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`ProbeType.create_neuropixels_probe` warning message improvements

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Évaluation

Difficulté
3/5
Temps estimé
1-2 jours
Accessibilité débutants
35/100
Type d'issue
Bug
Clarté
À clarifier
Activité
À l'abandon
Stack technique
python
Domaine
backend-api-design, databases

Piste de recherche

Commencez dans element_array_ephys/probe.py, au niveau de ProbeType.create_neuropixels_probe(), create_neuropixels_probe() et create_neuropixels_probe_types(), en utilisant le DuplicateError signalé comme comportement à suivre. Clarifiez quel comportement proposé est souhaité, puis assurez-vous que l’avertissement ou la gestion des doublons oriente correctement les utilisateurs et vérifiez que la création répétée de sondes Neuropixels se comporte comme documenté.

Rédigé par le modèle d'indexation à partir du texte de l'issue.

Description

bug

Bug Report

Description

In our code, we had been defining our probes using the ProbeType class as such

for probe_type in ('neuropixels 1.0 - 3A', 'neuropixels 1.0 - 3B',
                   'neuropixels 2.0 - SS', 'neuropixels 2.0 - MS'):
    probe_element.ProbeType.create_neuropixels_probe(probe_type)

We recently updated to the latest version of element-array-ephys which broke our pipeline since the class version is now passed directly to probe_element.create_neuropixels_probe() which removes the skip_duplicates=True that the older version of the pipeline had, resulting in

  File "/home/[email protected]/Datajoint_projs/U19-pipeline_python/u19_pipeline/ephys_pipeline.py", line 149, in <module>
    probe_element.ProbeType.create_neuropixels_probe(probe_type)
  File "/home/[email protected]/miniconda3/envs/U19-pipeline_python_env3/lib/python3.12/site-packages/element_array_ephys/probe.py", line 77, in create_neuropixels_probe
    return create_neuropixels_probe(probe_type)
           ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
  File "/home/[email protected]/miniconda3/envs/U19-pipeline_python_env3/lib/python3.12/site-packages/element_array_ephys/probe.py", line 173, in create_neuropixels_probe
    ProbeType.insert1({"probe_type": probe_type})
  File "/home/[email protected]/miniconda3/envs/U19-pipeline_python_env3/lib/python3.12/site-packages/datajoint/table.py", line 347, in insert1
    self.insert((row,), **kwargs)
  File "/home/[email protected]/miniconda3/envs/U19-pipeline_python_env3/lib/python3.12/site-packages/datajoint/table.py", line 464, in insert
    raise err.suggest(
datajoint.errors.DuplicateError: ("Duplicate entry 'neuropixels 1.0 - 3A' for key 'PRIMARY'", 'To ignore duplicate entries in insert, set skip_duplicates=True')

If follow the deprecation advice and update to:

for probe_type in ('neuropixels 1.0 - 3A', 'neuropixels 1.0 - 3B',
                   'neuropixels 2.0 - SS', 'neuropixels 2.0 - MS'):
    probe_element.create_neuropixels_probe(probe_type)

we get the same error as above since skip_dulicates=True is still not passed.

Possible solutions

There are two solutions:

  1. Keep the old behavior by passing a skip_duplicates=True to probe_element.create_neuropixels_probe similar to the older behavior.
  2. Update the Deprecation message to advise the user to replace the repeated calls of create_neuropixels_probe with a single create_neuropixels_probe_types().
Langage dominant
Jupyter Notebook
Étoiles
10
Forks
44
Aucune PR mergée en 30 j

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