Hacktoberfest 2026: những issue maintainer đã đánh dấu cho tháng Mười, đang mở và phù hợp người mới. Xem issue Hacktoberfest

Proposal to migrate `DelayedMask` to the DelayedArray package

Đang mở
#122 0 bình luận 0 reaction 0 người được giao Xem trên GitHub

Chưa có ai nhận issue này.

Đánh giá

Độ khó
5/5
Thời gian dự kiến
Hơn một tuần
Mức phù hợp với người mới
20/100
Loại issue
Tính năng
Độ rõ ràng
Cần làm rõ
Mức độ hoạt động
Đình trệ
Công nghệ
r
Lĩnh vực
data, performance

Hướng nghiên cứu

Bắt đầu bằng việc xem xét triển khai DelayedMask trong alabaster.matrix và cách xử lý [<- bị trì hoãn của DelayedArray, bao gồm DelayedNaryIsoOp và các lệnh gọi extract_*_array(). Xác định liệu việc migration hoặc masking tổng quát có thuộc về DelayedArray hay không, đồng thời ghi lại hành vi được đề xuất và các đánh đổi về hiệu năng; việc hoàn tất yêu cầu phạm vi triển khai được thống nhất hoặc quyết định của maintainer.

Do mô hình lập chỉ mục viết ra từ nội dung của issue.

Mô tả

My alabaster.matrix package has a DelayedMask class that replaces all instances of a placeholder with an NA value during extract_*_array() calls. Essentially, it is equivalent to:

library(DelayedArray)
y <- DelayedArray(matrix(rbinom(100, 1, 0.2), ncol=5))
placeholder <- 1

z <- y
z[z == placeholder] <- NA

# Gives the same (abstract) matrix contents as:
alabaster.matrix::DelayedMask(y, placeholder)

AFAICT the DelayedMask approach should be more efficient as the DelayedMask only realizes one matrix while the delayed [<- requires realization of both z and z == placeholder. (Currently DelayedMask is literally for masking NAs but it could be generalized to handle more boolean operations, e.g., so z[z > cap] <- cap could be used to upper-bound the contents of the matrix.)

Would this be of interest to the DelayedArray package? Perhaps there might be an easy way that we can detect that the logical subset is generated from the same matrix that it is operating on in [<-, and switch from creating a DelayedNaryIsoOp to a DelayedMask.

Ngôn ngữ chính
R
Star
29
Fork
12
Không có pull request nào được merge trong 30 ngày

Hướng dẫn đóng góp

Chưa lập chỉ mục được hướng dẫn đóng góp cho kho mã nguồn này

Bắt đầu từ đâu

  1. Đọc hết issue, rồi đọc hướng dẫn đóng góp của dự án.
  2. Bình luận trên issue rằng bạn sẽ nhận — tránh hai người làm cùng một việc.
  3. Fork repository và làm thay đổi trên một nhánh.
  4. Mở pull request có tham chiếu số hiệu của issue.

Issue khác của Bioconductor/DelayedArray

Tất cả issue của Bioconductor/DelayedArray

Issue tương tự

Thêm issue về R

Nhận issue mới trong hộp thư của bạn

Bản tóm tắt ngắn những issue GitHub phù hợp với người mới.