Propietario

pirl-unc

12 repositorios indexados · Ver en GitHub

mhcgnomes
Parsing MHC nomenclature in the wild

Python · 21 estrellas
exacto
Long-read toolkit for mutant proteoform prediction - somatic/germline DNA and RNA variant calling, integration, and translation

Rust · 4 estrellas
tsarina
Tumor Specific Antigen discovery: personalized cancer immunotherapy targets from curated shared antigen data

Python · 4 estrellas
runplz
Tiny Modal-shaped job harness

Python · 3 estrellas
hitlist
Curated mass spectrometry evidence for MHC ligand data from IEDB and CEDAR

Python · 3 estrellas
oncoref
Curated cancer reference data: ontology, TMB, incidence/mortality, and expression. Bottom-of-stack for the openvax/PIRL libraries.

Python · 3 estrellas
mhcseqs
MHC sequences

Python · 2 estrellas
io-resistance-genie
[WIP / experiment] Living literature review of resistance to immune checkpoint inhibitors

Python · 2 estrellas
presto
All of T-cell:pMHC prediction in one model

Python · 1 estrella
pirlygenes
Gene sets used for cancer immunotherapy expression analysis

Python · 1 estrella
golfy
Heuristic solver for pooled peptide experiment design

Jupyter Notebook · 0 estrellas
trufflepig
Step-by-step RNA tumor analysis driven by pirlygenes gene sets — subsumes pirlygenes.analyze as many composable sub-commands with seriali...

Python · 0 estrellas

Para principiantes Todo

Abierto Todos

test_guard_lets_unrelated_commands_through accepts returncode 0 or 1 Abierto

Dificultad 1/5 Menos de una hora Aptitud para principiantes 92/100

pirl-unc/runplz#180 · Abierto el 21/9/2026
Remove assert-True smoke test in test_readme_imports.py Abierto

Dificultad 1/5 Menos de una hora Aptitud para principiantes 94/100

pirl-unc/pirlygenes#624 · Abierto el 21/9/2026
test_collator_pads_peptides asserts shape[1] == shape[1] Abierto

Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 76/100

pirl-unc/presto#67 · Abierto el 21/9/2026
Bare-return guards report as passed instead of skipped; duplicated bundled-ref tests Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 74/100

pirl-unc/trufflepig#192 · Abierto el 21/9/2026
panel/spanning still labels proteoform groups by members list, personalize now uses oncoref's preferred symbol Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 55/100

pirl-unc/tsarina#165 · Abierto el 18/9/2026
personalize silently drops a --cta gene excluded from the strict CTA set, with no warning and no override Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 65/100

pirl-unc/tsarina#160 · Abierto el 18/9/2026
Investigate whether CTAG2 (LAGE-1) heart RNA signal reflects real protein/IHC-level cardiac expression, and any clinical precedent Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 35/100

pirl-unc/oncoref#544 · Abierto el 18/9/2026
pmhc --predictor narrows to the observation's own reported allele set, not the queried sample/--mhc-allele set Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 78/100

pirl-unc/hitlist#490 · Abierto el 17/9/2026
--predictor mhcflurry crashes for any realistic pmhc query (>6 unique peptide-allele pairs) Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 68/100

pirl-unc/hitlist#489 · Abierto el 17/9/2026
Audit mortality-burden site mapping for mixed CHOL and salivary head/neck cohorts Abierto

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 30/100

pirl-unc/oncoref#543 · Abierto el 17/9/2026
Refresh world cancer burden to GLOBOCAN 2024 and populate raw-count provenance Abierto

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 42/100

pirl-unc/oncoref#542 · Abierto el 17/9/2026
clean_tpm is column-set dependent: same column gives different results depending on what else is in the call Abierto

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 38/100

pirl-unc/oncoref#541 · 2 comentarios · Abierto el 16/9/2026
Add a BRCA_TNBC cohort: basal-like and triple-negative are different populations Abierto

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 38/100

pirl-unc/oncoref#540 · Abierto el 16/9/2026
Example primary structures reference transcript groups missing from accompanying RNA structures Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 58/100

pirl-unc/exacto#15 · Abierto el 16/9/2026
PMID 35580925: 'pleural disease' vs 'pleural cancer' disease-string inconsistency Abierto

Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 76/100

pirl-unc/hitlist#482 · Abierto el 16/9/2026
Add a CTA covering-set plot: cumulative patient + cancer-type coverage on one chart Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 52/100

pirl-unc/pirlygenes#622 · Abierto el 16/9/2026
Audit every TMB, ICI and aPD1 number for source and population validity Abierto

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 25/100

pirl-unc/oncoref#524 · Abierto el 16/9/2026
Modal GPU translation invents invalid H100-80GB when min_gpu_memory is set Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 68/100

pirl-unc/runplz#179 · Abierto el 15/9/2026
Modal backend can resolve a different Python environment through PATH Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 68/100

pirl-unc/runplz#178 · Abierto el 15/9/2026
Support selective detached-run artifact collection with size preflight Abierto

