lanl/PyBNF

Ver en GitHub

An application for parameterization of biological models available in SBML and BNGL formats. Features include parallelization, metaheuristic optimization algorithms, and an adaptive Markov chain Monte Carlo (MCMC) sampling algorithm.

Estrellas: 25
Forks: 25
Issues abiertos para principiantes: 0
Issues indexados: 17
Merge medio: 2 h
PR fusionados (30 d): 76

Lenguaje dominante: Python
Licencia: Sin datos de licencia
Último push a GitHub: 19/9/2026
Última indexación: 18/9/2026
Guía de contribución: Guía de contribución
Código de conducta: Sin código de conducta
Etiquetas para principiantes: Sin etiquetas para principiantes indexadas

Para principiantes Todo

Abierto Todos

Dead code in the pt barrier: choose_new_pset cannot return None, so try_to_choose_new_pset's retry loop is single-pass and replica_exchange's whole None-branch is unreachable Abierto

low priority minor tech debt

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 67/100

lanl/PyBNF#783 · Abierto el 21/9/2026
A half-bounded prior passes the box-mode optimizer gate, and CMA-ES then seeds its covariance from abs(p2 - p1), which is not a width Abierto

bug minor silent-incorrectness

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 48/100

lanl/PyBNF#777 · Abierto el 21/9/2026
`am` records its draws over two different windows: `samples.txt` starts at `burn_in`, the trajectories and `combined_params.txt` at `burn_in + adaptive` Abierto

tech debt

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 35/100

lanl/PyBNF#772 · 2 comentarios · Abierto el 18/9/2026
config_keys.rst has fallen behind the grammar: 64 of 200 accepted keys have no entry, and config.rst still presents it as the complete list Abierto

documentation

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 74/100

lanl/PyBNF#765 · Abierto el 18/9/2026
adaptive MCMC carries a rolling-buffer design that was reduced to a single slot: arr_length is a constant 1, factor is never incremented, and five conditions are always true Abierto

tech debt

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 55/100

lanl/PyBNF#764 · Abierto el 18/9/2026
PSO collision tie-break can loop forever: a fixed 1e-6 perturbation is below one ULP for a linear parameter above ~1e10 Abierto

bug latent bug

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 78/100

lanl/PyBNF#721 · Abierto el 16/9/2026
Shrink the differential evolution population over the run, floored at the processor count (L-SHADE's population-size reduction) Abierto

enhancement gated

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 35/100

lanl/PyBNF#699 · Abierto el 14/9/2026
Port the BNGL parameter-expression evaluator to libpetab-python's BnglModel, then delete the staging copy Abierto

low priority

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 35/100

lanl/PyBNF#681 · 1 comentario · Abierto el 10/9/2026
Experimental design should be able to average over an ensemble, not only compute at the best fit Abierto

enhancement exploratory

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 25/100

lanl/PyBNF#669 · Abierto el 25/8/2026
Investigate synthetic likelihood as a principled objective for stochastic models Abierto

exploratory question

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 38/100

lanl/PyBNF#665 · Abierto el 25/8/2026
Stop hopeless starts early in a multi-start fit instead of running every one to completion Abierto

enhancement exploratory

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 45/100

lanl/PyBNF#662 · Abierto el 25/8/2026
Investigate: ADR-0059 rejects simulator-path HMC on an unmeasured cost model ("~1x a solve per leapfrog") — measure it against the bngsim JAX bridge, and settle it with numbers either way Abierto

exploratory question

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 35/100

lanl/PyBNF#576 · Abierto el 14/8/2026
Structural identifiability as a pre-fit gate: decide symbolically whether a parameter can EVER be identified from these observables, instead of inferring it numerically from a flat profile Abierto

enhancement exploratory

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 35/100

lanl/PyBNF#575 · Abierto el 14/8/2026

lanl/PyBNF

Recibe los nuevos issues en tu correo