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FileNotFoundError in demo_prepare.ipynb

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Évaluation

Difficulté
2/5
Temps estimé
1-3 heures
Accessibilité débutants
35/100
Type d'issue
Bug
Clarté
Plutôt claire
Activité
À l'abandon
Stack technique
docker, jupyter-notebook, python
Domaine
data-engineering, database

Piste de recherche

Commencez par notebooks/demo_prepare.ipynb et reproduisez la cellule 5 dans le Dev Container. Vérifiez les chemins example_data/raw et example_data/processed mentionnés dans le traceback et confirmez l’étape attendue de téléchargement des données indiquée dans les Instructions du dépôt. La tâche est terminée lorsque EphysRecording.populate s’exécute jusqu’au bout sans FileNotFoundError.

Rédigé par le modèle d'indexation à partir du texte de l'issue.

Description

bug

Bug Report

Description

The repo's Instructions say: "We recommend you start by navigating to the notebooks directory on the left panel and go through the demo_prepare.ipynb".
When executing code cell 5 in that notebook

populate_settings = {"display_progress": True}

ephys.EphysRecording.populate(**populate_settings)

a FileNotFoundError occurs.

Reproducibility

Repository environment created with Dev Containers extension.
Navigate to demo_prepare.ipynb notebook, select kernel and execute code.
Error stack:

Output exceeds the [size limit](command:workbench.action.openSettings?[). Open the full output data [in a text editor](command:workbench.action.openLargeOutput?5cae5363-0515-4d6b-9fe4-f0979c9a6448)
---------------------------------------------------------------------------
FileNotFoundError                         Traceback (most recent call last)
Cell In[5], line 3
      1 populate_settings = {"display_progress": True}
----> 3 ephys.EphysRecording.populate(**populate_settings)

File /usr/local/lib/python3.9/site-packages/datajoint/autopopulate.py:241, in AutoPopulate.populate(self, suppress_errors, return_exception_objects, reserve_jobs, order, limit, max_calls, display_progress, processes, make_kwargs, *restrictions)
    237 if processes == 1:
    238     for key in (
    239         tqdm(keys, desc=self.__class__.__name__) if display_progress else keys
    240     ):
--> 241         error = self._populate1(key, jobs, **populate_kwargs)
    242         if error is not None:
    243             error_list.append(error)

File /usr/local/lib/python3.9/site-packages/datajoint/autopopulate.py:292, in AutoPopulate._populate1(self, key, jobs, suppress_errors, return_exception_objects, make_kwargs)
    290 self.__class__._allow_insert = True
    291 try:
--> 292     make(dict(key), **(make_kwargs or {}))
    293 except (KeyboardInterrupt, SystemExit, Exception) as error:
    294     try:

File /usr/local/lib/python3.9/site-packages/element_array_ephys/ephys_acute.py:291, in EphysRecording.make(self, key)
    289 def make(self, key):
    290     """Populates table with electrophysiology recording information."""
...
     43     "No valid full-path found (from {})"
     44     " for {}".format(root_directories, relative_path)
     45 )

FileNotFoundError: No valid full-path found (from [PosixPath('/workspaces/workflow-array-ephys/example_data/raw'), PosixPath('/workspaces/workflow-array-ephys/example_data/processed')]) for subject5/session1
Expected Behavior

The data should be downloaded first then used to populate the database.

Langage dominant
Jupyter Notebook
Étoiles
10
Forks
44
Aucune PR mergée en 30 j

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