Proprietario
CCBR
34 repository indicizzati · Vedi su GitHub
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RENEE
A comprehensive quality-control and quantification RNA-seq pipeline
Python · 8 stelle
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XAVIER
An easy-to-use, flexible variant calling pipeline for whole exome sequencing
Python · 6 stelle
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METRO
Mouse nEoanTigen pRedictOr
Python · 6 stelle
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CHARLIE
Circrnas in Host And viRuses anaLysis pIpEline for Detection Annotation Quantification of circRNAs
Python · 4 stelle
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CCBR_NextflowTemplate
CCBR template for Nextflow workflows
Nextflow · 4 stelle
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CARLISLE
Cut And Run anaLysIS pipeLinE calls peaks using MACS2, SEACR and GoPeaks on spike-in normalized input fastqs.
Python · 4 stelle
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CCBR_SnakemakeTemplate
Barebones framework for creating new snakemake workflows.
Shell · 3 stelle
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LOGAN
whoLe genOme-sequencinG Analysis pipeliNe
Nextflow · 3 stelle
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SINCLAIR
SINgle CelL AnalysIs Resource
R · 3 stelle
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ccbr1271_ERVpipeline
ERV pipeline based of scripts from NCI Yasmine Belkaid Lab
Python · 2 stelle
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MOSuite
Multi-OmicsSuite: R package for differential multi-omics analysis
R · 2 stelle
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CHAMPAGNE
CHromAtin iMmuno PrecipitAtion sequencinG aNalysis pipEline
Nextflow · 2 stelle
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SCOT
Single Cell Omics Toolbox
R · 1 stella
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CCBR_tobias
Tobias implementation for ATAC seq data.
Python · 1 stella
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ASPEN
CCBR pipeline for preliminary QC, peak calling, differential chromatin accessibility analysis with ATACseq datasets 🌲
Python · 1 stella
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Tools
Utilities for CCBR Bioinformatics Software 🛠️
Python · 1 stella
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ASCENT
rMATs and IsoformSwitchAnalyeR workflow for multi-group multi-contrasts scenarios
Python · 0 stelle
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Python · 0 stelle
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nf-sandbox
a repo for testing and toying with nextflow & gh actions
Python · 0 stelle
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shiny-example
An example shiny app that provides a template for creating and publishing apps internally to NCI or publicly outside of NCI.
R · 0 stelle
- 14 altri repository si trovano su Vedi su GitHub
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example: push docker to ghcr Aperta
Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 45/100
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Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 35/100
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CARLISLE
Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 65/100
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CARLISLE
Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 48/100
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ASPEN
Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 48/100
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Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 48/100
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Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 62/100
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Snakemake jobs killed by SLURM (timeout/OOM/cancel) are never detected — pipeline hangs indefinitely ApertaASPEN enhancement generated-by-AI
Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 72/100
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MOObject
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enhancement
Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 52/100
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Link Checker Report Apertaautomated issue report
Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 66/100
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write guide to PR review Aperta
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AI-assisted enhancement MOSuite
Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 48/100
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MOSuite
Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 45/100
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default singularity cachedir Aperta
CCBR/CCBR_NextflowTemplate#89 · 2 commenti · 2 assegnatari ·
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bug MOSuite
Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 68/100
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bug MOSuite
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ASPEN documentation
Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 70/100
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ASPEN enhancement
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bug SCOT
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enhancement MOSuite
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enhancement
CCBR/DSP_Analysis#76 · 1 assegnatario ·
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enhancement
CCBR/DSP_Analysis#75 · 1 assegnatario ·
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Create DE analysis R scripts Apertaenhancement
CCBR/DSP_Analysis#74 · 1 assegnatario ·
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Rewrite QC Quarto Report Apertaenhancement
CCBR/DSP_Analysis#73 · 1 assegnatario ·
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Create QC Analysis R scripts Apertaenhancement
CCBR/DSP_Analysis#72 · 1 assegnatario ·
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CCBR/syncweaver#47 · 1 assegnatario ·
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CARLISLE
Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 68/100
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Add tidyverse, DT, pander, ggfortify, EnhancedVolcano, ComplexHeatmap to ccbr_atacseq (v13-feat) Apertagenerated-by-AI
Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 70/100
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enhancement
CCBR/syncweaver#44 · 1 assegnatario ·
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CCBR/syncweaver#43 · 1 commento · 1 assegnatario ·
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Link Checker Report Apertaautomated issue report
Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 58/100
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enhancement
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bug LowPriority MOSuite POC: Phil
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bug HighPriority MOSuite POC: Phil
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enhancement MOSuite POC: Phil
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bug MOSuite POC: Phil
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enhancement
Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 55/100
CCBR/syncweaver#39 ·
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Code Ocean enhancement MOSuite plots / figures / viz
Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 30/100
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Clean Up QC Quarto Report Apertaenhancement
CCBR/DSP_Analysis#67 · 1 assegnatario ·
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RENEE
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CARLISLE
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CARLISLE
Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 68/100
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Portability Checklist Aperta
Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 38/100
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Java version error Apertabosc-cofest-2026
Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 38/100
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bosc-cofest-2026
Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 48/100
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bosc-cofest-2026
Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 35/100
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bosc-cofest-2026
Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 40/100
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bosc-cofest-2026 documentation
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