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Cannot find query.csv

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Évaluation

Difficulté
3/5
Temps estimé
1-2 jours
Accessibilité débutants
30/100
Type d'issue
Bug
Clarté
À clarifier
Activité
À l'abandon
Stack technique
jupyter-notebook, python
Domaine
data

Piste de recherche

Commencez par l’importation qui échoue dans 07-downstream-analysis.ipynb et examinez workflow_array_ephys/localization.py autour de la ligne 52, où query.csv est résolu. Vérifiez l’emplacement de téléchargement référencé d’Allen Institute et la racine de données configuréeb0 ce sera terminé lorsque le notebook s’importera correctement sans FileNotFoundError et que le fichier d’ontologie requis sera disponible ou que son absence sera gérée.

Rédigé par le modèle d'indexation à partir du texte de l'issue.

Description

bug

Bug Report

Description

In 07-downstream-analysis.ipynb, running the cell with from workflow_array_ephys.localization import coordinate_framework as ccf yields the following error.

Error stack
FileNotFoundError                         Traceback (most recent call last)
Cell In[4], line 1
----> 1 from workflow_array_ephys.localization import coordinate_framework as ccf

File [c:\Users\jaero\Desktop\workflow-array-ephys\workflow_array_ephys\localization.py:52](file:///C:/Users/jaero/Desktop/workflow-array-ephys/workflow_array_ephys/localization.py:52)
     45 electrode_localization.activate(
     46     db_prefix + "electrode_localization", db_prefix + "ccf", linking_module=__name__
     47 )
     49 nrrd_filepath = find_full_path(
     50     get_ephys_root_data_dir(), f"annotation_{voxel_resolution}.nrrd"
     51 )
---> 52 ontology_csv_filepath = find_full_path(get_ephys_root_data_dir(), "query.csv")
     54 if (
     55     not (coordinate_framework.CCF & {"ccf_id": ccf_id})
     56     and nrrd_filepath.exists()
     57     and ontology_csv_filepath.exists()
     58 ):
     59     coordinate_framework.load_ccf_annotation(
     60         ccf_id=ccf_id,
     61         version_name="ccf_2017",
   (...)
     64         ontology_csv_filepath=ontology_csv_filepath,
     65     )
...
     43     "No valid full-path found (from {})"
     44     " for {}".format(root_directories, relative_path)
     45 )

FileNotFoundError: No valid full-path found (from [WindowsPath('[C:/Users/jaero/Desktop/Data/workflow_array_ephys](file:///C:/Users/jaero/Desktop/Data/workflow_array_ephys)')]) for query.csv
Additional Research and Context

Add any additional research or context that was conducted in creating this report.

It expects query.csv, which is not present in the link provided (http://download.alleninstitute.org/informatics-archive/current-release/mouse_ccf/annotation/ccf_2017/)

Langage dominant
Jupyter Notebook
Étoiles
10
Forks
44
Aucune PR mergée en 30 j

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