Proprietario
OpenFreeEnergy
23 repository indicizzati · Vedi su GitHub
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openfe
The Open Free Energy toolkit
Python · 347 stelle
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ExampleNotebooks
Notebooks demonstrating how to do simple tasks related to free energy calculations.
Jupyter Notebook · 70 stelle
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IndustryBenchmarks2024
Repository for the 2024 OpenFE industry benchmark efforts
Jupyter Notebook · 49 stelle
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Lomap
Alchemical mutation scoring map
Python · 45 stelle
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gufe
core data models of the Open Free Energy ecosystem
Python · 45 stelle
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cinnabar
Package for consistent reporting of relative free energy results
Python · 43 stelle
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kartograf
This package contains tools for setting up hybrid-topology FE calculations
Python · 41 stelle
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alchemiscale
a high-throughput alchemical free energy execution system for use with HPC, cloud, bare metal, and Folding@Home
Python · 36 stelle
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konnektor
Algorithms for various Network Layouts and Tooling for planning FE Calculations
Jupyter Notebook · 25 stelle
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openfe_analysis
Structural analysis tools for OpenFE free energy calculations, built on MDAnalysis.
Python · 22 stelle
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feflow
Recipes and protocols for molecular free energy calculations based on openmmtools/perses and Open Free Energy toolkits
Python · 21 stelle
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Python · 14 stelle
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openfe-failure-cases
A collection of reproducible openfe protocol failure cases resulting in NaN results.
Python · 6 stelle
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pontibus
Experimental OpenFE Protocols for Force Field Evaluation
Python · 5 stelle
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openfe-gromacs
Gromacs-based protocols for Open Free Energy
Python · 4 stelle
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alchemiscale-fah
protocols and compute service for using alchemiscale with Folding@Home
Python · 3 stelle
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HTML · 2 stelle
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exorcist
Daemonless campaign-scale simulation orchestration
Python · 2 stelle
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Python · 1 stella
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ofe-sphinx-theme
Sphinx theme for Open Free Energy software based on the PyData theme.
SCSS · 1 stella
- 3 altri repository si trovano su Vedi su GitHub
Le issue su cui forse qualcuno sta già lavorando sono in fondo alla lista. Ordina tutto per data
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Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 70/100
OpenFreeEnergy/Lomap#180 ·
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Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 18/100
OpenFreeEnergy/alchemiscale#524 ·
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Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 38/100
OpenFreeEnergy/alchemiscale.org-deployment#58 ·
I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno
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Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 38/100
OpenFreeEnergy/openfe#2342 · 1 commento ·
I maintainer di solito rispondono entro 2 giorni
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Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 48/100
OpenFreeEnergy/ExampleNotebooks#355 ·
I maintainer di solito rispondono entro 3 giorni
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Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 55/100
OpenFreeEnergy/openfe#2338 ·
I maintainer di solito rispondono entro 2 giorni
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Difficoltà 3/5 Mezza giornata Idoneità per principianti 45/100
OpenFreeEnergy/openfe#2337 ·
I maintainer di solito rispondono entro 2 giorni
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Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 62/100
OpenFreeEnergy/alchemiscale.org-deployment#55 ·
I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno
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add feflow testingAperta
Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 25/100
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Difficoltà 1/5 Meno di un'ora Idoneità per principianti 75/100
OpenFreeEnergy/ExampleNotebooks#349 ·
I maintainer di solito rispondono entro 3 giorni
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add espaloma testingAperta
Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 35/100