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 42/100

pirl-unc/runplz#177 · Abierto el 10/9/2026
[P2] Preserve unavailable QC measurements instead of plotting zeros and inferring capture preparation Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 55/100

pirl-unc/trufflepig#189 · Abierto el 10/9/2026
Three studies curate a cell line or pathogen the deposit contradicts (#436 pattern) Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 35/100

pirl-unc/hitlist#457 · Abierto el 9/9/2026
Retired allele designations stay unresolved: parse() runs with use_allele_aliases=False Abierto

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 35/100

pirl-unc/hitlist#456 · 1 comentario · Abierto el 9/9/2026
[P2] Separate POLE hypermutation and MLH1 RNA observations from clinical MSI mechanisms Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 58/100

pirl-unc/trufflepig#184 · Abierto el 9/9/2026
Lorente 2019 (PMID 31530632) curates 2 of its 5 MS-profiled arms Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 50/100

pirl-unc/hitlist#452 · Abierto el 9/9/2026
Explain empty therapy shortlists using their actual eligibility decisions Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 62/100

pirl-unc/trufflepig#181 · Abierto el 9/9/2026
Modal worker regressions flake under concurrent host test load Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 68/100

pirl-unc/runplz#174 · Abierto el 9/9/2026
Preserve explicit specimen display identity in standalone report documents Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 55/100

pirl-unc/trufflepig#179 · Abierto el 8/9/2026
Preserve explicit research-only specimen context in generated reports Abierto

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 45/100

pirl-unc/trufflepig#178 · Abierto el 7/9/2026
Establish a fresh post-#47 real-data baseline with measured examples and complete validation/test evidence Abierto

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 28/100

pirl-unc/presto#53 · Abierto el 7/9/2026
Supervise selected T-cell assay response columns on pathway-MIL bags Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 48/100

pirl-unc/presto#50 · Abierto el 7/9/2026
Audit and enforce supervision coverage per output column, source, and split Abierto

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 35/100

pirl-unc/presto#48 · Abierto el 7/9/2026
Unify model I/O: sequence-only encoding, role-specific biological context, and honest assay outputs Abierto

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 25/100

pirl-unc/presto#46 · Abierto el 7/9/2026
[P3] Generate searchable reader PDFs from the shared structured report Abierto

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 35/100

pirl-unc/trufflepig#175 · Abierto el 7/9/2026
[P2] Preserve below-detection versus unmeasured RNA in therapy interpretations Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 58/100

pirl-unc/trufflepig#174 · Abierto el 7/9/2026
[P2] Preserve cancer-call confidence and source in the reader PDF headline Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 55/100

pirl-unc/trufflepig#172 · Abierto el 7/9/2026
[P2] Remove unsupported diagnostic and treatment-history claims from subtype figures Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 52/100

pirl-unc/trufflepig#171 · Abierto el 7/9/2026
[P2] Preserve known eligibility blockers in report follow-up requests Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 48/100

pirl-unc/trufflepig#170 · Abierto el 7/9/2026
[P2] Add typed clinical MSI/MMR input and use positive results in therapy eligibility Abierto

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 38/100

pirl-unc/trufflepig#168 · Abierto el 7/9/2026
[P1] Honor supplied component contraindications in combination regimens Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 64/100

pirl-unc/trufflepig#166 · Abierto el 7/9/2026
[P1] Honor supplied treatment restrictions across brand and generic agent names Abierto

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 45/100

pirl-unc/trufflepig#165 · Abierto el 7/9/2026
[P1] Match supplied variants to exact therapeutic allele requirements Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 48/100

pirl-unc/trufflepig#164 · Abierto el 7/9/2026
Add structured evidence requests and optional LLM clinical intake and report editing Abierto

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 25/100

pirl-unc/trufflepig#163 · 1 comentario · Abierto el 7/9/2026
Reject Kdm6c and Klra22 helper-gene aliases before H2-K allele splitting Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 76/100

pirl-unc/mhcgnomes#191 · Abierto el 6/9/2026
Parse nonclassical mouse H2-Qa1 and H2-Qa2 alleles Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 48/100

pirl-unc/mhcgnomes#190 · Abierto el 4/9/2026
Where do flanks on `unmapped` rows come from, and should mask_unresolved clear them? Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 48/100

pirl-unc/presto#44 · Abierto el 4/9/2026
Update CI actions off the deprecated Node.js 20 runtime Abierto

Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 78/100

pirl-unc/mhcseqs#65 · Abierto el 3/9/2026
Fix paper-validation extraction and source bookkeeping Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 55/100

pirl-unc/mhcgnomes#189 · Abierto el 2/9/2026
Modernize pyproject license metadata before setuptools deprecation deadline Abierto

Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 74/100

pirl-unc/hitlist#409 · Abierto el 2/9/2026
[P1][RNA-only] Abstain on purity when osteosarcoma and bone-lineage background are not identifiable Abierto

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 45/100

pirl-unc/trufflepig#157 · Abierto el 2/9/2026

Mostrando los 100 más recientes

Esta página solo lista lo indexado más recientemente. El filtro avanzado tiene el inventario completo, acotado por lenguaje, dificultad y duración.

Abrir el filtro avanzado

pirl-unc

Mostrando los 100 más recientes

Recibe los nuevos issues en tu correo