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Proposal to migrate `DelayedMask` to the DelayedArray package

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Evaluación

Dificultad
5/5
Tiempo estimado
Más de una semana
Aptitud para principiantes
20/100
Tipo de issue
Nueva funcionalidad
Claridad
Necesita aclaración
Estado de actividad
Estancado
Stack tecnológico
r
Área
data, performance

Línea de trabajo

Comienza revisando la implementación de DelayedMask en alabaster.matrix y el manejo diferido de [<- de DelayedArray, incluidos DelayedNaryIsoOp y las llamadas a extract_*_array(). Determina si la migración o el enmascaramiento generalizado corresponde a DelayedArray y documenta el comportamiento propuesto y las compensaciones de eficiencia; la finalización requiere un alcance de implementación acordado o una decisión de los maintainers.

Escrito por el modelo de indexación a partir del texto del issue.

Descripción

My alabaster.matrix package has a DelayedMask class that replaces all instances of a placeholder with an NA value during extract_*_array() calls. Essentially, it is equivalent to:

library(DelayedArray)
y <- DelayedArray(matrix(rbinom(100, 1, 0.2), ncol=5))
placeholder <- 1

z <- y
z[z == placeholder] <- NA

# Gives the same (abstract) matrix contents as:
alabaster.matrix::DelayedMask(y, placeholder)

AFAICT the DelayedMask approach should be more efficient as the DelayedMask only realizes one matrix while the delayed [<- requires realization of both z and z == placeholder. (Currently DelayedMask is literally for masking NAs but it could be generalized to handle more boolean operations, e.g., so z[z > cap] <- cap could be used to upper-bound the contents of the matrix.)

Would this be of interest to the DelayedArray package? Perhaps there might be an easy way that we can detect that the logical subset is generated from the same matrix that it is operating on in [<-, and switch from creating a DelayedNaryIsoOp to a DelayedMask.

Lenguaje dominante
R
Estrellas
29
Forks
12
Sin PR fusionados en 30 d

Guía de contribución

No hay ninguna guía de contribución indexada para este repositorio

Primeros pasos

  1. Lee el issue completo y luego la guía de contribución del proyecto.
  2. Comenta en el issue que vas a ocuparte — evita que dos personas hagan lo mismo.
  3. Haz un fork del repositorio y trabaja en una rama.
  4. Abre un pull request que haga referencia al número del issue.

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