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pyxDamerauLevenshtein implements the Damerau-Levenshtein (DL) edit distance algorithm for Python in Cython for high performance.

Python · 257 estrellas
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Vector Particle-In-Cell (VPIC) Project

C++ · 190 estrellas
OpenFWI
A collection of codes with OpenFWI project

Python · 180 estrellas
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Los Alamos Grid Toolbox (LaGriT) is a library of user callable tools that provide mesh generation, mesh optimization and dynamic mesh mai...

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Architector
The architector python package - for 3D metal complex design. C22085

Python · 101 estrellas
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This folder of code contains code and notebooks to supplement the "Vision Transformers Explained" series published on Towards Data Scienc...

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Python · 98 estrellas
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dfnWorks is a parallelized computational suite to generate three-dimensional discrete fracture networks (DFN) and simulate flow and trans...

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pyHarmonySearch is a pure Python implementation of the harmony search (HS) global optimization algorithm.

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Python · 87 estrellas
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Fierro is a C++ code designed to aid the research and development of numerical methods, testing of user-specified models, and creating mu...

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Draco
An object-oriented component library supporting radiation transport applications.

C++ · 60 estrellas
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Para principiantes Todo

Abierto Todos

Dead code in the pt barrier: choose_new_pset cannot return None, so try_to_choose_new_pset's retry loop is single-pass and replica_exchange's whole None-branch is unreachable Abierto

low priority minor tech debt

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 67/100

lanl/PyBNF#783 · Abierto el 21/9/2026
A half-bounded prior passes the box-mode optimizer gate, and CMA-ES then seeds its covariance from abs(p2 - p1), which is not a width Abierto

bug minor silent-incorrectness

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 48/100

lanl/PyBNF#777 · Abierto el 21/9/2026
NFsim backend disagrees with RuleMonkey and network ODE on rings: two-product dissociation rule fires on a bond that leaves one complex Abierto

bug

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 48/100

lanl/bngsim#632 · Abierto el 19/9/2026
Three shipped modules cite dev/plans/SBML_SSA_SUPPORT_PLAN.md, a path that is gitignored and has never been tracked Abierto

documentation

Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 78/100

lanl/bngsim#631 · Abierto el 19/9/2026
test_result_roadrunner.py gates 13 roadrunner-independent tests behind a module-level importorskip, so a --extra test environment reports one skip instead of running them Abierto

enhancement

Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 90/100

lanl/bngsim#630 · Abierto el 19/9/2026
NamedArray drops its colnames through pickle, so an as_roadrunner array arrives nameless in a worker process — libroadrunner's arrives labeled Abierto

bug

Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 90/100

lanl/bngsim#629 · Abierto el 19/9/2026
`am` records its draws over two different windows: `samples.txt` starts at `burn_in`, the trajectories and `combined_params.txt` at `burn_in + adaptive` Abierto

tech debt

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 35/100

lanl/PyBNF#772 · 2 comentarios · Abierto el 18/9/2026
clone() re-evaluates derived parameters in declaration order, contradicting the documented invariant that derived_param_order is the only order any re-evaluation pass may walk Abierto

correctness concern latent bug

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 48/100

lanl/bngsim#626 · 1 comentario · Abierto el 18/9/2026
config_keys.rst has fallen behind the grammar: 64 of 200 accepted keys have no entry, and config.rst still presents it as the complete list Abierto

documentation

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 74/100

lanl/PyBNF#765 · Abierto el 18/9/2026
adaptive MCMC carries a rolling-buffer design that was reduced to a single slot: arr_length is a constant 1, factor is never incremented, and five conditions are always true Abierto

tech debt

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 55/100

lanl/PyBNF#764 · Abierto el 18/9/2026
Import SBML Level 3 multi into rule-based form, rather than refusing it Abierto

enhancement

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 25/100

lanl/bngsim#614 · Abierto el 18/9/2026
A required="true" SBML package under a non-sbml.org namespace is invisible to the load-time guard, so the core layer still loads silently Abierto

correctness concern latent bug low priority

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 74/100

lanl/bngsim#613 · Abierto el 18/9/2026
_codegen.py's .net parser agrees with neither documented loader: it dies on the unindexed blocks they read, and compiles a silently zero rate from the functions lines they refuse Abierto

bug correctness concern

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 45/100

lanl/bngsim#608 · Abierto el 17/9/2026
`POST /kbs/{name}/add_pdf` endpoint missing on `main` Abierto

Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 15/100

lanl/wolf#14 · Abierto el 17/9/2026
Automatically calculate blur in xtraj Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 55/100

lanl/lunus#29 · Abierto el 17/9/2026
PSO collision tie-break can loop forever: a fixed 1e-6 perturbation is below one ULP for a linear parameter above ~1e10 Abierto

bug latent bug

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 78/100

lanl/PyBNF#721 · Abierto el 16/9/2026
Constraint gradient/Hessian use the raw sensitivity tensor while the penalty is scored on the normalized column, so the ADR-0053 chain rule is dropped Abierto

bug high priority silent-incorrectness

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 55/100

lanl/PyBNF#718 · 1 comentario · Abierto el 16/9/2026
Rate kernel returns a propensity of 0.0 for an unresolvable rate parameter, silently killing the reaction (extends #580 to src/model.cpp) Abierto

correctness concern latent bug low priority

Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 84/100

lanl/bngsim#589 · Abierto el 16/9/2026
Decompose _build_model_from_sbml_doc(): 4,013 lines in one function makes every phase of SBML construction untestable in isolation Abierto

enhancement

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 35/100

lanl/bngsim#588 · Abierto el 16/9/2026
Ship py.typed: the package's annotations are invisible to every downstream consumer Abierto

enhancement

Dificultad 1/5 Menos de una hora Aptitud para principiantes 92/100

lanl/bngsim#587 · Abierto el 16/9/2026
No docs build gate: docs/conf.py exists but no workflow runs sphinx-build Abierto

documentation enhancement

Dificultad 1/5 Menos de una hora Aptitud para principiantes 88/100

lanl/bngsim#586 · Abierto el 16/9/2026
Coverage is never measured: pytest-cov is declared but no --cov runs in any workflow Abierto

enhancement

Dificultad 1/5 Menos de una hora Aptitud para principiantes 92/100

lanl/bngsim#585 · Abierto el 16/9/2026
CI false-green floors have gone slack: COLLECTED_FLOOR=3480 against 6029 collected, so 42% of the suite could vanish unnoticed Abierto

bug

Dificultad 3/5 Medio día Aptitud para principiantes 78/100

lanl/bngsim#584 · Abierto el 16/9/2026
Add a sanitizer + warnings leg to native-tests.yml: 33k lines of pointer-heavy C++ build with no -Wall and no ASan/UBSan anywhere Abierto

enhancement

Dificultad 3/5 Medio día Aptitud para principiantes 76/100

lanl/bngsim#583 · Abierto el 16/9/2026
No automated numeric regression gate: the parity goldens and three cross-engine oracles block nothing Abierto

enhancement

Dificultad 4/5 1-2 días Aptitud para principiantes 52/100

lanl/bngsim#582 · Abierto el 16/9/2026
A positive-support prior family gets no wall at its support floor, so negative parameter values are accepted, simulated and scored Abierto

bug high priority silent-incorrectness

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 48/100

lanl/PyBNF#711 · Abierto el 16/9/2026
Parallel tempering rewinds the iteration counter after a replica exchange, so iteration exchange_every+1 is processed twice and can write two samples.txt rows for one iteration Abierto

bug silent-incorrectness

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 82/100

lanl/PyBNF#710 · Abierto el 16/9/2026
A value that cannot be computed must not silently become 0.0: the shared root cause behind #554, #569 and #571 Abierto

bug correctness concern

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 35/100

lanl/bngsim#580 · 2 comentarios · Abierto el 16/9/2026
Six independent expression grammars with no cross-backend equivalence test: the shared root cause behind #554, #555, #556, #564, #565 and #573 Abierto

enhancement

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 35/100

lanl/bngsim#579 · 2 comentarios · Abierto el 16/9/2026
NfsimSimulator::run() leaks the whole NFcore::System whenever anything between create_system() and the stepping loop throws Abierto

bug memory safety

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 75/100

lanl/bngsim#577 · Abierto el 16/9/2026
The state array handed to the JAX Jacobian callback has no owner, so a callback that retains it reads freed CVODE memory Abierto

