniziare
- Leggi tutta la issue e poi la guida ai contributi del progetto.
- Commenta sulla issue per dire che te ne occupi tu — evita che due persone facciano lo stesso lavoro.
- Fai un fork del repository e lavora su un branch.
- Apri una pull request che faccia riferimento al numero della issue.
Altre issue di nf-core/chipseq
-
MACS3 is reporting that 100 paired reads are needed, even when single end data is used as inputApertabug
Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 48/100
-
Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 35/100
-
enhancement
Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 48/100
-
bug
Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 45/100
-
enhancement improve-behaviour
Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 38/100
Tutte le issue di nf-core/chipseq
Issue simili
-
filter_variants declares POST, PRIOR, SPECLL and NORMLL as Number=A but writes five values per recordForse già presa @yfarjoun l’ha presa oggi. Aperta
Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 78/100
broadinstitute/permutect#304 ·
I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno
-
bug
Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 78/100
nf-core/plasmodiumdrugres#119 ·
I maintainer di solito rispondono entro 2 giorni
-
Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 72/100
I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno
-
protocol-revision
Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 73/100
-
New term request
Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 78/100
monarch-initiative/mondo#10796 ·
I maintainer di solito rispondono entro 2 giorni