Propietario

OpenFreeEnergy

22 repositorios indexados · Ver en GitHub

openfe
The Open Free Energy toolkit

Python · 332 estrellas
ExampleNotebooks
Notebooks demonstrating how to do simple tasks related to free energy calculations.

Jupyter Notebook · 70 estrellas
IndustryBenchmarks2024
Repository for the 2024 OpenFE industry benchmark efforts

Jupyter Notebook · 48 estrellas
Lomap
Alchemical mutation scoring map

Python · 45 estrellas
gufe
core data models of the Open Free Energy ecosystem

Python · 45 estrellas
cinnabar
Package for consistent reporting of relative free energy results

Python · 43 estrellas
kartograf
This package contains tools for setting up hybrid-topology FE calculations

Python · 39 estrellas
alchemiscale
a high-throughput alchemical free energy execution system for use with HPC, cloud, bare metal, and Folding@Home

Python · 36 estrellas
konnektor
Algorithms for various Network Layouts and Tooling for planning FE Calculations

Jupyter Notebook · 24 estrellas
feflow
Recipes and protocols for molecular free energy calculations using the openmmtools/perses and Open Free Energy toolkits

Python · 20 estrellas
openfe_analysis
Structural analysis tools for OpenFE free energy calculations, built on MDAnalysis.

Python · 20 estrellas
openfe-benchmarks

Python · 13 estrellas
openfe-failure-cases
A collection of reproducible openfe protocol failure cases resulting in NaN results.

Python · 5 estrellas
pontibus
Experimental OpenFE Protocols for Force Field Evaluation

Python · 5 estrellas
openfe-gromacs
Gromacs-based protocols for Open Free Energy

Python · 4 estrellas
alchemiscale-fah
protocols and compute service for using alchemiscale with Folding@Home

Python · 3 estrellas
openfreeenergy.github.io

HTML · 2 estrellas
exorcist
Daemonless campaign-scale simulation orchestration

Python · 2 estrellas
stratocaster

Python · 1 estrella
ofe-sphinx-theme
Sphinx theme for Open Free Energy software based on the PyData theme.

SCSS · 1 estrella
2 repositorios más están en Ver en GitHub

Para principiantes Todo

Abierto Todos

docs: link to classes when appropriate Abierto

Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 68/100

OpenFreeEnergy/openfe#2207 · Abierto el 22/9/2026
task-based execution: add helper function to update task status Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 35/100

OpenFreeEnergy/openfe#2206 · Abierto el 22/9/2026
speed up openfe status checking Abierto

OpenFreeEnergy/openfe#2205 · 1 asignado · Abierto el 22/9/2026
[enhancement] Encourage downstream developers to report all errors in an ExceptionGroup in `.validate` Abierto

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 35/100

OpenFreeEnergy/gufe#838 · Abierto el 22/9/2026
Add a "ignore failure" kwarg to Protocol `.validate` (and by consequence `.create`) Abierto

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 35/100

OpenFreeEnergy/gufe#837 · 1 comentario · 1 reacción · Abierto el 22/9/2026
build docs with pixi Abierto

OpenFreeEnergy/openfe#2204 · 1 asignado · Abierto el 22/9/2026
Documentation Overhaul Abierto

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 25/100

OpenFreeEnergy/openfe#2203 · Abierto el 22/9/2026
Solvent leg fails with "cutoff distance cannot be greater than half the periodic box size" and `SimulationNaNError` when using `box_shape="dodecahedron"` with `solvent_padding=1.2 nm Abierto

OpenFreeEnergy/openfe#2200 · 2 asignados · Abierto el 21/9/2026
Boresch restraint search crashes on ligands with three or more fused aromatic rings (`get_aromatic_rings`: `list.remove(x): x not in list`) Abierto

Dificultad 2/5 Medio día Aptitud para principiantes 88/100

OpenFreeEnergy/openfe#2199 · 1 comentario · 2 asignados · Abierto el 19/9/2026
Add docs for accessing protocol results Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 45/100

OpenFreeEnergy/openfe#2198 · 2 asignados · Abierto el 18/9/2026
Update docs for Concatenator updates Abierto

OpenFreeEnergy/konnektor#276 · 1 reacción · 2 asignados · Abierto el 18/9/2026
rename fixture names for clarity Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 35/100

OpenFreeEnergy/gufe#836 · 1 asignado · Abierto el 17/9/2026
rename orchestration fixture names for clarity Abierto

Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 55/100

OpenFreeEnergy/openfe#2195 · 1 asignado · Abierto el 17/9/2026
GPU test not picking up OE license Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 45/100

OpenFreeEnergy/openfe#2194 · 1 asignado · Abierto el 17/9/2026
Test on openmm-8.6 Abierto

OpenFreeEnergy/openfe#2193 · 1 asignado · Abierto el 16/9/2026
user testing task-based execution Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 45/100

OpenFreeEnergy/openfe#2192 · 3 asignados · Abierto el 16/9/2026
Structural analysis for ABFEs Abierto

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 25/100

OpenFreeEnergy/openfe#2191 · 1 asignado · Abierto el 16/9/2026
add n_repeats option to task-based setup Abierto

Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 72/100

OpenFreeEnergy/openfe#2190 · 2 comentarios · 1 asignado · Abierto el 15/9/2026
Retrieve MBAR errors, MBAR overlapping matrix and forward-backward analysis values after RBFE runs Abierto

OpenFreeEnergy/openfe#2187 · 1 comentario · 1 asignado · Abierto el 14/9/2026
`ProteinMembraneComponent` serialization/deserialization is incredibly slow Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 48/100

OpenFreeEnergy/gufe#835 · 1 comentario · 1 asignado · Abierto el 8/9/2026
Cycle closure dataframe hangs on large networks Abierto

OpenFreeEnergy/cinnabar#238 · 1 asignado · Abierto el 8/9/2026
Implement a `RedundantMSTConcatenator` Abierto

OpenFreeEnergy/konnektor#272 · 1 asignado · Abierto el 7/9/2026
Provenance for Concatenators Abierto

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 35/100

OpenFreeEnergy/konnektor#271 · Abierto el 7/9/2026
Issues with how net charge varies with lambda: non-zero partial charges outside of end states. Abierto

OpenFreeEnergy/openfe#2181 · 1 asignado · Abierto el 6/9/2026
CLD Labels change depending on the sources provided Abierto

OpenFreeEnergy/cinnabar#237 · 1 asignado · Abierto el 4/9/2026
Unexpected large excluded atoms from mappings Abierto

OpenFreeEnergy/kartograf#166 · 3 asignados · Abierto el 2/9/2026
Document issues with process limits Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 48/100

OpenFreeEnergy/openfe#2179 · Abierto el 1/9/2026
Sigma=epsilon=0 for virtual sites Abierto

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 20/100

OpenFreeEnergy/pontibus#210 · Abierto el 1/9/2026
Add `.offxml` to small molecule force field settings entry. Abierto

OpenFreeEnergy/gufe#833 · 1 asignado · Abierto el 1/9/2026
RTD build is failing Abierto

OpenFreeEnergy/pontibus#207 · 1 comentario · 1 asignado · Abierto el 29/8/2026
Use `openff-packmol` instead of interchange for packmol interface imports Abierto

OpenFreeEnergy/pontibus#205 · 1 asignado · Abierto el 29/8/2026
Validation ideas Abierto

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 35/100

OpenFreeEnergy/openfe-failure-cases#8 · 1 comentario · 1 reacción · 1 asignado · Abierto el 27/8/2026
Make all plotting functions return subplots Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 35/100

OpenFreeEnergy/cinnabar#235 · Abierto el 21/8/2026
Should `SmallMoleculeComponent` pull charges from a mol2 input Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 50/100

OpenFreeEnergy/gufe#828 · Abierto el 21/8/2026
improve Warehouse validation Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 25/100

OpenFreeEnergy/openfe#2162 · Abierto el 20/8/2026
task_db and warehouse construction should use alchemical_network name by default. Abierto

OpenFreeEnergy/openfe#2161 · 1 asignado · Abierto el 20/8/2026
add additional views and filters for `openfe status` Abierto

OpenFreeEnergy/openfe#2160 · 1 asignado · Abierto el 20/8/2026
Option for Concatenators to exclude certain edges Abierto

OpenFreeEnergy/konnektor#266 · 1 reacción · 1 asignado · Abierto el 19/8/2026
`set_and_check_new_positions` warning isn't very helpful Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 58/100

OpenFreeEnergy/openfe#2159 · 1 asignado · Abierto el 18/8/2026
`merge_networks` does not update reference network during iteration Abierto

Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 76/100

OpenFreeEnergy/konnektor#265 · Abierto el 14/8/2026
Update documentation to reflect package rather than integration Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 45/100

OpenFreeEnergy/exorcist#51 · Abierto el 12/8/2026
Update sphinx theme to match with the rest of OpenFE Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 45/100

OpenFreeEnergy/exorcist#50 · Abierto el 12/8/2026
Refactor task_type from 1-1 to 1-many Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 48/100

OpenFreeEnergy/exorcist#49 · Abierto el 11/8/2026
No delta G value produced eventually Abierto

OpenFreeEnergy/openfe#2130 · 9 comentarios · 1 asignado · Abierto el 10/8/2026
Add validation for partial charge assignment in Protocols Abierto

OpenFreeEnergy/openfe#2115 · 2 asignados · Abierto el 31/7/2026
Extensions: warehouse adaptations Abierto

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 15/100

OpenFreeEnergy/openfe#2107 · Abierto el 27/7/2026
SepTop multi-extension suppport Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 20/100

OpenFreeEnergy/openfe#2106 · Abierto el 27/7/2026
AFEs multi-extensions support Abierto

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 20/100

OpenFreeEnergy/openfe#2105 · Abierto el 27/7/2026
HybridTop multi-extension support Abierto

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 20/100

OpenFreeEnergy/openfe#2104 · Abierto el 27/7/2026
HybridTop single extension support Abierto

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 20/100

OpenFreeEnergy/openfe#2103 · Abierto el 27/7/2026

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