Cannot find query.csv
還沒有人認領這個 Issue。
評估
研究方向
從 07-downstream-analysis.ipynb 中失敗的匯入開始，檢查 workflow_array_ephys/localization.py 第 52 行附近解析 query.csv 的位置。檢查所參照的 Allen Institute 下載位置和設定的資料根目錄；完成的標準是 notebook 能夠成功匯入且不會出現 FileNotFoundError，並且所需的本體檔案可用或其缺失情況得到處理。
由索引模型根據 Issue 內容生成。
描述
Bug Report
Description
In 07-downstream-analysis.ipynb, running the cell with from workflow_array_ephys.localization import coordinate_framework as ccf yields the following error.
Error stack
FileNotFoundError Traceback (most recent call last)
Cell In[4], line 1
----> 1 from workflow_array_ephys.localization import coordinate_framework as ccf
File [c:\Users\jaero\Desktop\workflow-array-ephys\workflow_array_ephys\localization.py:52](file:///C:/Users/jaero/Desktop/workflow-array-ephys/workflow_array_ephys/localization.py:52)
45 electrode_localization.activate(
46 db_prefix + "electrode_localization", db_prefix + "ccf", linking_module=__name__
47 )
49 nrrd_filepath = find_full_path(
50 get_ephys_root_data_dir(), f"annotation_{voxel_resolution}.nrrd"
51 )
---> 52 ontology_csv_filepath = find_full_path(get_ephys_root_data_dir(), "query.csv")
54 if (
55 not (coordinate_framework.CCF & {"ccf_id": ccf_id})
56 and nrrd_filepath.exists()
57 and ontology_csv_filepath.exists()
58 ):
59 coordinate_framework.load_ccf_annotation(
60 ccf_id=ccf_id,
61 version_name="ccf_2017",
(...)
64 ontology_csv_filepath=ontology_csv_filepath,
65 )
...
43 "No valid full-path found (from {})"
44 " for {}".format(root_directories, relative_path)
45 )
FileNotFoundError: No valid full-path found (from [WindowsPath('[C:/Users/jaero/Desktop/Data/workflow_array_ephys](file:///C:/Users/jaero/Desktop/Data/workflow_array_ephys)')]) for query.csv
Additional Research and Context
Add any additional research or context that was conducted in creating this report.
It expects query.csv, which is not present in the link provided (http://download.alleninstitute.org/informatics-archive/current-release/mouse_ccf/annotation/ccf_2017/)
- 主要語言
- Jupyter Notebook
- 星號
- 10
- 分支
- 44
- PR 合併指標
- 30 天內沒有已合併 PR
環境準備
在瀏覽器裡用你自己的 GitHub 帳號啟動這個專案的開發容器。
- 沒有 Dockerfile 或 Docker Compose 檔案
- 沒有 Pull Request 範本
- 閱讀貢獻指南
從這裡開始
- 先讀完整個 Issue，再讀專案的貢獻指南。
- 在 Issue 下留言說明你要接手 —— 這能避免兩個人做同樣的事。
- Fork 儲存庫，在一個分支上完成修改。
- 送出 Pull Request，並在描述裡引用這個 Issue 編號。
datajoint/element-array-ephys 的其他 Issue
-
Migrate to DataJoint 2.x: 14 longblob attributes silently corrupt data, 1 attribute fails to declare未關閉
難度 4/5 3-5 天 新手友好度 58/100
datajoint/element-array-ephys#230 ·
-
enhancement
難度 3/5 1-2 天 新手友好度 45/100
datajoint/element-array-ephys#207 ·
-
bug
難度 3/5 1-2 天 新手友好度 35/100
datajoint/element-array-ephys#206 ·
-
bug
難度 2/5 1-3 小時 新手友好度 35/100
datajoint/element-array-ephys#154 · 1 則留言 ·
-
bug
難度 3/5 1-2 天 新手友好度 35/100
datajoint/element-array-ephys#163 ·
查看 datajoint/element-array-ephys 的全部 Issue
相似的 Issue
-
check:passed streams:add
難度 2/5 1-3 小時 新手友好度 68/100
維護者通常 1 天內回覆
-
bug help wanted
難度 2/5 1-3 小時 新手友好度 85/100
維護者通常 3 天內回覆
-
enhancement io
難度 2/5 1-3 小時 新手友好度 65/100
-
bug
難度 2/5 1-3 小時 新手友好度 82/100
onthegomap/planetiler#1657 ·
維護者通常 1 天內回覆
-
bug
難度 2/5 1-3 小時 新手友好度 66/100
catalystneuro/neuroconv#2170 ·
維護者通常 1 天內回覆