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Difficoltà 4/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 45/100
OpenFreeEnergy/openfe#2300 ·
I maintainer di solito rispondono entro 2 giorni
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Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 42/100
OpenFreeEnergy/openfe#2290 ·
I maintainer di solito rispondono entro 2 giorni
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Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 42/100
OpenFreeEnergy/openfe#2289 · 2 commenti ·
I maintainer di solito rispondono entro 2 giorni
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Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 35/100
OpenFreeEnergy/openfe#2261 ·
I maintainer di solito rispondono entro 2 giorni
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Packmol tests are failing with newer versions of ambertoolsForse di nuovo libera @j-wags l’ha presa 32 giorni fa e non c’è nessuna pull request aperta. Aperta
OpenFreeEnergy/pontibus#216 · 2 commenti · 1 assegnatario ·
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Allow input references for `Aligner`Forse di nuovo libera @hannahbaumann l’ha presa 37 giorni fa e non c’è nessuna pull request aperta. Aperta
Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 55/100
OpenFreeEnergy/openfe_analysis#130 · 1 assegnatario ·
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[execution] add exit codes to `openfe run_task`Forse di nuovo libera @atravitz l’ha presa 38 giorni fa e non c’è nessuna pull request aperta. Aperta
OpenFreeEnergy/openfe#2254 · 1 assegnatario ·
I maintainer di solito rispondono entro 2 giorni
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Investigate whether we can increase the max distance cutoff to avoid unmapping of whole ringsForse di nuovo libera @jthorton l’ha presa 33 giorni fa e non c’è nessuna pull request aperta. Aperta
Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 25/100
OpenFreeEnergy/kartograf#169 · 2 assegnatari ·
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Difficoltà 3/5 Mezza giornata Idoneità per principianti 45/100
OpenFreeEnergy/openfe#2250 ·
I maintainer di solito rispondono entro 2 giorni
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Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 70/100
OpenFreeEnergy/openfe#2247 ·
I maintainer di solito rispondono entro 2 giorni
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execution
Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 38/100
OpenFreeEnergy/openfe#2246 · 1 commento ·
I maintainer di solito rispondono entro 2 giorni
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execution
Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 55/100
OpenFreeEnergy/openfe#2245 ·
I maintainer di solito rispondono entro 2 giorni
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execution
Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 48/100
OpenFreeEnergy/openfe#2244 · 1 commento ·
I maintainer di solito rispondono entro 2 giorni
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Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 35/100
OpenFreeEnergy/openfe#2239 ·
I maintainer di solito rispondono entro 2 giorni
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Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 52/100
OpenFreeEnergy/gufe#842 ·
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Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 65/100
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execution
Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 35/100
OpenFreeEnergy/openfe#2231 ·
I maintainer di solito rispondono entro 2 giorni
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execution
Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 45/100
OpenFreeEnergy/openfe#2230 ·
I maintainer di solito rispondono entro 2 giorni
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execution
Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 35/100
OpenFreeEnergy/openfe#2226 ·
I maintainer di solito rispondono entro 2 giorni
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execution
Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 58/100
OpenFreeEnergy/openfe#2223 ·
I maintainer di solito rispondono entro 2 giorni
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ABFE complex leg keeps one GPU context per replica after minimisation, exhausting the cardForse di nuovo libera @jthorton l’ha presa 39 giorni fa e non c’è nessuna pull request aperta. Aperta
Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 52/100
OpenFreeEnergy/openfe#2222 · 2 commenti · 3 assegnatari ·
I maintainer di solito rispondono entro 2 giorni
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Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 45/100
OpenFreeEnergy/openfe#2221 ·
I maintainer di solito rispondono entro 2 giorni
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Add releases to zenodo.Aperta
Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 30/100
OpenFreeEnergy/openfe-benchmarks#145 ·
I maintainer di solito rispondono entro 3 giorni
