Propietario

CCBR

34 repositorios indexados · Ver en GitHub

RENEE
A comprehensive quality-control and quantification RNA-seq pipeline

Python · 8 estrellas
XAVIER
An easy-to-use, flexible variant calling pipeline for whole exome sequencing

Python · 6 estrellas
METRO
Mouse nEoanTigen pRedictOr

Python · 6 estrellas
CHARLIE
Circrnas in Host And viRuses anaLysis pIpEline for Detection Annotation Quantification of circRNAs

Python · 4 estrellas
CCBR_NextflowTemplate
CCBR template for Nextflow workflows

Nextflow · 4 estrellas
CARLISLE
Cut And Run anaLysIS pipeLinE calls peaks using MACS2, SEACR and GoPeaks on spike-in normalized input fastqs.

Python · 4 estrellas
CCBR_SnakemakeTemplate
Barebones framework for creating new snakemake workflows.

Shell · 3 estrellas
LOGAN
whoLe genOme-sequencinG Analysis pipeliNe

Nextflow · 3 estrellas
SINCLAIR
SINgle CelL AnalysIs Resource

R · 3 estrellas
ccbr1271_ERVpipeline
ERV pipeline based of scripts from NCI Yasmine Belkaid Lab

Python · 2 estrellas
MOSuite
Multi-OmicsSuite: R package for differential multi-omics analysis

R · 2 estrellas
CHAMPAGNE
CHromAtin iMmuno PrecipitAtion sequencinG aNalysis pipEline

Nextflow · 2 estrellas
SCOT
Single Cell Omics Toolbox

R · 1 estrella
CCBR_tobias
Tobias implementation for ATAC seq data.

Python · 1 estrella
ASPEN
CCBR pipeline for preliminary QC, peak calling, differential chromatin accessibility analysis with ATACseq datasets 🌲

Python · 1 estrella
Tools
Utilities for CCBR Bioinformatics Software 🛠️

Python · 1 estrella
ASCENT
rMATs and IsoformSwitchAnalyeR workflow for multi-group multi-contrasts scenarios

Python · 0 estrellas
spacesavers2

Python · 0 estrellas
nf-sandbox
a repo for testing and toying with nextflow & gh actions

Python · 0 estrellas
shiny-example
An example shiny app that provides a template for creating and publishing apps internally to NCI or publicly outside of NCI.

R · 0 estrellas
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Para principiantes Todo

Abierto Todos

example: push docker to ghcr Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 45/100

CCBR/actions#224 · Abierto el 23/9/2026
build-docker: support multi-arch builds Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 35/100

CCBR/actions#217 · Abierto el 21/9/2026
feat(carlisle): print git commit ID/tag in wrapper (adopt get_git_commitid_tag) Abierto

CARLISLE

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 65/100

CCBR/CARLISLE#265 · Abierto el 17/9/2026
Adopt shared ccbr_tools pipeline logging library in carlisle wrapper (Phase B) Abierto

CARLISLE

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 48/100

CCBR/CARLISLE#264 · Abierto el 17/9/2026
Adopt shared ccbr_tools pipeline logging library in aspen wrapper (Phase B) Abierto

ASPEN

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 48/100

CCBR/ASPEN#143 · Abierto el 17/9/2026
Add shared pipeline logging/state-marker bash library for ASPEN/CARLISLE Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 48/100

CCBR/Tools#230 · Abierto el 17/9/2026
auto-approve post-release cleanup PRs Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 62/100

CCBR/actions#209 · Abierto el 17/9/2026
Snakemake jobs killed by SLURM (timeout/OOM/cancel) are never detected — pipeline hangs indefinitely Abierto

ASPEN enhancement generated-by-AI

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 72/100

CCBR/ASPEN#141 · Abierto el 14/9/2026
document how to access slots from MOObject Abierto

MOObject

CCBR/MOObject#16 · 1 asignado · Abierto el 11/9/2026
Support for ribosomal RNA gene regions (rDNA) Abierto

enhancement

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 52/100

CCBR/CHAMPAGNE#373 · Abierto el 8/9/2026
Link Checker Report Abierto

automated issue report

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 66/100

CCBR/Tools#226 · Abierto el 5/9/2026
write guide to PR review Abierto

CCBR/HowTos#97 · 1 comentario · 1 asignado · Abierto el 1/9/2026
Build Venn intersections directly from per-contrast DEG results Abierto

AI-assisted enhancement MOSuite

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 48/100

CCBR/MOSuite#279 · Abierto el 31/8/2026
plot functions should return the plot object Abierto

MOSuite

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 45/100

CCBR/MOSuite#275 · 1 reacción · Abierto el 28/8/2026
default singularity cachedir Abierto

CCBR/CCBR_NextflowTemplate#89 · 2 comentarios · 2 asignados · Abierto el 27/8/2026
Improve expression heatmap resolution and output controls Abierto

bug MOSuite

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 68/100

CCBR/MOSuite#268 · 1 comentario · Abierto el 26/8/2026
Volcano Summary misparses underscore contrast names Abierto

bug MOSuite

CCBR/MOSuite#267 · 1 asignado · Abierto el 25/8/2026
docs for interpreting motif enrichment analysis results Abierto

ASPEN documentation

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 70/100

CCBR/ASPEN#129 · Abierto el 25/8/2026
feat: implement attempt-based resource scaling (RAM/walltime doubling on retry) Abierto