bug correctness concern memory safety

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 65/100

lanl/bngsim#576 · Abierto el 16/9/2026
write_sedml_protocol writes uniformRange numberOfPoints as the point count, not count-1, so a scan gains an extra point for every standards-compliant consumer Abierto

bug correctness concern

Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 85/100

lanl/bngsim#575 · Abierto el 16/9/2026
Native Jacobian synthesizes log(state) for A^B, bypassing the GH #336 log-of-state deferral and emitting NaN at A=0 Abierto

bug correctness concern

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 68/100

lanl/bngsim#574 · Abierto el 16/9/2026
Exponent with an explicit unary plus (`A^+n`) emits `pow(A, )+n` — valid ExprTk, uncompilable C Abierto

bug

Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 84/100

lanl/bngsim#573 · Abierto el 16/9/2026
NfsimSimulator::run()/simulate() segfault on n_points <= 0 — unguarded t_out[0] read and record(0,...) write into a zero-row Result Abierto

bug memory safety

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 76/100

lanl/bngsim#570 · Abierto el 16/9/2026
SSA "truly stuck" fast-forward drops function/expression columns, silently reporting 0.0 for every remaining output time Abierto

bug correctness concern

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 76/100

lanl/bngsim#569 · Abierto el 16/9/2026
Cold run() records rateOf-bearing functions at t=0 from a stale (zero) derivative buffer, so the initial row of every rateOf expression column is wrong Abierto

bug correctness concern

Dificultad 2/5 Medio día Aptitud para principiantes 90/100

lanl/bngsim#567 · Abierto el 16/9/2026
JAX Jacobian callback: unchecked memcpy of ns*ns doubles from the Python-returned array reads past its end into CVODE's Jacobian Abierto

bug correctness concern memory safety

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 74/100

lanl/bngsim#566 · Abierto el 16/9/2026
JAX RHS translator has no mapping for log10(), so jacobian='jax' dies with NameError on a model the ODE backend handles Abierto

bug

Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 88/100

lanl/bngsim#565 · Abierto el 16/9/2026
jacobian='jax' emits jnp.jnp.log for any model using ln(): double substitution in _translate_expr_jax Abierto

bug

Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 88/100

lanl/bngsim#564 · Abierto el 16/9/2026
read_sedml discards the standard SBML XPath @target whenever a dataGenerator carries a human-readable @name Abierto

bug correctness concern

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 74/100

lanl/bngsim#563 · Abierto el 16/9/2026
Named observable/expression access on a squeezed batch Result indexes the time axis, returning silently wrong data Abierto

bug correctness concern

Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 88/100

lanl/bngsim#560 · Abierto el 16/9/2026
Stop-condition partial Result silently drops sensitivities and seed, and reports a fabricated propensity_backend Abierto

bug correctness concern

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 70/100

lanl/bngsim#559 · Abierto el 16/9/2026
SBML event <delay> referencing a non-constant parameter is constant-folded to the parameter's initial value, so the event fires at the wrong time Abierto

bug correctness concern

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 74/100

lanl/bngsim#558 · Abierto el 16/9/2026
n-ary `max(a,b,c)` / `min(a,b,c)` emit `fmax(a,b,c)` — codegen compile fails with "too many arguments" Abierto

bug

Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 82/100

lanl/bngsim#556 · Abierto el 16/9/2026
Chained power `a^b^c` emits `pow(a, b)pow(, c)` — codegen compile fails on a model the interpreter runs fine Abierto

bug

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 82/100

lanl/bngsim#555 · Abierto el 16/9/2026
Committed benchmark reports go stale once the paper repo redirects suite output with --out Abierto

enhancement question

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 48/100

lanl/bngsim#551 · Abierto el 15/9/2026
Shared environment improvements identified during PR #321 Abierto

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 28/100

lanl/ursa#345 · Abierto el 15/9/2026
Emitted sensitivity source depends on PYTHONHASHSEED (MODEL0847869198): the same model compiles from two different variants Abierto

bug low priority

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 55/100

lanl/bngsim#550 · Abierto el 15/9/2026
Deriving a rate law whose if() condition contains other if() chains spends ~2 s per law in sympy's set-theory rewrite of the condition, and mt_music_sequencer spends its whole derivation budget there Abierto

enhancement low priority

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 55/100

lanl/bngsim#540 · Abierto el 14/9/2026

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