Provide way to stop normalization if the expression is obviously problematic (such as deletions in large gap/unknown regions)
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Evaluación
- Dificultad
- 4/5
- Tiempo estimado
- 3-5 días
- Aptitud para principiantes
- 35/100
- Tipo de issue
- Nueva funcionalidad
- Claridad
- Necesita aclaración
- Estado de actividad
- Estancado
- Stack tecnológico
- python
- Área
- bioinformatics
Línea de trabajo
Comienza con la rutina de normalización de Allele.state y reproduce el caso NC_000015.9:g.7211_7214del descrito en el issue. Determina si la finalización debe controlarse mediante un límite de crecimiento de la secuencia o rechazando las bases codificadas con ambigüedad; después, define done de modo que la normalización retorne rápidamente conforme a la regla acordada.
Escrito por el modelo de indexación a partir del texto del issue.
Descripción
When trying to normalize the variant NC_000015.9:g.7211_7214del the routine will go into a seemingly endless routine to try to figure out the normalized result for the Allele.state.
Without a full analysis their is evidence that this is likely caused by the fact that the first 17 million bases in chromosome 15 are all Ns. So as it rolls right/left to get to a unique sequence region it will go on for an impractical amount of time.
I suggest we put a limit in terms of how large the sequence can grow up to when normalizing the Allele. But we should discuss how to best handle this.
@toneillbroad just suggested that maybe we simply disallow any normalization that includes ambiguity coded bases not A, C, T or G. I sort of like that as a general rule of thumb, since it is very difficult to address the true normality of a sequence that includes any of the ambiguity codes. We can make this a vrs-python rule so that our normalizer doesn't go off and never return in these portions of the reference sequences
- Lenguaje dominante
- Python
- Estrellas
- 63
- Forks
- 43
- Merge medio
- 1 h 2 min
- PR fusionados (30 d)
- 1
Guía de contribución
No hay ninguna guía de contribución indexada para este repositorio
Primeros pasos
- Lee el issue completo y luego la guía de contribución del proyecto.
- Comenta en el issue que vas a ocuparte — evita que dos personas hagan lo mismo.
- Haz un fork del repositorio y trabaja en una rama.
- Abre un pull request que haga referencia al número del issue.
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