Cannot find query.csv
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評価
- 難易度
- 3/5
- 見積もり時間
- 1〜2日
- 初心者へのやさしさ
- 30/100
調査の方向性
07-downstream-analysis.ipynb の失敗している import から始め、query.csv が解決される workflow_array_ephys/localization.py の 52 行目付近を調べます。参照されている Allen Institute のダウンロード先と、設定されているデータルートを確認します。完了の条件は、Notebook が FileNotFoundError なしで正常に import でき、必要なオントロジーファイルが利用可能であるか、その欠如が処理されていることです。
索引モデルが issue の本文から書いたものです。
説明
Bug Report
Description
In 07-downstream-analysis.ipynb, running the cell with from workflow_array_ephys.localization import coordinate_framework as ccf yields the following error.
Error stack
FileNotFoundError Traceback (most recent call last)
Cell In[4], line 1
----> 1 from workflow_array_ephys.localization import coordinate_framework as ccf
File [c:\Users\jaero\Desktop\workflow-array-ephys\workflow_array_ephys\localization.py:52](file:///C:/Users/jaero/Desktop/workflow-array-ephys/workflow_array_ephys/localization.py:52)
45 electrode_localization.activate(
46 db_prefix + "electrode_localization", db_prefix + "ccf", linking_module=__name__
47 )
49 nrrd_filepath = find_full_path(
50 get_ephys_root_data_dir(), f"annotation_{voxel_resolution}.nrrd"
51 )
---> 52 ontology_csv_filepath = find_full_path(get_ephys_root_data_dir(), "query.csv")
54 if (
55 not (coordinate_framework.CCF & {"ccf_id": ccf_id})
56 and nrrd_filepath.exists()
57 and ontology_csv_filepath.exists()
58 ):
59 coordinate_framework.load_ccf_annotation(
60 ccf_id=ccf_id,
61 version_name="ccf_2017",
(...)
64 ontology_csv_filepath=ontology_csv_filepath,
65 )
...
43 "No valid full-path found (from {})"
44 " for {}".format(root_directories, relative_path)
45 )
FileNotFoundError: No valid full-path found (from [WindowsPath('[C:/Users/jaero/Desktop/Data/workflow_array_ephys](file:///C:/Users/jaero/Desktop/Data/workflow_array_ephys)')]) for query.csv
Additional Research and Context
Add any additional research or context that was conducted in creating this report.
It expects query.csv, which is not present in the link provided (http://download.alleninstitute.org/informatics-archive/current-release/mouse_ccf/annotation/ccf_2017/)
- 主要言語
- Jupyter Notebook
- スター
- 10
- フォーク
- 44
- PR マージ指標
- 30日以内にマージされた PR はありません
環境構築
このプロジェクトの開発コンテナを、あなたの GitHub アカウントでブラウザ上に起動します。
- Dockerfile・Docker Compose ファイルなし
- プルリクエストのテンプレートなし
- コントリビューションガイドを読む
はじめの一歩
- issue を最後まで読み、次にプロジェクトのコントリビューションガイドを読みます。
- 着手することを issue にコメントします — 二人が同じ作業をするのを防げます。
- リポジトリをフォークし、ブランチを切って変更します。
- issue 番号を参照したプルリクエストを送ります。
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