Chủ sở hữu
CCBR
Đã lập chỉ mục 34 kho mã nguồn · Xem trên GitHub
-
RENEE
A comprehensive quality-control and quantification RNA-seq pipeline
Python · 8 star
-
XAVIER
An easy-to-use, flexible variant calling pipeline for whole exome sequencing
Python · 6 star
-
METRO
Mouse nEoanTigen pRedictOr
Python · 6 star
-
CHARLIE
Circrnas in Host And viRuses anaLysis pIpEline for Detection Annotation Quantification of circRNAs
Python · 4 star
-
CCBR_NextflowTemplate
CCBR template for Nextflow workflows
Nextflow · 4 star
-
CARLISLE
Cut And Run anaLysIS pipeLinE calls peaks using MACS2, SEACR and GoPeaks on spike-in normalized input fastqs.
Python · 4 star
-
CCBR_SnakemakeTemplate
Barebones framework for creating new snakemake workflows.
Shell · 3 star
-
LOGAN
whoLe genOme-sequencinG Analysis pipeliNe
Nextflow · 3 star
-
SINCLAIR
SINgle CelL AnalysIs Resource
R · 3 star
-
ccbr1271_ERVpipeline
ERV pipeline based of scripts from NCI Yasmine Belkaid Lab
Python · 2 star
-
MOSuite
Multi-OmicsSuite: R package for differential multi-omics analysis
R · 2 star
-
CHAMPAGNE
CHromAtin iMmuno PrecipitAtion sequencinG aNalysis pipEline
Nextflow · 2 star
-
SCOT
Single Cell Omics Toolbox
R · 1 star
-
CCBR_tobias
Tobias implementation for ATAC seq data.
Python · 1 star
-
ASPEN
CCBR pipeline for preliminary QC, peak calling, differential chromatin accessibility analysis with ATACseq datasets 🌲
Python · 1 star
-
Tools
Utilities for CCBR Bioinformatics Software 🛠️
Python · 1 star
-
ASCENT
rMATs and IsoformSwitchAnalyeR workflow for multi-group multi-contrasts scenarios
Python · 0 star
-
Python · 0 star
-
nf-sandbox
a repo for testing and toying with nextflow & gh actions
Python · 0 star
-
shiny-example
An example shiny app that provides a template for creating and publishing apps internally to NCI or publicly outside of NCI.
R · 0 star
- Còn 14 kho mã nguồn nữa trên Xem trên GitHub
-
example: push docker to ghcr Đang mở
Độ khó 3/5 1-2 ngày Mức phù hợp với người mới 45/100
-
Độ khó 4/5 3-5 ngày Mức phù hợp với người mới 35/100
-
CARLISLE
Độ khó 3/5 1-2 ngày Mức phù hợp với người mới 65/100
-
CARLISLE
Độ khó 4/5 3-5 ngày Mức phù hợp với người mới 48/100
-
ASPEN
Độ khó 4/5 3-5 ngày Mức phù hợp với người mới 48/100
-
Độ khó 4/5 3-5 ngày Mức phù hợp với người mới 48/100
-
Độ khó 4/5 3-5 ngày Mức phù hợp với người mới 62/100
-
Snakemake jobs killed by SLURM (timeout/OOM/cancel) are never detected — pipeline hangs indefinitely Đang mởASPEN enhancement generated-by-AI
Độ khó 3/5 1-2 ngày Mức phù hợp với người mới 72/100
-
MOObject
-
enhancement
Độ khó 4/5 3-5 ngày Mức phù hợp với người mới 52/100
-
Link Checker Report Đang mởautomated issue report
Độ khó 3/5 1-2 ngày Mức phù hợp với người mới 66/100
-
write guide to PR review Đang mở
-
AI-assisted enhancement MOSuite
Độ khó 4/5 3-5 ngày Mức phù hợp với người mới 48/100
-
MOSuite
Độ khó 4/5 3-5 ngày Mức phù hợp với người mới 45/100
-
default singularity cachedir Đang mở
CCBR/CCBR_NextflowTemplate#89 · 2 bình luận · 2 người được giao ·
-
bug MOSuite
Độ khó 4/5 3-5 ngày Mức phù hợp với người mới 68/100
-
bug MOSuite
-
ASPEN documentation
Độ khó 3/5 1-2 ngày Mức phù hợp với người mới 70/100
-
ASPEN enhancement
-
bug SCOT
-
enhancement MOSuite
-
enhancement
CCBR/DSP_Analysis#76 · 1 người được giao ·
-
enhancement
CCBR/DSP_Analysis#75 · 1 người được giao ·
-
Create DE analysis R scripts Đang mởenhancement
CCBR/DSP_Analysis#74 · 1 người được giao ·
-
Rewrite QC Quarto Report Đang mởenhancement
CCBR/DSP_Analysis#73 · 1 người được giao ·
-
Create QC Analysis R scripts Đang mởenhancement
CCBR/DSP_Analysis#72 · 1 người được giao ·
-
CCBR/syncweaver#47 · 1 người được giao ·
-
Error with rule seacr_stringent Đang mởCARLISLE
Độ khó 3/5 1-2 ngày Mức phù hợp với người mới 68/100
-
Add tidyverse, DT, pander, ggfortify, EnhancedVolcano, ComplexHeatmap to ccbr_atacseq (v13-feat) Đang mởgenerated-by-AI
Độ khó 3/5 1-2 ngày Mức phù hợp với người mới 70/100
-
enhancement
CCBR/syncweaver#44 · 1 người được giao ·
-
CCBR/syncweaver#43 · 1 bình luận · 1 người được giao ·
-
Link Checker Report Đang mởautomated issue report
Độ khó 3/5 1-2 ngày Mức phù hợp với người mới 58/100
-
enhancement
-
bug LowPriority MOSuite POC: Phil
-
bug HighPriority MOSuite POC: Phil
-
enhancement MOSuite POC: Phil
-
bug MOSuite POC: Phil
-
enhancement
Độ khó 3/5 1-2 ngày Mức phù hợp với người mới 55/100
CCBR/syncweaver#39 ·
-
Code Ocean enhancement MOSuite plots / figures / viz
Độ khó 5/5 Hơn một tuần Mức phù hợp với người mới 30/100
-
Clean Up QC Quarto Report Đang mởenhancement
CCBR/DSP_Analysis#67 · 1 người được giao ·
-
RENEE
-
CARLISLE
-
CARLISLE
Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 68/100
-
Portability Checklist Đang mở
Độ khó 4/5 3-5 ngày Mức phù hợp với người mới 38/100
-
Java version error Đang mởbosc-cofest-2026
Độ khó 4/5 3-5 ngày Mức phù hợp với người mới 38/100
-
bosc-cofest-2026
Độ khó 3/5 1-2 ngày Mức phù hợp với người mới 48/100
-
bosc-cofest-2026
Độ khó 5/5 Hơn một tuần Mức phù hợp với người mới 35/100
-
bosc-cofest-2026
Độ khó 4/5 3-5 ngày Mức phù hợp với người mới 40/100
-
bosc-cofest-2026 documentation
Đang hiển thị 100 mục mới nhất
Trang này chỉ liệt kê những gì được lập chỉ mục gần đây. Bộ lọc nâng cao có toàn bộ kho, thu hẹp theo ngôn ngữ, độ khó và thời lượng.