ASPEN enhancement

CCBR/ASPEN#127 · 1 comentario · 1 asignado · Abierto el 21/8/2026
SingleR_db cache calling through functions Abierto

bug SCOT

CCBR/SCOT#78 · 1 asignado · Abierto el 21/8/2026
helper function to join diff_counts from select contrasts Abierto

enhancement MOSuite

CCBR/MOSuite#265 · 2 comentarios · 1 asignado · Abierto el 20/8/2026
Create Docker for DE and QC analyses Abierto

enhancement

CCBR/DSP_Analysis#76 · 1 asignado · Abierto el 19/8/2026
Rewrite DE Analysis Quarto Report Abierto

enhancement

CCBR/DSP_Analysis#75 · 1 asignado · Abierto el 19/8/2026
Create DE analysis R scripts Abierto

enhancement

CCBR/DSP_Analysis#74 · 1 asignado · Abierto el 19/8/2026
Rewrite QC Quarto Report Abierto

enhancement

CCBR/DSP_Analysis#73 · 1 asignado · Abierto el 19/8/2026
Create QC Analysis R scripts Abierto

enhancement

CCBR/DSP_Analysis#72 · 1 asignado · Abierto el 19/8/2026
support source path at host repo root Abierto

CCBR/syncweaver#47 · 1 asignado · Abierto el 19/8/2026
Error with rule seacr_stringent Abierto

CARLISLE

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 68/100

CCBR/CARLISLE#261 · Abierto el 14/8/2026
Add tidyverse, DT, pander, ggfortify, EnhancedVolcano, ComplexHeatmap to ccbr_atacseq (v13-feat) Abierto

generated-by-AI

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 70/100

CCBR/Dockers2#426 · 2 comentarios · Abierto el 6/8/2026
ability to pin source versions in lockfile Abierto

enhancement

CCBR/syncweaver#44 · 1 asignado · Abierto el 6/8/2026
retrieve capsule's latest release version & commit hash from Code Ocean Abierto

CCBR/syncweaver#43 · 1 comentario · 1 asignado · Abierto el 5/8/2026
Link Checker Report Abierto

automated issue report

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 58/100

CCBR/Tools#214 · Abierto el 5/8/2026
feat(ccbr_atacseq): add BiocT2T / TxDb.Hsapiens.NCBI.CHM13v2 for T2T annotation support (Dockerfile.v12) Abierto

enhancement

CCBR/Dockers2#422 · 1 asignado · Abierto el 4/8/2026
Synchronize parameter between Enhanced and Summary volcano plots Abierto

bug LowPriority MOSuite POC: Phil

CCBR/MOSuite#249 · 1 comentario · 2 asignados · Abierto el 31/7/2026
Add optional log transformation to plot_corr_heatmap() Abierto

bug HighPriority MOSuite POC: Phil

CCBR/MOSuite#248 · 1 asignado · Abierto el 31/7/2026
filter low counts function should expose log_transform parameter Abierto

enhancement MOSuite POC: Phil

CCBR/MOSuite#247 · 1 asignado · Abierto el 31/7/2026
Volcano Plot Enhanced - unsupported Features Abierto

bug MOSuite POC: Phil

CCBR/MOSuite#246 · 1 comentario · 1 asignado · Abierto el 31/7/2026
support podman and singularity/apptainer Abierto

enhancement

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 55/100

CCBR/syncweaver#39 · Abierto el 29/7/2026
interactive shiny app to set color palette Abierto

Code Ocean enhancement MOSuite plots / figures / viz

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 30/100

CCBR/MOSuite#244 · Abierto el 28/7/2026
Clean Up QC Quarto Report Abierto

enhancement

CCBR/DSP_Analysis#67 · 1 asignado · Abierto el 22/7/2026
Friendly error for unauthorized --partition student usage Abierto

RENEE

CCBR/RENEE#296 · 1 asignado · Abierto el 22/7/2026
docs: modernize workflow diagram to reflect current pipeline capabilities Abierto

CARLISLE

CCBR/CARLISLE#259 · 1 asignado · Abierto el 21/7/2026
docs: add last-updated info to landing page Abierto

CARLISLE

Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 68/100

CCBR/CARLISLE#258 · 3 comentarios · Abierto el 21/7/2026
Portability Checklist Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 38/100

CCBR/CHAMPAGNE#363 · Abierto el 18/7/2026
Java version error Abierto

bosc-cofest-2026

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 38/100

CCBR/CHAMPAGNE#358 · Abierto el 17/7/2026
running via `nextflow run CCBR/CHAMPAGNE` skips alignment Abierto

bosc-cofest-2026

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 48/100

CCBR/CHAMPAGNE#357 · 1 comentario · Abierto el 17/7/2026
support setting nxf env vars on the fly Abierto

CCBR/Tools#212 · 1 asignado · Abierto el 17/7/2026
make reference genomes more portable Abierto

bosc-cofest-2026

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 35/100

CCBR/CHAMPAGNE#355 · 2 comentarios · Abierto el 17/7/2026
fastq_screen_conf - support outside of biowulf Abierto

bosc-cofest-2026

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 40/100

CCBR/CHAMPAGNE#346 · 1 comentario · Abierto el 17/7/2026
documentation for running outside of biowulf Abierto

bosc-cofest-2026 documentation

CCBR/CHAMPAGNE#344 · 4 comentarios · 1 asignado · Abierto el 17/7/2026

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