Hacktoberfest 2026: những issue maintainer đã đánh dấu cho tháng Mười, đang mở và phù hợp người mới. Xem issue Hacktoberfest

Cannot find query.csv

Đang mở
  • Có gì không ổn?
#162 0 bình luận 0 reaction 0 người được giao Xem trên GitHub

Chưa có ai nhận issue này.

Đánh giá

Độ khó
3/5
Thời gian dự kiến
1-2 ngày
Mức phù hợp với người mới
30/100
Loại issue
Lỗi
Độ rõ ràng
Cần làm rõ
Mức độ hoạt động
Đình trệ
Công nghệ
jupyter-notebook, python
Lĩnh vực
data

Hướng nghiên cứu

Bắt đầu với import bị lỗi trong 07-downstream-analysis.ipynb và kiểm tra workflow_array_ephys/localization.py quanh dòng 52, nơi query.csv được phân giải. Kiểm tra vị trí tải xuống được tham chiếu của Allen Institute và thư mục gốc dữ liệu đã cấu hình; được xem là hoàn thành khi notebook import thành công mà không có FileNotFoundError và tệp ontology bắt buộc khả dụng hoặc sự vắng mặt của nó được xử lý.

Do mô hình lập chỉ mục viết ra từ nội dung của issue.

Mô tả

bug

Bug Report

Description

In 07-downstream-analysis.ipynb, running the cell with from workflow_array_ephys.localization import coordinate_framework as ccf yields the following error.

Error stack
FileNotFoundError                         Traceback (most recent call last)
Cell In[4], line 1
----> 1 from workflow_array_ephys.localization import coordinate_framework as ccf

File [c:\Users\jaero\Desktop\workflow-array-ephys\workflow_array_ephys\localization.py:52](file:///C:/Users/jaero/Desktop/workflow-array-ephys/workflow_array_ephys/localization.py:52)
     45 electrode_localization.activate(
     46     db_prefix + "electrode_localization", db_prefix + "ccf", linking_module=__name__
     47 )
     49 nrrd_filepath = find_full_path(
     50     get_ephys_root_data_dir(), f"annotation_{voxel_resolution}.nrrd"
     51 )
---> 52 ontology_csv_filepath = find_full_path(get_ephys_root_data_dir(), "query.csv")
     54 if (
     55     not (coordinate_framework.CCF & {"ccf_id": ccf_id})
     56     and nrrd_filepath.exists()
     57     and ontology_csv_filepath.exists()
     58 ):
     59     coordinate_framework.load_ccf_annotation(
     60         ccf_id=ccf_id,
     61         version_name="ccf_2017",
   (...)
     64         ontology_csv_filepath=ontology_csv_filepath,
     65     )
...
     43     "No valid full-path found (from {})"
     44     " for {}".format(root_directories, relative_path)
     45 )

FileNotFoundError: No valid full-path found (from [WindowsPath('[C:/Users/jaero/Desktop/Data/workflow_array_ephys](file:///C:/Users/jaero/Desktop/Data/workflow_array_ephys)')]) for query.csv
Additional Research and Context

Add any additional research or context that was conducted in creating this report.

It expects query.csv, which is not present in the link provided (http://download.alleninstitute.org/informatics-archive/current-release/mouse_ccf/annotation/ccf_2017/)

Ngôn ngữ chính
Jupyter Notebook
Star
10
Fork
44
Không có pull request nào được merge trong 30 ngày

Chuẩn bị môi trường

Mở trong Codespaces

Khởi chạy dev container của dự án ngay trên trình duyệt, bằng tài khoản GitHub của bạn.

Bắt đầu từ đâu

  1. Đọc hết issue, rồi đọc hướng dẫn đóng góp của dự án.
  2. Bình luận trên issue rằng bạn sẽ nhận — tránh hai người làm cùng một việc.
  3. Fork repository và làm thay đổi trên một nhánh.
  4. Mở pull request có tham chiếu số hiệu của issue.

Issue khác của datajoint/element-array-ephys

Tất cả issue của datajoint/element-array-ephys

Issue tương tự

Thêm issue về Data Engineering

Nhận issue mới trong hộp thư của bạn

Bản tóm tắt ngắn những issue GitHub phù hợp với người mới.