SepTop (and maybe ABFE) structural analysis stalls for certain molecule types
I maintainer di solito rispondono entro 2 giorni
Nessuno ha ancora preso questa issue.
Valutazione
- Difficoltà
- 5/5
- Tempo stimato
- Più di una settimana
- Idoneità per principianti
- 42/100
- Tipo di issue
- Bug
- Chiarezza
- Abbastanza chiara
- Stato di attività
- Attiva
- Stack tecnologico
- python
- Ambito
- performance
Direzione di ricerca
Start by reproducing the slowdown in SepTop's structural analysis, focusing on the symmetric RMSD calculation and molecule types that may trigger combinatorial graph matching. The issue gives no file or test entry point, so first trace that calculation and identify a reproducible case. Done means the cause is demonstrated and a viable fix, potentially using the rustworkx backend, is validated; ABFE may also be affected.
Scritto dal modello di indicizzazione a partire dal testo della issue.
Descrizione
Partly related to #2289
Users have reported the structural analysis in SepTop to take several hours.
This has been mostly narrowed down to the symmetric RMSD calculaltion. The hypothesis is that certain types of molecules lead to graph matching with a combinatorial explosion. If we can reproduce the issue, one potential solution could be to switch to the rustworkx backend.
- Lingua principale
- Python
- Stelle
- 347
- Fork
- 61
- Merge medio
- 3g 7h
- PR unite (30g)
- 28
Preparare l'ambiente
- Nessun Dockerfile né file Docker Compose
- Ha un modello di pull request
- Leggi la guida per i contributori
Come iniziare
- Leggi tutta la issue e poi la guida ai contributi del progetto.
- Commenta sulla issue per dire che te ne occupi tu — evita che due persone facciano lo stesso lavoro.
- Fai un fork del repository e lavora su un branch.
- Apri una pull request che faccia riferimento al numero della issue.
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