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Update CITATION.cff file to reflect the current lead maintainer & new contributorsForse di nuovo libera @IAlibay l’ha presa 46 giorni fa e non c’è nessuna pull request aperta. Aperta
Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 85/100
OpenFreeEnergy/gufe#840 · 1 assegnatario ·
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Set a PR template for submissions to this repositoryForse di nuovo libera @atravitz l’ha presa 47 giorni fa e non c’è nessuna pull request aperta. Aperta
Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 68/100
OpenFreeEnergy/ExampleNotebooks#330 · 1 assegnatario ·
I maintainer di solito rispondono entro 3 giorni
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Getting AshGC charges cookbookForse di nuovo libera @jthorton l’ha presa 51 giorni fa e non c’è nessuna pull request aperta. Aperta
OpenFreeEnergy/ExampleNotebooks#328 · 1 assegnatario ·
I maintainer di solito rispondono entro 3 giorni
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Protocol validation errorsForse di nuovo libera @jthorton l’ha presa 52 giorni fa e non c’è nessuna pull request aperta. Aperta
OpenFreeEnergy/openfe#2208 · 1 assegnatario ·
I maintainer di solito rispondono entro 2 giorni
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docs: link to classes when appropriateForse di nuovo libera @atravitz l’ha presa 53 giorni fa e non c’è nessuna pull request aperta. Aperta
Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 68/100
OpenFreeEnergy/openfe#2207 · 1 assegnatario ·
I maintainer di solito rispondono entro 2 giorni
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task-based execution: add helper function to update task statusForse di nuovo libera @atravitz l’ha presa 53 giorni fa e non c’è nessuna pull request aperta. Apertaexecution
Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 35/100
OpenFreeEnergy/openfe#2206 · 2 commenti · 1 assegnatario ·
I maintainer di solito rispondono entro 2 giorni
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speed up openfe status checkingForse di nuovo libera @atravitz l’ha presa 53 giorni fa e non c’è nessuna pull request aperta. Apertaexecution
OpenFreeEnergy/openfe#2205 · 1 assegnatario ·
I maintainer di solito rispondono entro 2 giorni
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Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 35/100
OpenFreeEnergy/gufe#838 ·
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Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 35/100
OpenFreeEnergy/gufe#837 · 1 commento · 1 reazione ·
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Solvent leg fails with "cutoff distance cannot be greater than half the periodic box size" and `SimulationNaNError` when using `box_shape="dodecahedron"` with `solvent_padding=1.2 nmForse di nuovo libera @hannahbaumann l’ha presa 54 giorni fa e non c’è nessuna pull request aperta. Aperta
OpenFreeEnergy/openfe#2200 · 2 assegnatari ·
I maintainer di solito rispondono entro 2 giorni
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Add docs for accessing protocol resultsForse di nuovo libera @atravitz l’ha presa 54 giorni fa e non c’è nessuna pull request aperta. Aperta
Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 45/100
OpenFreeEnergy/openfe#2198 · 2 assegnatari ·
I maintainer di solito rispondono entro 2 giorni
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rename fixture names for clarityForse di nuovo libera @atravitz l’ha presa 54 giorni fa e non c’è nessuna pull request aperta. Aperta
Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 35/100
OpenFreeEnergy/gufe#836 · 1 assegnatario ·
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GPU test not picking up OE licenseForse di nuovo libera @IAlibay l’ha presa 54 giorni fa e non c’è nessuna pull request aperta. Aperta
Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 45/100
OpenFreeEnergy/openfe#2194 · 1 assegnatario ·
I maintainer di solito rispondono entro 2 giorni
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Test on openmm-8.6Forse di nuovo libera @jthorton l’ha presa 59 giorni fa e non c’è nessuna pull request aperta. Aperta
OpenFreeEnergy/openfe#2193 · 1 commento · 1 assegnatario ·
I maintainer di solito rispondono entro 2 giorni
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add n_repeats option to task-based setupForse di nuovo libera @atravitz l’ha presa 54 giorni fa e non c’è nessuna pull request aperta. Aperta
Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 72/100
OpenFreeEnergy/openfe#2190 · 2 commenti · 1 assegnatario ·
I maintainer di solito rispondono entro 2 giorni
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Retrieve MBAR errors, MBAR overlapping matrix and forward-backward analysis values after RBFE runsForse di nuovo libera @jthorton l’ha presa 59 giorni fa e non c’è nessuna pull request aperta. Aperta
OpenFreeEnergy/openfe#2187 · 2 commenti · 1 assegnatario ·
I maintainer di solito rispondono entro 2 giorni
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