CCBR/Tools

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Utilities for CCBR Bioinformatics Software 🛠️

Stelle: 1
Fork: 0
Issue aperte per principianti: 1
Issue indicizzate: 18
Merge medio: 1g 18h
PR unite (30g): 7

Lingua principale: Python
Licenza: MIT
Ultimo push su GitHub: 18/9/2026
Ultima indicizzazione: 20/9/2026
Guida per i contributori: Guida per i contributori
Codice di condotta: Nessun codice di condotta
Label per principianti: Nessuna label per principianti indicizzata

Adatte ai principianti Tutto

Aperta Tutte

Add shared pipeline logging/state-marker bash library for ASPEN/CARLISLE Aperta

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 48/100

CCBR/Tools#230 · Aperta il 17/9/2026
Link Checker Report Aperta

automated issue report

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 66/100

CCBR/Tools#226 · Aperta il 5/9/2026
Link Checker Report Aperta

automated issue report

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 58/100

CCBR/Tools#214 · Aperta il 5/8/2026
support setting nxf env vars on the fly Aperta

CCBR/Tools#212 · 1 assegnatario · Aperta il 17/7/2026
install xavier's python deps Aperta

bug

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 35/100

CCBR/Tools#209 · Aperta il 8/7/2026
ensure correct mamba env is used for installation Aperta

bug

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 35/100

CCBR/Tools#208 · Aperta il 8/7/2026
Link Checker Report Aperta

automated issue report

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 68/100

CCBR/Tools#207 · Aperta il 5/7/2026
add a check to install script -- make sure python bin is under /data/CCBR_Pipeliner Aperta

bug

CCBR/Tools#205 · 1 assegnatario · Aperta il 1/7/2026
install cmd needs to use git ssh on biowulf Aperta

bug

CCBR/Tools#201 · 1 commento · 1 assegnatario · Aperta il 16/6/2026
ModuleNotFoundError: No module named 'rpds.rpds' error Aperta

bug

CCBR/Tools#199 · 2 commenti · 1 assegnatario · Aperta il 12/6/2026
ccbr_tools install on helix: 'Cluster' object has no attribute 'GROUP' Aperta

bug

Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 68/100

CCBR/Tools#179 · Aperta il 12/5/2026
jobby: report queued time Aperta

enhancement

CCBR/Tools#159 · 1 assegnatario · Aperta il 12/3/2026
snakemake init & run commands Aperta

CCBR/Tools#130 · 1 assegnatario · Aperta il 1/12/2025
create OnComplete script for snakemake pipelines Aperta

CCBR/Tools#121 · 1 assegnatario · Aperta il 1/10/2025
container image caching (like `renee cache`) for nextflow & snakemake pipelines Aperta

enhancement

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 35/100

CCBR/Tools#17 · Aperta il 25/10/2024
add helper for singularity bind paths Aperta

enhancement

CCBR/Tools#16 · 1 assegnatario · Aperta il 10/10/2024
spooker: add hpc platform to metadata Aperta

enhancement

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 35/100

CCBR/Tools#14 · Aperta il 26/9/2024
jobby: no path to std_err for jobs in FRCE Aperta

bug

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 35/100

CCBR/Tools#4 · Aperta il 23/5/2024

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